Saint Pierre Kilisesi, Antakya’da Habib-i Neccar Dağı'nda yer alan doğal bir mağaradan dönüştürülmüştür. Hz. İsa’nın 12 havarisinden biri olan Saint Pierre'in, Hristiyanlık inancını yaymak amacıyla Antakya’da ilk dini toplantılarını bu mağarada gerçekleştirdiği ve burayı bir ibadet yerine dönüştürdüğü bilinmektedir. Aynı zamanda, "Hristiyan" teriminin ilk defa burada kullanıldığı kaydedilmektedir. Bu özellikleri nedeniyle kilise, Hristiyanlık tarihinde önemli bir yere sahiptir. Her yıl 29 Haziran’da düzenlenen ayinlerle Katolik inanç turizmine katkı sağlayan Saint Pierre Kilisesi, bu anlamda dini bir merkez olarak da öne çıkmaktadır. Kilisenin tabanında ve yan neflerinde IV. ve V. yüzyıllara tarihlenen mozaik kalıntıları bulunmaktadır. Ancak bazı bölümler zamanla tahrip olmuştur. XI. ve XII. yüzyıllarda ise mağara kilisesine sütun ve kemerlerin eklenmesiyle yapı, üç nefli bir kilise haline getirilmiştir.

Saint Pierre Kilisesi, Stauris Dağı'nın batı yamacında kayalara oyulmuş bir mağaradan oluşmaktadır. Bu mağara, yedi metre yüksekliğinde, 9,5 metre genişliğinde ve 13 metre derinliğindedir. Antakya’daki ilk Hristiyan topluluğunun gizlice toplanarak ibadet ettiği yer olarak bilinen bu kilise, Hristiyanlık tarihinin en eski ibadet yerlerinden biri sayılmaktadır. İncil’in Resullerin İşleri bölümüne göre, Barnaba Tarsus’a giderek Pavlos’u Antakya’ya getirmiş ve burada bir yıl boyunca Hristiyanlık öğretilmiştir. İnanışa göre, Hristiyan teriminin ilk kez burada kullanıldığı belirtilmektedir. Ayrıca Pavlos’un Galatyalılar’a yazdığı mektupta bu bölgeye değinildiği ifade edilmektedir.

Kilise içerisinde yer alan taş sunak, eskiden 21 Şubat’ta kutlanan “Saint Pierre Kürsüsü Bayramı” için kullanılan bir kürsü barındırmaktadır. 1932 yılında sunağın üzerine yerleştirilen mermer Saint Pierre heykeli, kilisenin sembollerinden biri olmuştur. 1098 yılında Haçlılar Antakya'yı fethettikten sonra, kilise birkaç metre daha uzatılarak ön cephesi iki kemerle birleştirilmiştir. Ayrıca ön cephenin, 1863 yılında Papa IX. Pius’un talimatıyla Kapuçin rahipleri tarafından yeniden inşa edildiği ifade edilmektedir. Kilise bahçesinde mezar kalıntıları ve tarihi revak izleri de görülmektedir.

Günümüzde müze olarak kullanılan kilisede, ibadet ve törenler valilik izniyle düzenlenmektedir.