Kepez Yeraltı Şehri, Kırşehir Müze Müdürlüğü'nün yaptığı çalışmalarla 2002 yılında ziyarete açılmıştır. Yeraltı şehri, kazılması ve işlenmesi oldukça kolay olan genç tortul kayalar içerisinde oluşturulan çok sayıda galeri ve odalardan oluşmaktadır.

MS III. ve  IV. yüzyıllarda Hristiyanlığın Anadolu’da hızla yayıldığı dönemde, bu tek tanrılı dini kendi yönetimleri için tehdit gören Roma merkezi yönetimi bu dinin yayılmasını önlemeye çalışmış. Bunun için Anadolu’da yerleşim yerlerine baskınlar yaparak dinin yayılmasını önlemeye çalışmışlar. Kapadokya bölgesinde olduğu gibi Kırşehir yöresinde de yerli halk, kendilerini bu baskınlardan koruyabilmek için saklanıp bir süreliğine yaşamlarını sürdürebilecekleri özelliklere sahip yumuşak kayalar içerisinde yeraltı yerleşkeleri inşa etmişlerdir. Kırşehir il sınırları içerisinde böyle yapılmış pek çok kaya yerleşmesi mevcuttur. Kepez Yeraltı Şehri de bu amaçla, gizli ve korunaklı bir formda yapılmış bir kaya yerleşkesidir.

Kepez Yeraltı Şehri çevresi, temeli oluşturan Paleozoik metamorfik kayalardan oluşan Kırşehir Masifinin ve bunun üzerinde uyumsuz olarak çökelmiş sedimanter ve volkanosedimanter kayalardan oluşmaktadır. Masif üzerine gelen bu örtü birimleri, Neojen yaşlı tüf ara tabakalı, kırıntılı, killi, kumlu, marnlı, kireçli sedimanter kayalar yüzeylenmektedir. Kepez Yeraltı Şehri, Oligo-Miyosen yaşlı çakıltaşı, kumtaşı, kiltaşı, miltaşından oluşan akarsu fasiyesli Kızılöz Formasyonunu içinde kazılmıştır. Kaya yerleşkesi, aslında tam olarak bu formasyonun içerisinde birer alt birim olan ayırtlanmış pomza kırıntılı pembe renkli tüfler ve kumlu tüflerden oluşan Miyosen-Pliyosen yaşlı Kavak Üyesi ile yine kazılması kolay ve hemen üzerine çökelmiş ince tabakalı, gri-boz beyaz renkli, sert, kırıklı kireçtaşlarıyla temsil edilen Geç Pliyosen yaşlı Kışladağ Üyesinin sınırında oluşturulmuştur. Toplam uzunluğu 1050 metre olan yeraltı şehri, tümüyle girişe göre yatay olarak kazılmıştır. Yeraltı şehrinin yüzeyde kapladığı alan ise 3100 metrekaredir. Kaya yerleşkesinin ana giriş ağzı, deniz düzeyinden 1035 metre yukarıda yer alır.

Bölgenin en büyük yeraltı şehri olan Kepez Yeraltı Şehri, on dört farklı giriş ve çıkış kapısı bulunur, birbirine dehliz ve tünellerle bağlantılıdır. Örümcek ağı mantığıyla çok fazla kollara ayrılan yeraltı şehrinde bu kollar vasıtasıyla çıkış kapılarına ulaşılmaktadır. Çıkış kapılarına yakın alanlarda güvenlik amaçlı dairesel kilit kapı sistemleri, ayrıca su temini için kuyular, aydınlatma için kandillikler ile oda ve salon şeklinde yaşam alanları bulunmaktadır. Bazı kesimleri göçük veya toprak-moloz ile dolu olan yeraltı şehrinde halen temizlenmesi gereken alanlar mevcuttur. Yeraltı şehrinin tabanında biriken malzemeler, çoğu salon ve tünellere geçişi zorlaştırmaktadır.