Höyük terimi, belirli alanlarda insan eliyle yapılmış yıkım katmanlarının birikmesiyle oluşan yapay yükseltileri ifade etmektedir. Bu yükseltiler zaman içinde tekrarlanan yerleşim, yıkım ve yeniden inşa döngülerinin bir sonucu olarak oluşmuşlardır. Bölgelere göre bu yükseltilere höyüğün yanı sıra hüyük, tepe, tell, til gibi değişik adlar verilebilmektedir. 

Neolitik Dönem öncesinde insanlar basit göçebe çadırlar, ağaç kovukları veya mağaralarda yaşadıkları için höyük oluşumu gerçekleşememektedir. Bu sebeple yerleşik hayata geçişi temsil eden bu dönemle birlikte höyük oluşumları gözlemlenebilmektedir. İlk yerleşimcilerden itibaren insanlar yaşamak için en uygun yerleri tespit etmişler ve yerleşimlerini bu alanlarda kurmuşlardır. Uygun yer belirlemede ise en önemli kaynak sudur. Su kaynaklarına ek olarak coğrafi özellikler, iklim şartları ve toprak verimliliği gibi birbiriyle bağlantılı nitelikler, yerleşim yerinin seçilmesinde önemli rol oynamaktadır. Bu sebeple yerleşim yeri yıkılsa dahi aynı alanda yerleşim aynı noktada devam edebilmektedir. Yerleşim yerinin terk edildiği durumlardaysa, bölgeye gelen farklı bir topluluk yine bu noktayı uygun şartları sebebiyle tercih edebilmektedir. Zaman veya insan eliyle üzeri toprakla kaplanan yerin üzerine yeni bir yerleşim kurulmakta ve devam eden döngü arkeolojik dolguyu oluşturmaktadır. Eski yerleşim yenisinin altında korunmakta ve yükselti giderek artmaya başlamaktadır. Bu yükselti sayesinde yerleşim yeri çevresine oranla daha korunaklı bir hale gelmektedir. Korunaklı olması yeni yerleşimlerin oluşturulması için ek bir tercih sebebi olarak karşımıza çıkmaktadır. Böylelikle höyük oluşumu gerçekleşmektedir. 

Bir bölgede ne kadar doğal kaynak bulunduğu o bölgede bulunan höyük oluşumunun miktar ve yüksekliğini etkilemektedir. Kurak ve yarı kurak bölgelerde daha fazla ve yüksek höyüklerle karşılaşılabilmektedir. Öte yandan bol yağış alan ve su kaynakları açısından zengin olan bölgelerde yerleşimler daha sık yer değiştirebildiğinden höyüklerin kalınlıkları ve miktarları daha seyrek görülmektedir. Bu nedenle Güneydoğu Anadolu, Suriye ve Mezopotamya gibi yerlerde höyüklerin yükseklikleri elli metrenin üstüne çıkabilirken, Trakya bölgesi ve Balkanlar’da bir ila üç metre yüksekliğinde düz yerleşmelerle karşılaşılabilmektedir. 

Yükseklikleri ve genişlikleri farklılık gösteren bu yapay tepeler farklı topografik biçimlerde karşımıza çıkabilmektedir. Bu biçimler bazen dik yamaçlı, dük bir koni şeklinde, düz, bazen de teraslı ve hafif meyilli gibi farklı türler örnek verilebilmektedir.

Höyükte her bir yerleşimi temsil eden katmanlara ‘’tabaka’’ adı verilmektedir. Arka arkaya sıralanan bu tabakalar genellikle belirli bir kültür dönemine aittir. Eğer zaman içinde farklı bir kültüre ait yeni tabakalar oluşmuşsa, alt katmanlardan oluşan ve kültürel bir bütünlük taşıyan arkeolojik birim "kültür evresi" olarak adlandırılmaktadır. Bu tabakaların kalınlığı ise iki temel unsura dayanmaktadır. Bunlardan birincisi malzemedir. Kullanılan maddeler genel olarak organik ve çabuk çözülen maddelerden oluşuyorsa dolgu kalınlığı daha ince ancak kil ve taş gibi daha dayanıklı malzemelerden oluşuyorsa dolgu kalınlığı daha fazla olacaktır.

Tabakaları oluşturan dolgunun kalınlığının bağlı olduğu ikinci unsur ise yerleşimde bulunan yapıların boyutlarıyla alakalıdır. Daha anıtsal boyutlarda bulunan kült alanları, yönetici konutları gibi yapılar daha fazla miktarda moloz bıraktığı için daha yoğun bir dolgu ile karşılaşılmaktadır.

Bu şekilde tabakalanma olan yerlerin kazıları farklı uygulamalarla gerçekleştirilebilmektedir. Bir höyükte sadece tabakalanma araştırılıyorsa ayrı uzun süreli ve geniş çaplı bir kazı planlanıyorsa ayrı bir yaklaşım gerekmektedir. Sadece tabakalanmayı incelemeyi amaçlayan kazı daha dar bir kapsamda yapılır. Bu tür bir kazıda, arkeologlar geniş alanlar açmak ve mimari yapıları tüm detaylarıyla ortaya koymaktan çok, stratigrafik ve kronolojik sorunları çözmeye odaklanmaktadır. Öte yandan bir höyük geniş kapsamlı bir şekilde kazılacaksa, arkeoloğun yaklaşımı ilk kazıya göre farklı olacaktır. İlk adım, kazı yönteminin belirlenmesidir. Birbirinin üzerine inşa edilmiş ve farklı yönlere bakan pek çok yapının bulunduğu höyüklerde farklı kazı teknikleri uygulanabilmektedir. Hangi yöntem seçilirse seçilsin, kazıya başlanmadan önce yapılması gereken ilk şey, kazı alanının topografik planını çıkarmak olacaktır.

Höyükler insan yerleşiminin birden fazla tabakasını koruyan zaman kapsülleri gibi görünmektedir. Bu katmanlar farklı zaman dilimlerine ait kanıtlar içermekte ve arkeologların zaman içinde mimari, teknoloji ve kültürde meydana gelen değişiklikleri takip etmesine olanak tanımaktadır. Her tabaka başka bir yerleşim aşamasını temsil edebilmekte ve insanların belirli bir bölgede nasıl yaşayıp geliştiğine dair bir zaman çizelgesi sunabilmektedir. Örneğin, Çatalhöyük ve Çayönü gibi yerleşimler Neolitik Dönem içindeki gelişim açısından önem arz etmektedir. Öte yandan Çanakkale’de Biga yarımadasında bulunan Troia Höyüğü İlk Tunç Çağı'nın başlarından Roma dönemine değin uzanan dokuz tabaka ya da kültür katına sahip olup, her tabakanın ara evreleri olarak da kırktan fazla yapı katına ulaşmakta ve bu sürecin aydınlatılması noktasında faydalı olmaktadır.  

Sonuç olarak Höyük, erken yerleşim yerlerinden karmaşık toplumlara kadar insan uygarlığının ilerleyişini anlamamıza yardımcı olan önemli bir arkeolojik özellik olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu höyüklerin incelenmesi sayesinde, eski halkların günlük yaşamları, kültürel uygulamaları, teknolojik gelişmeleri ve ticaret ağları hakkında önemli bilgiler edinilmektedir. Ülkemizin çeşitli bölgelerinde çok sayıda bulunan höyükler, tarih öncesinden başlayarak, erken kentleşme ve sosyal örgütlenme anlayışımız için kilit öneme sahiptir.