Türbe; üç Osmanlı sultanı döneminde yaşayan —Sultan Yıldırım’a, Çelebi Mehmed’e ve II. Murad’a kılıç kuşandıran— Emir Sultan adına eşi Hundi Hatun tarafından yaptırılmıştır. Kendi adıyla anılan mahallede, Uludağ’ın yamaçlarındaki bir tepe üzerinde bulunan türbe, caminin kuzeyindedir. Sultan Abdülmecid’in H. 1261 (M. 1845) yılında restore ettirdiği türbe, Sultan Abdülaziz tarafından şadırvan avlusunun revaklarıyla birlikte H. 1285 (M. 1868) yılında yeniden yaptırılmıştır. Sekizgen prizma formundaki türbe, kurşunla kaplanmış bir kubbeyle örtülüdür. İlk inşa edilen türbenin de mevcut yapıda olduğu gibi sekizgen planlı ve kubbeli olduğu düşünülmektedir.

Günümüzde türbenin zemini, avlu kotundan yaklaşık bir metre aşağıda yer almaktadır. H. 1013 (M. 1605) tarihli onarım keşfinde geçen ifadeler, o dönemde caminin avluya göre daha yüksek konumlandığını ve türbe ile avlunun aynı seviyede bulunduğunu göstermektedir. Bu durum, mevcut avlu zemininin bugünkü caminin inşası sırasında yükseltildiğini ortaya koymaktadır. Türbe, doğu ve batı yönlerinde dikdörtgen planlı mekânlarla bağlantılıdır. Doğudaki mekân, türbe kapısının revaka açıldığı giriş bölümü; batıdaki mekân ise türbedar odası olarak düzenlenmiştir. Bu planlama sayesinde kuzey yönündeki üç serbest cephesiyle yapı kütlesinden dışarı taşan türbe, çevresindeki mekânlardan daha yüksek tutulmuş ve mekânsal açıdan hâkim bir konum kazanmıştır. Kapının yer aldığı doğu cephesi dışında kalan cephelerde, beden duvarları hariç yuvarlak kemerli ve geniş pencereler bulunmaktadır. Kıble yönünde revaka açılan ziyaret (niyaz) penceresinin üzerinde, Sultan Abdülaziz tarafından H. 1285 (M. 1868) yılında yaptırılan ve ta’lik hatla yazılmış manzum ihya kitabesi yer almaktadır. Türbenin cepheleri ile iç mekân süslemeleri Empire (Ampir) üslûbunun özelliklerini yansıtmaktadır.

Türbeyi XVII. yüzyılda ziyaret eden Evliya Çelebi ile 1837 yılında Bursa’ya gelen Fransız seyyah Baptistin Poujoulat, yapının içinin ve dışının renkli çinilerle kaplı olduğunu belirtmektedir. Evliya Çelebi ayrıca kapısı gümüş kaplama olan türbenin son derece zengin bir mefruşata sahip olduğunu; içerisinde çok sayıda altın ve gümüş şamdan, kandil, mücevherli askı ile değerli hat levhalarının bulunduğunu belirtmiştir. Ona göre Ravza-i Mutahhara dışında hiçbir türbede bu denli kıymetli eşya bulunmamaktadır. Türbedeki eşyaların dökümünü içeren H. 1067 (M. 1657) tarihli bir belge, bu anlatımların abartılı olmadığını göstermektedir. Buna karşılık Eski Bursa’nın tarihî dokusu ve mistik atmosferinden büyük ölçüde uzaklaşmış olan günümüzdeki türbenin Avrupai mimarisi, Ahmet Hamdi Tanpınar’da da hayal kırıklığı yaratmıştır. Özgünlüğünü kaybetmiş olmasına karşın sofilikte velilik rütbesini kazanan Emir Sultan Türbesi’nin Müslüman dünyasında beşinci makam olduğunu ileri sürenler de vardır.

Peygamber soyundan geldiği için “Emir”, gönülleri fethettiği için “Sultan” unvanını alan Emir Sultan’ın diğerlerinden daha büyük ve yüksek tutulmuş olan sandukası, türbenin ortasında pirinç parmaklıklar arasında bulunmaktadır. Türbede Emir Ali, Hundi Hatun ve iki kızının kabirleri de mevcuttur. Türbe, yabancı ziyaretçilerin ilgisini çektiği kadar Bursa halkı açısından da önemli bir manevi merkezdir. Bursa’da sünnet olan çocukların buraya götürülerek dua edilmesi, evlenecek kişilerin burayı ziyaret etmesi, adak ve dilek amacıyla buraya gelinmesi ile bazı cenazelerin son yolculuklarına buradan uğurlanması, yapının halk inançları ve gündelik dinî pratikler içindeki merkezi konumunu açıkça göstermektedir.

Emir Sultan Türbesi, Bursa’da ve Türkiye genelinde en çok ziyaret edilen türbelerden biridir. Sahip olduğu tarihî ve manevi değer nedeniyle yerli ve yabancı ziyaretçiler tarafından yoğun ilgi gören Emir Sultan Türbesi’nin, Bursa Büyükşehir Belediyesi’nin gerçekleştirdiği çevre düzenlemesi çalışmaları ile doğal ve tarihî dokusunu uzun yıllar koruması beklenmektedir.