Elazığ’ın turistik özelliğe sahip Harput Mahallesi’nde kalenin alt kısmında bir duvarı kale ile bitişik şekilde bulunan bir antik yapıdır. İshak Sunguroğlu’nun aktardığına göre kale meydanından aşağı, yolun sağında ve Süryani Mahallesi’nin sol kanadının ortasında bir noktada olup tamamen taş yapılı, iki katlı büyük bir binaydı. Üst kat alt kattan biraz daha ileri çıkan yapı her ihtimale karşı payandalara taşıtılarak güçlendirilmiştir. Üzeri topraktı fakat o çevredeki diğer toprak olan damlar içerisindeki en orijinal olanlardan biriydi. Düz bir dam yapılmak istendiği için az meyiller verilerek kar ve yağmur sularının oluklardan süzülmesi sağlanmıştır. Üstündeki çan kulesi, tamamen zıt bir malzeme olan ahşaptan oldukça güzel bir sanatla yapılmıştır. Ön tarafa hiç penceresi yoktur yalnızca tavana yakın kısımlarda iki küçük pencere bulunmaktadır. Bütün pencereleri avluya bakar şekilde tasarlanmıştır.

Süryanilerin atası olarak gösterilen Asuriler bu bölgede yaşadılar. Harput’ta bulunan kabartmalardan anlaşılacağı üzere Süryanilerin ataları olan Aramiler Diyarbakır, Malatya ve Harput’ta MÖ 1000 yılından itibaren görünmüşlerdir. Hristiyanlık inancına göre, Hristiyanlığı kabul eden ilk krallık kabul edilen krallık Abgar Krallığı'dır. Bu bilgi dikkate alınarak Harput Meryem Ana Kilisesi’nin MS 179 yılında yapıldığı söyleniyor. Abgar Krallığı, MS 34’ten itibaren Urfa ve diğer bölgelerde kiliseler inşa etmeye başlamıştır. MS 179’da da Süryani cemaati ile Harput’ta bu kiliseyi inşa etmeye başlıyorlar. Burada dikkat çekilecek bir nokta da Aramilerin Hristiyanlığı kabul ettikten sonra Süryani ismini aldıklarıdır. Roma’nın ve Perslerin Abgar Krallığı'nı bir tampon bölge olarak görmesinden dolayı bu krallığa karışmamış ve kilise kurulması kolay bir hâle gelmiştir.

Bu kilisenin diğer kiliselerden farklı bir yönünün olduğunu akıl hastaları ile çocuğu olmayan kadınlara şifa olduğu söylenmektedir. Bu yapılırken de din ve mezhep ayrımı gözetilmediğinin altı çiziliyor. Harput’un virajlı yollarında kaza yaşanmamasının bu kilisenin mucizelerinden biri olduğu ve bütün herkesi koruduğu söylenmektedir. Kilise vakfı başkanı olan İshak Tanoğlu, kilisenin bütün insanlığın refahına hizmet ettiğini belirtmiştir. Bütün somut kültürel miras nesnelerinin çevrelerinde onları sarmalayan bir somut olmayan kültürel miras da vardır. Harput’taki Meryem Ana Kilisesi’nin etrafında da zaman içinde böyle bir somut olmayan kültürel miras oluşmuş, Anadolu’nun en eski kilisesi olduğu kralın kızı Helen’in iyileşmesinde de kilisenin rolünün önemli olduğu söylenmektedir. (Hangi kralın kızı olduğu belirtilmemektedir. Abgar efsanesiyle ilişkilendirilmektedir.)

XVII. yüzyılda Polonyalı Simeon, Seyahatname’sinde şöyle demektedir: “Harput şehri içinde civar köylerde ve bütün eyalette pek çok Süryani vardır. Kaleye bitişik vaziyette olan Süryani kilisesinin kaleden daha kadim bir bina olduğu söyleniyordu” sözleriyle Meryem Ana Kilisesi’nin görkemini ifade etmiştir.

Kilisenin vakıf başkanı İshak Tanoğlu’nun aktardığına göre Harput Meryem Ana Kilisesi’nin mimari dokusu 504 yılındaki Bizans mimarisini yansıtmaktadır. 1134 yılında Artuklular zamanında bir tadilat yapılmıştır. 1148-1151 yılları arasında bugünkü karşılığı Papalık olan Süryani Patrikhanesi olmuştur. 1264-1266 yıllarında da patrikliğin bir alt seviyesi olan Mafiryanlığın merkezi olmuştur. 1865 yılında Osmanlılar zamanında kilise büyük bir onarımdan geçirilmiştir. Meryem Ana Kilisesi'nin yanında önceden ahır, mutfak, misafirhane ve yatakhane gibi bölümlerin olduğu bir tesis şeklindeyken daha sonra buralar zarar görmüş ve yıkılmıştır. 1936 yılında Atatürk döneminde çıkarılan yasayla kiliseler vakıf haline getirilince Meryem Ana Vakfı olarak kayıtlara geçmiştir. Her yıl 15 Ağustos tarihinde birçok farklı şehir ve ülkeden katılımcının gelmesiyle Harput’ta Meryem Ana Bayramı bu kilisede yapılan törenle kutlanmaktadır.