Nevşehir’in 19 kilometre güneyinde Niğde Nevşehir yolu üzerinde yer almaktadır. Derinkuyu Yeraltı Şehri'ne 10 kilometre mesafede yer almaktadır. Yeraltı şehri 1964 yılında ziyarete açılmıştır. Yeraltı şehrinin ne zaman inşaa edildiği kesin olarak bilinmemektedir. Ancak Kaymaklı Yeraltı Şehri’nin tarihinin de diğer yeraltı şehirleri kadar eski olduğu kesindir. Bu konuda farklı görüşler olmakla birlikte Kapadokya’da hüküm süren kavimlerden biri olan Hititler’in ustaca yapılan Potern adı verilen yeraltı geçitlerine sık rastlanması yeraltı şehirlerinin yapımında ya da genişletilmesinde Hititler’e de etkisinin olduğunu düşündürmektedir. Bununla birlikte Roma döneminde zulümden kaçan Hristiyanlar tarafından düşmanlardan korunmak ve ibadetlerini rahatlıkla yapabilecekleri bir alan oluşturmak amacıyla kullanıldığı yeraltı şehrinde bulunan kiliselerden anlaşılmaktadır.

Sekiz kattan oluşan yeraltı şehrinde çeşitli amaçlar için kullanılan yaşam alanları, yiyecek ve içecek depoları, hayvanlar için barınak yerleri ve dışarıdan gelebilecek tehlikelerden korunmak amacıyla taş kapılar, gizli yollar bulunmaktadır. Şehrin planı karmaşık gibi görünse de oldukça dikkatli bir şekilde inşaa edildiği anlaşılmaktadır. Pasajlar dar alçak ve eğimlidir. Mekânlar daha ziyade havalandırma bacalarının etrafında toplanmıştır.

Yeraltı şehrinin ilk katında hayvanlar için ayrılan bölüm bulunmaktadır. Bu alanın küçük olması yeraltı şehrinin başka alanlarında da ahırların olabileceğini düşündürmektedir. Yeraltı şehirlerinin giriş bölümünde genellikle hayvanlar için bir alan oluşturulması, eskiçağda bölge halkının geçim kaynağının hayvancılık olmasından kaynaklanmaktadır. Ayrıca uzun süren saklanma dönemlerinde insanların beslenme ihtiyaçlarını hayvanlardan sağladıkları düşünüldüğünde bu alanın önemi daha net anlaşılacaktır. Pek çok araştırmacı bu konuyla ilgili olarak, yeraltı şehirlerine saklanan insanların ani bir baskın olduğunu anlamak için de hayvanları giriş bölümüne koymuş olabilecekleri görüşünü ileri sürmektedir. Zira ani bir baskın sırasında hayvanlar huzursuz olup ses çıkarırlar. Bu da yeraltı şehrinde yaşayan insanların tehlikeyi daha erken fark etmelerine imkan sağlamış olabilir. Ayrıca ahır bölümün girişte yer alması her hangi bir tehlike anında hayvanların daha kısa sürede içeriye alınmasını sağlamıştır.

Kaymaklı Yeraltı Şehri’nde yer alan ahırın solunda bulunan sürgü taşlı bir geçitle kiliseye geçilmektedir. Bu koridorun sağ tarafında yaşam alanları bulunmaktadır. Koridorlar sürgü taşlarıyla korunmaktadır. Koridorların kapatılmasında kullanılan bu taşlar 55-60 santimetre kalınlığında 170-175 santimetre boyundadır. Ağırlığı ise 500 kilogramın üzerindedir.

İkinci katta ikinci bir kilise bulunmaktadır. Tek nefli iki apsisli kilisenin yanında mezarlık bulunmaktadır. Yeraltı şehrinin ikinci katında bir odanın içine oyulmuş içleri boş mezarlar vardır. Ayrıca Yeraltı şehrinin hemen üzerindeki kayalarda basit yapılı mezarlar bulunmaktadır. İkinci katta ayrıca oturma mekanları mevcuttur.

Üçüncü katta mutfak, yiyecek ve içecek depoları, şırahaneler ve oturma alanları mevcuttur. Kaymaklı Yeraltı Şehri’nde bir de bakır işleme atölyesi bulunmaktadır. Dördüncü katta yine şırahaneler, mutfak ve depolar yer almaktadır. Şehirde her bir oda bir diğer odayla birleşecek şekilde inşaa edilmiştir. Yeraltı şehirlerinin diğer katları ise henüz tam olarak temizlenemediği için ziyarete kapalıdır.

Yeraltı Şehri’nde bulunan üretim alanları ve depolar insanların yer üstündeki gündelik hayatlarını yeraltında da devam ettirdiklerini kanıtlamaktadır. Yeraltı şehirleri hakkında bilgi veren en eski kaynak olan Ksenophon’un Anabasis isimli eseridir. Ksenophon eserinde Anadolu’daki yeraltı şehirleri ile ilgili olarak şu bilgileri vermektedir:

“Evler yerin altındaydı. Evlerin girişleri kuyu ağzı gibi dar, ancak odalar oldukça genişti. Hayvanlar için toprağa giriş delikleri kazılmıştı; Hayvanlar yeraltına oyulmuş ayrı barınaklarda kalıyorlardı ve onlar için özel geçitler yapılmıştı. İnsanlar bu hayvan barınaklarına merdivenle iniyorlardı. Ahırlarda keçi, koyun, inek, kümes hayvanları yavrularıyla birlikte yetiştiriliyordu ve sadece kuru ot ve samanla besleniyordu. Ayrıca buğday, arpa, sebze ve testiler içinde arpa şarabı vardı…”