XV. yüzyılın sonlarına doğru o zamanki Niğbolu Sancak Beyi Hamza Bey’in oğlu Bali Bey tarafından inşa ettirilen yapı, Bursa surlarının ana kapılarından biri olan Hisar Kapısı’nın aşağı hizasında, Kırkmerdivenler yanındadır. O dönemde ticaret merkezi olarak işlev gören Bursa-Kapalıçarşı’da bulunan dükkânlara mal satmak veya mal almak için şehir dışından gelen tüccarların ve yanındakilerin konaklama ihtiyacını gidermek amacıyla yapılmıştır. Toplamda 64 odasının bulunduğu bilinen Han, üç katlı özelliği ile de ayrı bir mimari yapıya sahiptir. 1546 tarihli bir kayıtta, Bursa-Yenişehir’deki mescit ve imarete gelir getirme amacıyla kurulan vâkıfa ait olduğu belirtilen Han, yine kayıtlara göre 1629 ve 1634 yıllarında bakım ve onarım görmüştür. Han, daha sonraki tarihlerde giderek kullanılmaz hâle geldi ve onarımı için çeşitli girişimlerde bulunulmuştur. Hatta 1793 yılında onarım masraflarını karşılayacak kişi veya kuruluşlara en fazla üç sene olmak koşulu ile kiraya verilmesi kapsamında bir nevi ihaleye çıkılmıştır.

Han yapısının, Birinci Dünya Savaşı’nın ilk yıllarına kadar, posta hizmetlerinin yürütüldüğü ve posta arabalarının konakladığı bir merkez olduğu bilinmekle beraber, bu durum herhangi bir kayıtla sabit değildir. Ayrıca, yapının bazı bölümlerinin 1950’li yıllarda sığınak; 1970’li yıllarda ise avlusunun bir bölümünün kahvehane amacıyla kullanıldığı yörede gerçekleştirilen araştırmalarda geçmektedir. Geneli itibariyle muhtemelen Bursa’da gerçekleşen depremler sebebiyle de büyük kısmı toprak altında kalan yapının avlusu ve zemin kat alanları ilk olarak 1983-1984 yıllarında Bursa Büyükşehir Belediyesi’nin girişimleriyle, toprak dolgudan temizlenmiştir. Ardından ise 2006 yılında restore edilmeye başlanmış ve 2008 yılında tekrar açılmıştır.

Günümüzde Bursa’nın en işlek caddelerinden olan Atatürk Caddesi üzerinde yer alan Balibey Han, Balibey Han Geleneksel El Sanatları Çarşısı olarak ziyarete açıktır. Yapının orta katında geleneksel el sanatlarından Türk süsleme sanatları, el yapımı toprak ve seramikler, tespih, Karagöz atölyesi, cam işleme, minyatür, el dokuma, rölyef ve resim gibi çeşitli örneklerin üretildiği 30 adet atölye ile sergi ve toplantı salonu bulunmaktadır. Üst katı da restoran ve kafeterya olarak hizmet vermektedir.