3386 sayılı Kanunla değişik 2863 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu'nun 51'inci maddesi uyarınca Bakanlıkça belirlenen yerlerde “Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulları kurulur” hükmü kapsamında Bakanlar Kurulunun 12.08.1997 tarih ve 97/9788 sayılı kararı ile Samsun Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu'nun kurulacağı belirtilmiştir. 2863 sayılı yasa doğrultusunda oluşturulan ve bölgesel nitelikli olan bu kurulun iş ve işlemlerini yürütmek için Samsun Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu Büro Müdürlüğü 22.02.2000 tarihli ve 468 sayılı makam oluru ile faaliyete başlamıştır. 2000-2004 yılları arasında adı Samsun Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu Büro Müdürlüğü olan kurum, 2004 yılında Samsun Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu Müdürlüğü ismini almıştır. 2011 yılından beri kurumun adı Samsun Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu Müdürlüğü'dür. (2011 yılında Kültür ve Tabiat varlıkları birbirinden ayrılmış tabiat varlıklarına ilişkin iş ve işlemler Çevre ve Şehircilik Bakanlığına devredilmiştir.)

Koruma Bölge Kurulu 2863 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunun 57. maddesinde belirtilen görev ve yetkilerini Müdürlük uzmanlarının Kurula sunduğu dosyalar üzerinden yerine getirmekte alınan kurul kararlarının ilgili kurumlara dağıtımı da Koruma Bölge Kurulu Müdürlüğü tarafından yapılmaktadır. Samsun illerinde bulunan taşınmaz kültür varlıklarına yönelik mevzuatın gerektirdiği iş ve işlemleri yürütmekle gerektiğinde de Samsun Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kuruluna dosya hazırlamakla görevlidir.  

Kurulduğu 2000 yılından beri Samsun, İlkadım, Kale Mahallesi, Sanat Sokak No: 6 adresinde eskiden askeri hastaneye ait poliklinik binası olarak kullanılan tescilli yapıda hizmet vermektedir. Samsun Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu Müdürlüğü Sanat Tarihçisi, Arkeolog, Şehir Plancısı, Mimar, Harita Mühendisi meslek dallarında uzman teknik personel, yardımcı personel, müdür ve müdür yardımcısından oluşan idari kadro ile görev yapmaktadır.  

Samsun Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu ilk toplantısını 06.09.2000 tarihinde, Samsun Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulunun ilk toplantısı 07.10.2004 tarihinde, Samsun Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulunun ilk toplantısı 06.10.2011 tarihinde gerçekleştirmiştir.