Kapadokya Üniversitesi, 16.09.2005 tarihinde Kapadokya Meslek Yüksekokulu adıyla Yükseköğretim Kurulu'nun kararı doğrultusunda bölge kalkınma hedefleri paralelinde belirlenmiş olan beş programla öğretim faaliyetlerine başladı. İlke Eğitim ve Sağlık Vakfı tarafından kurulan Kapadokya Meslek Yüksekokulu öğretim programlarının temelini, bölge kalkınma programları, havacılık programları ve sağlık programları oluşturmuştur. Yüksekokul, 01.07.2017 tarihinde Resmî Gazete’de yayımlanan 7033 sayılı kanun ile Kapadokya Üniversitesi adını aldı.

2005–2006 öğretim yılında, bölge kalkınma hedefleri paralelinde belirlenmiş olan beş programla eğitime başlayan Yüksekokul, 2009 yılından itibaren sivil havacılık alanına yöneldi ve yüksekokul çatısı altında sırasıyla Uçak Teknolojisi, Sivil Hava Ulaştırma İşletmeciliği, Sivil Havacılık Kabin Hizmetleri ve Uçuş Harekât Yöneticiliği programları açıldı. Bu doğrultuda 2011 yılında Nevşehir’de sunulan faaliyetlere ek olarak İstanbul Sabiha Gökçen Havalimanı içerisinde de bir yerleşke kuruldu.

Yüksekokul 2012 yılında, sağlık programlarında yoğunlaşmaya başladı: 2011-2012 öğretim yılında Çocuk Gelişimi, 2012-2013 öğretim yılında Ağız ve Diş Sağlığı, Ameliyathane Hizmetleri, Diyaliz, Fizyoterapi ve Tıbbi Görüntüleme Teknikleri; 2013-2014 öğretim yılında Anestezi, Elektronörofizyoloji, İlk ve Acil Yardım, Odyometri ve Optisyenlik; 2014-2015 öğretim yılında, Diyaliz (İngilizce), Tıbbi Laboratuvar Teknikleri, Sağlık Turizmi İşletmeciliği, Sosyal Hizmetler, Patoloji Laboratuvar Teknikleri programları; 2015-2016 öğretim yılında ise, Diş Protez Teknolojisi programı açıldı.

2014 yılında Ağız ve Diş Sağlığı Uygulama ve Araştırma Merkezi, Çocuk Gelişimi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Fizik Tedavi ve Sağlıklı Yaşam Uygulama ve Araştırma Merkezi ve Sürekli Eğitim Merkezi adlarıyla dört merkez kuruldu. 2014 yılında Turist Rehberliği, 2015 yılında Çocuk Gelişimi Uzaktan Öğretim programlarına öğrenci alınmaya başlandı. 2015-2016 öğretim yılında öğretim programlarına yeni bir alan eklenmiş ve hukuk alanında Adalet, 2017-2018 öğretim yılında da Ceza İnfaz ve Güvenlik Hizmetleri programları açıldı.

01.07.2017 tarihinden itibaren Kapadokya Meslek Yüksekokulu ve araştırma merkezlerini de bünyesine alan Kapadokya Üniversitesi’nin çatısı altında, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Beşeri Bilimler Fakültesi, Mimarlık ve Tasarım Fakültesi, Yabancı Diller Yüksekokulu, Sağlık Bilimleri Yüksekokulu, Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu ve Lisansüstü Eğitim, Öğretim ve Araştırma Enstitüsü bulunmaktadır.

Kapadokya Üniversitesi, Gastronomi ve Mutfak Sanatları Bölümü; Aşçılık, Atçılık ve Antrenörlüğü, Mimari Restorasyon, Turist Rehberliği Örgün ve Uzaktan Programları, Sivil Hava Ulaştırma İşletmeciliği, Sivil Havacılık Kabin Hizmetleri, Uçak Teknolojisi, Uçuş Harekât Yöneticiliği programlarıyla turizm sektörüne dolaylı veya doğrudan hizmet eden meslek mensupları yetiştirmektedir. Turist Rehberliği uzaktan öğretim programı, Türkiye’de uzaktan eğitim veren ilk Turist Rehberliği programıdır.

Turizmle ilgili programlardan Turizm ve Otel İşletmeciliği, Şarap Üretim Teknolojisi ve Bağcılık, Çinicilik ve Seramik, Sağlık Turizmi, Turizm ve Seyahat Hizmetleri, Balon Pilotluğu programları yeterli sayıda talep olmadığından zaman içinde kapatıldı.

Kapadokya Üniversitesi, 2019 itibariyle, Mustafapaşa, Ürgüp, Uçhisar ve İstanbul Sabiha Gökçen Havalimanı’nda yer alan dört yerleşkesinde toplam 28 önlisans, 13 lisans ve dört yüksek lisans programı ile faaliyetlerini sürdürmektedir. 2017 yılında kurulan İHA Sistemleri, Kapadokya Çalışmaları, Sıcak Hava Balonu ve Hava Gemisi ve 2018 yılında kurulan Çevreci Beşeri Bilimler, Sosyal ve Stratejik Çalışmalar ile Akıllı Malzemeler isimli uygulama ve araştırma merkezleri ile merkez sayısı 10’a yükseldi.