İlk yapıldığı dönemde ‘‘İmrator Tekkesi’’ adıyla bilinen Üsküdar Mevlevihanesi, İstanbul’da yapılmış olan yedinci mevlevihanedir. Mevlevihane; Yeğen Ali Paşa’nın oğlu, Galata Mevlevihanesi postnişini Halil Numan Dede tarafından, buradaki evini içerisine katarak ve buna birde semahane ekleyerek 1792’de kurulmuştur. Bu ilk yapının mimari programı ve özellikleri hakkında herhangi bir bilgi mevcut değildir.

Sefine-i Evliya’da aktarılan vakfiye ile ilgili bilgilere göre; 5 Rebiu’levvel 1205/1790 tarihli vakfiye senedi, Galata Mevlevihanesi meydan odasında teşkil edilen bir mecliste akdedilmiştir. Tanzim edilen bu vakfiye senedinde; mevlevihanenin yeri tarif edilmiş ve Numan Dede’nin evini, mevlevi tekkesi olarak vakfettiği belirtilmiştir. Vakfın tevliyeti de önce kendisine, kendisinden sonra ise sulbünden gelen ve mevlevi terbiyesi görmüş ve şeyh olmaya layık, küçük veya büyüklüğüne bakılmaksızın evladına veya torunlarına, eğer sulbünden biri hayatta değil veya nesli kesilmişse, evlatlarının halifelerinden birine verilmesi şart koşulmuştur.

Yapı ilk yapıldığı dönemden bugüne kadar pek çok onarım, tamir ve yenileme geçirmiştir. İstanbul’un Anadolu yakasındaki ilk ve tek mevlevihane olan yapı, Anadolu’dan gelen dervişlerin konaklaması amacıyla yapılmış küçük çaplı bir dergâh yapısı niteliğindedir. Bu nedenle plan şeması İstanbul’da hizmet vermiş diğer mevlevihanelere göre farklılık göstermektedir.

Bina XIX. yüzyıl içinde çeşitli yenileme ve onarım faaliyetleri geçirmiştir. II. Mahmud, 1843-35 yıllarında yapıyı yeni baştan inşa ettirmiştir. Abdülmecid döneminde de 1844, 1845 ve 1851 yıllarında yapının onarımı yapılmış ve birtakım eksiklikleri giderilmeye çalışılmıştır. Yapının günümüzdeki şekline kavuşmasını sağlayan onarım ise Kaptan-ı Derya Hacı Ahmed Vesim Paşa tarafından 1872 yılında gerçekleştirilmiş ve bugünkü şekli olan semahane-türbe, matbah-ı şerif, dedegan ve harem dairelerinden oluşan halini almıştır. Yapının XIX. yüzyılın son çeyreği içerisinde de birtakım onarımlardan geçmiş olabileceği düşünülmektedir.

XIX. yüzyıldaki onarımlar sonrası yapı bakımsızlıktan harap düşmüştür. Bunun üzerine son postnişin Şeyh Ahmed Remzi Dede Efendi tarafından onartılmıştır. Bu onarım tekkenin son onarımı olmuştur. Her ne kadar Sultan V. Mehmed (Reşad) tarafından İkinci Meşrutiyet Dönemi’nde yapının yenilenmesi düşünülmüş ve bu doğrultuda Mimar Kemaleddin Bey tarafından bir taslak hazırlanmışsa da gerek Balkan Savaşı ve gerek I. Dünya Savaşı’nın araya girmesiyle bu proje hayata geçirilememiştir.

Üsküdar Mevlevihanesi 1925’te kapatıldıktan sonra bir süre cami olarak kullanılmış daha sonra ise atıl durumda kaldığından harap olmuştur. Selamlık-matbah binası bir süre vakıf memba sularının dağıtım merkezi olarak kullanılmıştır. 1975-1980 yıllarında aslına uygun olarak hayırseverler tarafından onartılmış ve semahane-türbe binası ziyarete açılmıştır. Bahçede yer alan şadırvan da bu onarımda inşa edilmiştir. 2000’li yılların başında yapının restorasyonuna karar verilmiş ve 2007 tarihinde biten restorasyon sonrası yapı Klasik Türk Sanatları Vakfı’na tesis edilmiştir.

Yapının çevresi yakın zamana kadar Üsküdar İskele Meydanı ve etrafındaki çarşı bölgesi hariç seyrek bir iskâna sahip ahşap evlerden oluşmaktaydı. Yapının çevresindeki doku ahşap evlerin yerini apartmanların alması neticesinde zarar görmüş olsa da İstanbul’un diğer kesimlerine nazaran korunmuş olan mevlevihanenin kısa bir süre önce onarımı yapılmıştır.