Kars’a bağlı, eski adı Zavot olan Büyük Boğatepe Köyü’nde kuruldu. Müze’nin kuruluş amacı yörenin peynir kültürünü, tarihini, çeşitlerini ve üretim yöntemlerini belgelemek, tanıtmak, yaşatmak ve gelecek nesillere aktarabilmektir. Müze Türkiye’nin ilk ve 2019 itibariyle tek peynir müzesidir. Müze aynı zamanda bir Eko Müze olarak sınıflandırılmaktadır.

93 Harbi olarak bilinen Osmanlı Rus Savaşı’nın ardından Rus kontrolüne giren bölgeye yerleştirilen Malakanlar, bugün Zavot Köyü olarak bilinen yaylalarda hayvancılık ve tarım faaliyetlerine başladılar. Aynı yıllarda bölgeyi ziyaret eden İsviçreli iş insanları, Malakanlar'ın ürettikleri bol miktarda sütü değerlendirmek amacıyla gravyer peyniri imalâthaneleri kurdular. Bu imalâthanelere Rusça dilinde fabrika anlamına gelen zavot (zavod) denilmektedir. Bu isim sonradan köye de adını verdi. 1920’li yıllarda Gürcistan’dan göç edip bölgeye yerleşen Karapapak Türkleri kooperatifleşme yöntemiyle peynir üretimine devam ettiler. Köyün adı 1936 yılında Boğatepe olarak değiştirildi. Günümüzde köyün adı Büyük Boğatepe olmakla beraber halk arasında Zavot adı hâlâ yaygın bir biçimde kullanılmaktadır. Köyde başta gravyer ve kaşar olmak üzere farklı çeşitlerde peynirler tamamen geleneksel yöntemlere bağlı olarak üretilmeye devam edilmektedir.

2005 yılında Türkiye’de geleneksel gravyer ve kaşar üretiminin sürdürüldüğü çok az sayıda yerlerden biris olan Büyük Boğatepe Köyü’nde Birleşmiş Milletler Kalkınma Programı’nın (UNDP) da desteğiyle Zavot Peynir müzesi kuruldu. 1880’li yıllarda İsviçreli David Moser tarafından yaptırılan ancak zamanla terk edilerek tahrip olmuş köyün ilk peynir imalâthanesinin restore edilip dönüştürülmesiyle müze faaliyete girdi. Müzeye Zavot adının verilmesinde köyün eski adı olmakla beraber aynı zamanda geleneksel peynir üretim kültürünü temsil ediyor olması da etken oldu.

Müze’de sergilenen ürün ve faaliyet kalemlerini üç ana başlıkta değerlendirilebilmektedir: Müze’nin en önemli bölümü sayılabilecek Peynir ve Peynircilik bölümünde Kars ve yakın çevresinde yer alan peynir türleri ve üretim süreçleri hakkında bilgiler verilmektedir. Alanda sergilenen peynir türleri arasında kaşar, gravyer (Kars gravyeri) ve çeçil başta olmak üzere çakmak, ortulum, heriye tulumu, yağlı motal, tel, çanak, çürük, taze çürük, salamura kelle, gorcola peynirleri gibi çeşitler sayılabilir. Diğer ana faaliyet konuları Yerel Tarih ve Kültür ile Doğal Çevre ve Yaşam bölümleridir.