Beşiktaş Mevlevihanesi’nin devamı olan (bkz. Beşiktaş Mevlevihanesi) yeni mevlevihanenin (Maçka Mevlevihanesi) de yıkılmasının ardından 1874 tarihinde tekkenin son postnişini olan Şeyh Hüseyin Fahreddin Dede Efendi’ye ait Eyüp Bahariye’de Haliç kıyısındaki ahşap bir konağa taşınmış ve Bahariye Mevlevihanesi olarak yeni yerinde hizmet vermeye başlamıştır. Ahşap bir konak niteliğinde olan Bahariye Mevlevihanesi Haliç kıyısındaki yoğun rutubetten çok çabuk etkilenmiş ve inşa edildikten çeyrek yüzyıl gibi kısa bir süre sonunda harap olmuştur. Yapı Sultan V. Mehmed Reşad tarafından 1910 tarihinde tamir ettirilmiş ve Mefruşat İdaresi tarafından yeniden döşetilmiştir. Bu tadilatta; semahane-türbe binası bütünüyle elden geçirilmiş, zemin katta yer alan kadınlar mahfili üst kata taşınarak alt katta boşalan mekân züvvar maksuresine dâhil edilmiş, semahane-türbe binasının batısındaki tek katlı müstakil bir selamlık, cümle kapısı ve mescit bu tadilat sırasında inşa edilmişlerdir. Tekkeye yapılan büyük çaplı tadilatın dönemin Evkaf Nezareti İnşaat ve Tamirat Müdürü Mimar Kemaleddin Bey tarafından yönetildiği tahmin edilmektedir.

1859-60 tarihinde tamir gören Beşiktaş Mevlevihanesi’nin tamir gördüğü yıla ait tek beyitli kitabesi daha sonra inşa edilmiş olan Bahariye Mevlevihanesi semahanesinin kapısının üzerine konulmuştur.

Tekkelerin kapatıldığı 1925 tarihine kadar mevlevihaneye başka tadilat yapılmamıştır. Birinci Dünya Savaşı’nın ertesinde kontrol edilemeyen bir hızla ilerleyen sanayileşme hareketinden etkilenen Bahariye kıyısındaki yalılar birer birer yıkılarak yerlerine fabrikalar inşa edilmiş, yeşilliği ve balığın bolluğu ile bilinen Haliç’in bu kısmı büyük zarar görerek kirlenmiş ve terk edilmeye başlanmıştır.

Daha sonra da uzun bir dönem mülkiyet hususunda baninin veresesi; Hazine ve Vakıflar arasında dava devam etmiş bu arada da sanayi kuruluşları ortasında kalan Bahariye Mevlevihanesi’nin binaları yavaş yavaş harap olmuş ve ortadan kalkmışlardır. Dava devam ederken Vakıflar 1935’de semahane-türbe binasını yıktırmış, 1938/39’da çıkan bir yangınla harem bölümü de yok olmuştur. Davayı verese kazandıktan sonra 1968 tarihinde geride kalan yapılar ile arsası satılmış ve buraya Gislaved ve Aydın Yün Mensucat fabrikaları kurulmuştur. Türbenin haziresi Silahtarağa Caddesi’nin mevlevihane ve Eyüp merkezi arasında kalan kesimi üzerinde yamaç tarafında bulunan 16 Mart Şehitleri’nin eski yerine taşınmıştır. 1970 yılı başlarında selamlık ve kitabesiyle beraber cümle kapısı yeni mal sahiplerince ortadan kaldırılmıştır. Sonraki yıllarda uzun bir süre tuğla deposu olarak kullanılan mescit orijinaline sadık kalınmayarak restore edilmiş ve camiye dönüştürülmüştür.

1986’dan itibaren İstanbul Belediyesi; çerçevesindeki birçok yapı gibi Mevlevihane arsasında yer alan fabrikaları da kamulaştırarak yıktırmıştır. Mevlevihaneden sadece mescit, cümle kapısından bir söve parçası, hamama ait bazı duvar kalıntıları ile çoğu kırık bazı kabir taşları intikal edebilmişti. İstanbul Büyükşehir Belediyesi tarafından ihaleye açılan ve Aralık 2005 sonunda tamamlanan restitüsyon projesinin uygulanması 2011’de sona ermiştir. Günümüzde mevlevihanenin yeniden inşa edilmiş olan binaları üç ayrı vakıf tarafından kültür faaliyetlerine yönelik kullanılmaktadır.