Prehistorik dönemden (MÖ üçüncü bin yıl) itibaren yerleşim yeri olan Ayasuluk Tepesi, Arzawa-Mira Krallığı döneminde Apasas, daha sonra Ephesos adıyla anılmakta idi. Lydia Kralı Kroisos Efes’i alıncaya kadar (MÖ 560) anakent konumundaydı. Kroisos’un zorlamasıyla Artemis Tapınağı çevresindeki yeni yerine taşınan ikinci Efes daha sonra buradaki limanın dolmasıyla tekrar yer değiştirmiştir. Büyük İskender’in generallerinden Lysimakhos tarafından MÖ 300 yıllarında kurulan Helenistik kent (Üçüncü Efes) Roma döneminde Asia eyaletinin başkenti durumuna gelmiştir. Erken Bizans döneminde gerileme sürecine girmiştir ve MS VII. yüzyılda limanın kullanılmaz hâle gelmesiyle tekrar yer değiştirmiştir. Bundan sonra artık kent (Dördüncü Efes); eski yerinde birinci Efes’in kurulduğu yerde Ayasuluk Tepesi’ndedir. Çünkü Ayasuluk Tepesi St. Jean Bazilikası’nın yapımı ile yeniden önem kazanmıştır. Efes halkının MS VII. yüzyıldan sonra Ayasuluk’a taşınması ile St. Jean Bazilikası Efes’teki eski Piskoposluk Kilisesi’nin yerini almıştır. Bizans döneminde önemli bir kent ve haç merkezi konumunu sürdüren Efes, 1304 yılında Türklerin eline geçti. Bundan sonra Ayasuluk adını alan kent 1350 yılından sonra Aydınoğulları Beyliği’nin bir dönem başkenti oldu. Erken Osmanlı döneminde Batı Anadolu’nun liman kentlerinden biri olan Ayasuluk, daha sonra Kuşadası ve İzmir’in gelişmesi ile köy haline gelmiştir. Cumhuriyet döneminde Selçuk adını alan ilçe, tarihi ve turistik özellikleriyle öne çıkmıştır.

St. Jean Bazilikası’nı kuşatan yaklaşık bir kilometrelik sur duvarları iç ve dış surlar şeklinde iki bölümlüdür. Yirmi kule ile desteklenen dış surlar ve kapılarda yapı malzemesi olarak Efes ve Artemis Tapınağı’ndan getirilen devşirme malzemeler kullanılmıştır. Surların doğu, batı ve güneyinde üç ana girişi vardır. Girişler içinde en sağlam kalabileni güneydeki Takip Kapısı olarak adlandırılan ana kapıdır. Takip Kapısı, iki yanında kare planlı kuleler ve ortada kemerli bir girişe sahiptir. Kemerin üst kısmında Eroslar’ın kabartma olarak işlendiği bir lahit yüzü yer almaktadır.

Takip Kapısı ile bazilika arasında yer alan üç kemerli anıtsal kapının her bir kemeri dört paye tarafından taşınıyordu. Iustinianus dönemi öncesinde inşa edilen bazilikaya ait olan bu anıtsal kapı, haç kiliselerinin avlularına açılan ve Roma dönemi özelliklerini devam ettiren bir yapı türüdür.

Ayasuluk Tepesi’nin güney bölümündeki St. Jean Bazilikası İsa’nın en sevdiği İncil yazarı genç havarisi adına inşa edilmiştir. Önce St. Jean için basit bir mezar anıtı yapılmış ve bu mezarın üzerine MS V. yüzyılda ahşap çatılı bir bazilika inşa edilmiştir. MS VI. yüzyıl başındaki depremlerde kullanılamaz duruma gelen bazilikanın yerine İmparator Iustinianus ve karısı Theodora (527-565) tarafından haç planlı, üç nefli, altı kubbeli yeni bir bazilika yaptırılmıştır. Bazilikaya batı yandaki büyük narteks kapısından girilmektedir. Tabanı renkli mermerle kaplanmış olan bemanın merkezinde bulunan dört adet burma yivli küçük sütun kiboriona aittir. Bunun altındaki kriptada, eski kazılar sırasında üç mezar yapısı bulunmuştur. Bunlardan ortadaki mezarın St. Jean’a (Aziz Yuhanna) ait olduğu kabul edilmektedir. Ancak mezarda kazılar sırasında hiçbir kalıntı bulunamamıştır. Zaten bunların XIII. yüzyıldan itibaren boş olduğu ve kutsal kalıntıların daha önce İstanbul’daki Havariun Kilisesi’ne taşındığı bilinmektedir. Bemayı çevreleyen sütunlar ve süslü arşitravlar Orta Bizans dönemine (X. ve XII. yüzyıl) aittir. Bunlar ve syntronon son yıllarda restore edilmiştir.

Kilise transeptinin kuzeyindeki üzeri ahşap çatıyla örtülü, apsisli bölüm hazine dairesi ile beraber planlanmış ve inşa edilmiştir. Apsisli yapı daha sonra (MS X. ve XI. yüzyılda) kiliseciğe (şapel) dönüştürülmüştür. Apsisteki fresklerde sağda St. Jean, ortada Hz. İsa ve solda ise Aziz Timotheus veya başrahip resmedilmiştir. Şapelin yanında yer alan hazine dairesi merkezi planlı ve kare şeklinde bir yapıdır. İçte, ortada dairesel merkezi kısım ve bunun çevresinde merkeze açılan bölümler ve köşe odaları vardır. Merkezi kısmın üzeri kubbe ile örtülü olup yan kısımlar iki katlı bir mimariye sahiptir. Merkeze açılan haç kolu şeklindeki bölümlerde (ve üst kat galerisinde) yer alan karşılıklı nişlerde kilisenin kutsal eşyaları ve hazineleri saklanıyordu. Yapının bilinen tek örneği İstanbul Ayasofya Kilisesi yanındaki dairesel planlı hazine dairesidir.

Kilisenin kuzey bölümünde yer alan vaftizhane, Anadolu’daki kompleks planlı iki vaftizhaneden biridir. Benzeri Side Piskoposluk Sarayı yakınında olan vaftizhanenin sekizgen planlı (oktagonal) merkezi kısmı ile bunun çevresinde dolanan çevre koridoru ve bu koridora açılan üçgen planlı köşe odaları vardır. Merkezi kısmın doğu ve batısındaki apsisli salonlar vaftiz öncesi ve sonrası seremonileri için planlanmıştır. Vaftizhane tümüyle MS V. yüzyıldaki Iustinien dönemi öncesi ahşap çatılı bazilika ile beraber inşa edilmiş olup İmparator Iustinien dönemindeki kubbeli bazilika ile beraber kullanılmaya devam edilmiştir. Yapının tam ortasında iki yanı üçer basamak merdivenli yuvarlak bir vaftiz havuzu vardır. Bunun yanındaki kare şeklindeki küçük havuzlar ise vaftiz törenleri sırasında kutsal suyun durduğu havuzlardır. Vaftizhane ile bazilika arasındaki koridor kısmında görülen çeşme MS VI. yüzyılda yapıldı. Iustinien kilisesi yapıldıktan sonra vaftizhane aksındaki ana kapının kapatılması gerekince bu kapının yerine çok süslü mermer çeşme yapılmış ve vaftizhane kapısı daha batıya alınmıştır.

Atrium ise kilisenin batısında yer almaktadır. Bu avlu alanının yaratılması için, çevredeki portiklerin bulunduğu bölümlerin altına bazı altyapılar inşa edilmiştir. Orta kısmı açık olan atriumun üç yanında sütunlu ve kemerli portikler vardır. Bu portiklerin dış kısmında, Bizans mimarisinde tek örnek olan gezinti yeri planlanmış ve yapılmıştır. Atriumun batısında bu gün temelleri görünen üç nefli bir manastır bazilikası yer almaktadır. Doğuda büyük bir apsisi olan bazilikanın mimari planı MÖ IV. ve V. yüzyıl bazilikalarını hatırlatmaktadır. Bazilikanın güney kısmında manastırın iki odası daha vardır. Ancak manastırın diğer odaları henüz kazılmamıştır ve bir bölümü İsabey Camii’nin avlusu yapılırken bozulmuş olmalıdır.

Ayasuluk Tepesi’nin en yüksek yerine inşa edilmiş olan iç kale Selçuk ilçesinin başına konulmuş bir taç gibidir. Gururlu görünümünün ardında çok eskilere giden geçmişini saklamaktadır. Görülen kale duvarları Selçuklu-Osmanlı dönemlerine aittir. İç kale sur duvarları 15 kuleyle güçlendirilmiştir. İç kalenin biri batıda, diğeri doğuda olmak üzere iki girişi vardır. Kale içinde, kapıların yakınında tonoz örtüleri sağlam kalabilmiş beş adet sarnıç, merkezi kısmın güneyinde tek kubbeli ve minaresi kısmen sağlam kalabilmiş cami (Kale Camii), üstte, batıda Türk dönemine ait kale hamamı ve beşik tonozla örtülü bir başka sarnıç bulunmaktadır. Son yapılan kazı ve araştırmalarda Türk döneminde sarnıç haline getirilen tonozlu yapının aslında Bizans dönemine ait bir bazilikanın doğu (apsis) bölümü olduğu kesinlik kazanmıştır. Sarnıç haline getirilirken üstü tonozla kapatılmış ve orta kısmı bir sütun ve iki kemerle desteklenmiştir. Yağmur sularıyla beslenen sarnıç, yanındaki hamamın su gereksinimini karşılıyordu. Düzgün tuğla hatıllı taş duvarlar, yapı sarnıç haline getirilirken içten desteklenmiş ve güçlü bir kırmızı harçla sıvanmıştır. Yapının inşa edildiği kayalık platform tepenin en yüksek noktasıdır. İnanışa göre, St. Jean 90 yaşında bir ihtiyar iken Ayasuluk Tepesi’nin en yüksek noktası olan burada İncil’ini yazmış ve dua etmiştir. Belki buradaki bazilika da onun anısına (St. Jean için) inşa edilmiştir.