Kilise sözcüğü, Yunanca Ekklesia (Latince Ecclesia) sözcüğünden türetilmiştir. Kilise, Hristiyan gelenekte önemli bir yer sahiptir. Kilise, İsa Mesih’e iman eden, onun yoluna kendini adayan ve onu bir umut olarak düşünen topluluğu ifade etmek için kullanılmıştır. Kilisenin birlik, kuruluş/kurum, sakrament, elçi ve hizmetkâr (servant) olmak üzere genel kabul görmüş beş farklı boyutu bulunmaktadır. Genel olarak Kilise, Hristiyanlık geleneğinde hem kutsal mekânı hem de yerel ya da evrensel Hristiyan toplumunu ifade etmek için kullanılmıştır.

Kilise, İncillerde farklı anlamlarda kullanılmıştır. Bunlar arasında en başta geleni Elçilerin İşleri kitabı ikinci bölümde İsa Mesih’e iman edenlerin tamamını içeren evrensel kiliseyi ifade etmek için kullanılmıştır. Onun dışında yine İsa Mesih’e iman edenlerin oluşturduğu Korint Kilisesi, Selanik Kilisesi gibi yerel topluluklar/kiliseler için kullanılmıştır. Matta İncilinde İsa’nın Petrus için “ben kilisemi bu kayanın üzerine kuracağım” ifadesini kullandığı yazılıdır. Aramice Kifas (Latince Petrus) kaya anlamına gelmektedir. Burada İsa Mesih’in havarisel hiyerarşi açısından kendisinden sonra gelecek olan kişinin Petrus olacağını metaforik bir dille anlatmıştır. Kilise burada toplantı ya da meclis anlamındaki ilk kullanımı dışında Mesih’e inananlar topluluğu olarak kullanıldığı anlaşılmaktadır. İlk dönemlerde yeryüzüne dağılmış olan bütün Hristiyanlar, kilise adını taşıyordu. Ancak bu kelime, “mahalli cemaatleri” de belirtiyordu. Çünkü şurada veya burada olan iki ya da üç cemaat İsa Mesih adına birleşmişlerdi. Onların ortasında ise İsa Mesih’in bedenini simgeleyen kilise bulunmaktaydı. Ancak kilise yeryüzü cemaatlerinin toplamı değildir. O, Mesih’e ait olan ve onun bedeninin üyeleri olan bütün varlıkları içine alan yeryüzü ötesi bir realitedir. Bu realitenin içine yüksek melekler ve iyi ruhlar, mutluluğa erenler, şehitler ve hala bu dünyada savaşan Hristiyanlar girmektedir. İsa, bu kiliseyi nişanlısı gibi sevmektedir ve İncillere göre, kilise İsa’nın zevcesidir.

Kilise, Tanrı’nın planının hizmetinde ve Tanrı’dan gelen bir sır/gizemdir. O, kurtuluş için bir organizmadır. Kilise, tümüyle İsa’yla bağlantılı olup İsa’dan ayrı olarak herhangi bir varlığa, değere veya etkiye sahip değildir. Böylece kilise, Baba-Oğul-Kutsal Ruh üçlüsünün bir işi olarak mevcudiyet kazanmaktadır. Kilise hakkında konuşulurken hep bir imaj, bir sembol ve bir analojiye ihtiyaç duyulmuştur. Hristiyan gelenekte kilise için kullanılan en yaygın metafor İsa’nın mistik bedeni şeklinde olmuştur.

İncillere göre İsa’nın yaşadığı dönemde yapı olarak kiliseden söz etmek mümkün değildir. İsa Mesih vaazlarını zaman zaman Yahudi mabedinde vermiştir. Elçilerin İşleri kitabında ev tipi kiliselerden bahsedilse de günümüzdeki formda bir kilise ancak Hristiyanlığın Roma’da resmi din olarak kabul edilmesiyle inşa edilmeye başlandığı bilinmektedir. Dini yapı olarak kiliseler mezhepsel ve kültürel nedenlere bağlı olarak göre mimari, estetik süsleme ve ikonografik açıdan bir takım farklılıklar içermektedir. Hristiyan-lar (Christos) tabiri, Elçilerin İşleri kitabına göre ilk kez Antakya’da İsa Mesih’e inananlar için kullanılmıştır. Antakya’da bulunan Aziz Petrus Mağara Kilisesi de Hristiyanlık tarihindeki ilk kilise olarak kabul edilmektedir. Hristiyan gelenekte zaman içerisinde kilise sözcüğünün farklı kullanımlara sahip olduğu görülse de kilise Hristiyan gelenekte sadece dini yapı ya da mezhep olmayıp İsa Mesih’e iman edenleri içine alan evrensel bir topluluktur.