Göreme Açık Hava Müzesi’nin 500 m batısındaki aşağı vadide yer alan Saklı Kilise, konum olarak El Nazar Kilisesi’nin kuzeydoğusunda, Göreme ile Ortahisar arasındaki kaya kütlesinin Uçhisar’a bakan yamacında bulunmaktadır. Kiliseye Göreme-Maçan yolunun kuzey tarafında bulunan tüf kayalıkların arasındaki patikadan 250 metre kadar tırmanılarak ulaşılabilir. Kilisenin çevresinde çeşitli şapel, yemekhane vb. manastır yapıları ile kaya mezarı çukurları mevcuttur. Farklı araştırmacılar tarafından XI. yüzyılın ikinci yarısı ile XII. yüzyıl arasına tarihlenen Bizans dönemi bir kaya kilisesidir. Saklı Kilise, Aziz Johannes Kilisesi olarak da bilinmektedir. İncil’de Aziz Johannes kutsal bir görev üstlenerek İsa’yı vaftiz etmiştir ve onu Hristiyan yapmıştır. Aziz Johannes, Kur’an-ı Kerim’de Yahya peygamber olarak geçmektedir.

Mezopotamya kilise mimarisinin özelliklerini taşıyan Saklı Kilise dikdörtgen planlıdır. İki nefli ve üç apsislidir. Batı nef düz tavanla, doğu nef ise beşik tonozla örtülüdür. Kiliseye batı nefin batı duvarından bir kapı ile girilebilmektedir. Düzensiz bir şekilde oyulmuş üç basamak inilerek ulaşılan naos, kuzey-güney doğrultusunda uzanan nefler ve iki bölümlü ana apsis ile bir yan apsisten oluşmaktadır. Bu apsislerden ikisinin çökmesinden dolayı günümüzde birleşmiş durumdadır. Yıllar önce girişi sel sularının oluşturduğu toprak kayması nedeniyle kapanmış olan Kilise 1957 yılında bir rastlantı sonucu tekrar ortaya çıkarılmıştır ve bundan dolayı Saklı Kilise adını almıştır. Bu yüzden toprağın altında kalan fresklerde büyük oranda kayıplar görülürken, toprağın temas etmediği freskler oldukça sağlam şekilde günümüze ulaşmıştır. Kilisenin duvarlarında sıva kullanılmamış olup tasvirler direkt olarak kaya duvarlara yapılmıştır. Resim tekniği ve renk geçişleri açısından tük düze olan fresklerde kırmızı renk ağırlıklıdır. Kırmızının dışında koyu sarı, yeşil gölgeler ve beyaz ışıklar da kullanılmıştır. Kilise civarında bulunan bez kalıntılarının incelenmesi sonucunda kilisenin boyanması sırasında fırça yerine bez kullanıldığı ortaya çıkmıştır. Kilisenin tavanında içlerinde geometrik süslemeler bulunan çeşitli büyüklükteki haçlar ile resmedilmiştir. Kapadokya Bölgesi kaya kiliselerinde sıklıkla rastlanan zikzak ve dama motifleri yoğun olarak kullanılmıştır.

Fresklerdeki sahneler, geniş ve bağımsız kompozisyonlar biçiminde olup ağırlıklı olarak İsa siklusu'nu içermektedir. Dua/Yakarış (Deesis), Müjde, Doğum, İsa’nın Mabete Takdimi, Vaftizci Yahya’nın Görevlendirilmesi, Vaftiz, Başkalaşım (Metamorfosis), Çarmıhta İsa, Meryem’in Ölümü (Koimesis) ile aziz tasvirleri resmedilmiştir. Duvar resimlerinde azizlerin isimleri, hikâyeleri ve söyledikleri sözleri içeren yazıtlar da yer almaktadır. Saklı Kilise Kutsal Mandylion (Kutsal Mendil) adı verilen ve hristiyan mitolojinde İsa’nın kendisi tarafından yaratıldığına inanılan resim açısından önem arz etmektedir. Saklı Kilise’de Kutsal Mandylion tasviri ibadethanedeki kemerli geçidin üzerinde yer almaktadır. Söz konusu tasvir, İsa’nın aslına en uygun ve kendisinin isteği ile oluşturulmuş tasvirlerinden biri olarak kabul edildiği için önemlidir. Solda, Müjde sahnesinden tahtta oturan bakire tasvir edilmiştir. Sağda, peygamber Yeşaya’nın temsili görünmektedir. Yeşeya bir kutsama hareketi ile Mandylion’u işaret etmekte ve elinde açık bir parşömen tutmaktadır ki bu parşömen tasviri Yeşaya’nın İsa’nın bir bakireden doğacağı kehanetine atıfta bulunmaktadır. Mandylion’un yanında, beyaz arka planla kontrast oluşturan kırmızımsı bir pigmentle boyanmış yedi yuvarlak çerçeve vardır. İsa’nınkinden dikey şeritlerle ayrılmış üç ve dört yuvarlak halkanın kombinasyonları tablet şeklindedir. Saklı Kilise; Karanlık, Çarıklı ve kiliseler ile sütunlu kiliseler grubuna dahildir ve başkent üslubunu yansıtan en güzel örneklerdendir.

Saklı Kilise bulunduğu zaman içerisindeki toprak yığını temizlenmiş, onarım, temizleme ve rölöve çalışmaları yapılmıştır. Saklı Kilise’de, kilisenin batı tarafında yamaç yüzeyinde sonradan eklenmiş kesme taş merdiven ile girişte bulunan demir bir kapı dışında herhangi bir ek bulunmamaktadır. Merdivende gerçekleştirilen onarımda yapıya uygun olmayan çimento harcı kullanılmıştır.