Gar, Haydarpaşa Garı ismiyle 1908 yılında faaliyete başlasa da, aslında tren garı olarak kullanımı 1870’lere dayanmakta olup o zamanki bina, şimdiki var olandan daha küçük ve gösterişsiz bir yapıydı. Daha sonra şimdiki garın yapımı için Anadolu Bağdat adında bir Alman şirketi görevlendirildi. Garın projesini de Otto Ritter ve Helmuth Conu isminde iki Alman mimar çizdi. Alman inşaat ustalarının yanı sıra binanın yapımı sırasında İtalyan taş ustaları da çalıştı. Haydarpaşa Garı alışılagelmiş Osmanlı mimarisi dışında Neo Klasik tarzda bir yapıdır. 1.100 ahşap kazık üzerine inşa edilen gar beş katlı ve iki adet kulesi vardır. Dış cephesinin taraklanmış kum taşı ile kaplanan garın, açık pembe renkli granit taşları ise Hereke’den getirildi. Osmanlı döneminde de yük ve yolcu istasyonu olarak kullanıldı. Padişah III. Selim’in isteğiyle gara, semte ve çevresine jest amaçlı olarak Selimiye Kışlası’nın yapımında da emeği olan Haydar Paşa’nın ismi verildi. Demiryolu ağlarının gelişip genişlemesiyle gittikçe önemi artan gar, toplamda 3.836 metrekarelik bir alanı kaplamaktadır. Türkiye Cumhuriyeti Devlet Demiryolları’nın ana istasyonudur. Gardan kalkan en bilinen ekspresler ise Doğu Ekspresi, Kurtalan Ekspresi, Başkent Ekspresi, Fatih Ekspresi’dir.

Gar yapıldıktan sonra günümüze kadar birtakım badireler atlattı. İlki 6 Eylül 1917 tarihinde çıkan büyük yangındı. Yangının, bir İngiliz casusun sabotajı nedeniyle çıktığı iddia edilmekte olup bu yangın yüzünden çok sayıda asker öldü ve garın büyük bir kısmı hasar gördü. 1976 yılında büyük çapta bir restorasyon geçiren garın biraz açıklarında, 15 Kasım 1979 tarihinde Independanta adlı Romen yakıt tankeri patladı. Bu patlama sonucu garın bütün tarihi renkli vitray camları kırıldı. 28 Kasım 2010 tarihine gelindiğinde ise garın onarım çalışmaları esnasında çıkan yangın sonucu çatı çöktü ve binanın dördüncü katı kullanılamaz hale geldi. Gar bu tarihten itibaren seferlerini durdurdu. Son olarak 27 Ekim 2018 tarihinde boş vagonların olduğu yerde çıkan sebebi bilinmeyen bir yangın daha çıktı ve itfaiye ekiplerince kısa sürede kontrol altına alındı. Öte yandan gar kurulduğu tarihten itibaren çeşitli zamanlarda sel, vapurlardan kaynaklı is gibi nedenlerle dış cephesindeki süsler ve sanat eserlerini kaybetti. Günümüzde restorasyon çalışmaları devam etmektedir.

Geçmişte bir bahçe ya da çayır olduğu düşünülen gar bölgesinin XVII. yüzyıldan itibaren Osmanlı padişahları tarafından aktif olarak ziyaret edilen bir iskele olarak kullanıldığına ilişkin çeşitli kanıtlar bulunmaktadır. Bununla birlikte, Tanzimat Fermanı (1839) ile başlayan demiryolu ağı yatırım kararları ilk olarak İzmir-Aydın (1856) arasında demiryolu ağının kurulmasıyla başlamıştır. Ardından yapılan çeşitli demiryolu ağı yatırımlarıyla birlikte İstanbul’un stratejik önemi göz önünde bulundurularak bir tren garının inşaatı ihtiyacı ortaya çıkmıştır. Bu bağlamda Haydarpaşa Garı iki farklı tarihi süreçten geçti. İlk Haydarpaşa Garı’nın temelleri 11.03.1872 tarihinde Sultan Abdülaziz tarafından atılmıştır. İki katlı, ahşap bir yapı olan ilk gar binasından o dönemde Haydarpaşa-Tuzla arasında bulunan banliyö seferleri yapılmaktaydı. Ancak Haydarpaşa limanında bulunan ticari faaliyetlerin artması nedeniyle süreç içerisinde banliyö tren yolu hattı İzmit’e kadar uzatılmıştır.

Haydarpaşa-İzmit arasında var olan demiryolu ağı hem ekonomik sorunlar hem de işletmeciliğinin devlet eliyle tam anlamıyla gerçekleştirilememesinden dolayı 1880 yılında Mösyö Sfeelder-Mösyö Hanson ve Ortakları isimli bir şirkete 20 yıl süre ile kiralanmıştır. Ancak Mösyö Sfeelder-Mösyö Hanson ve Ortakları isimli şirket hattı sadece sekiz yıl işletebilmiştir. Dönemin siyasi ilişkileri göz önünde bulundurulduğunda Osmanlı-Almanya arasında bulunan yakın ilişkinin siyasi, askeri ya da ticari ilişkilerin ötesinde teknoloji transferi ya da bilgi alışverişine döndüğü de görülmektedir. Boşta kalan demiryolu hattı ve Haydarpaşa Garı işletmeciliği için Almanlar aday olmuş, Haydarpaşa limanının yapılması, demiryolu hattının uzatılması ve görkemli bir gar binası inşası fikrini sunmuştur.

Almanlarla yapılan işbirliğiyle öncelikli olarak 1903 yılında Haydarpaşa Limanı inşa edilmiş, yeni ve dönemin şartlarına göre modern olan liman ile Haydarpaşa Garı oluşan ticari yükü ve ziyaretçi sayısını kaldıramamaya başlamıştır. Bu bağlamda II. Abdülhamid tarafından 1906 yılında Alman Philipp Holzmann şirketine Haydarpaşa Garı’nın inşası işi verilmiştir. Alman mimarlar Otto Ritter ve Helmut Cuno tarafından denize çakılan 1.100 adet direk üzerine yapılması tasarlanan ve yapımı 18. 08. 1908 yılında tamamlanan bina Orta Avrupa Barok, Alman Rönesansı ve Neoklasik mimarinin eklektik bir örneğini teşkil etmektedir.

Açıldığı günden itibaren yolcular ve ticari yüklerin taşınması için yoğun bir şekilde kullanılan Haydarpaşa Garı, Birinci Dünya Savaşı’nın yaşandığı yıllarda askeri mühimmatların nakli için de kullanılmıştır. Ancak 06.09.1917 tarihinde Anadolu’ya götürülmek üzere trenlere yüklenen mühimmatın Haydarpaşa Garı içerisinde patla(tıl)ması nedeniyle gar büyük bir zarar görmüştür. Yaşanan patlamadan kısa bir süre sonra Haydarpaşa Garı, çatısı dışında aslına uygun olarak hızlı bir şekilde yenilenmiştir. 1979 yılında ise Haydarpaşa Limanı yakınlarında kaza yapıp infilak eden Romanya bandıralı Indepententa isimli tankerden yükselen alevler garın vitraylarının erimesine neden olmuştur. 1983 yılında tüm vitraylar orijinaline uygun olarak değiştirilmiş ve binanın iki kulesinin de tadilat işlemleri tamamlanmıştır. Karayolu ve havayolu ulaşımının artması ile şehirlerarası ulaşım açısından önemini nispeten kaybeden gar banliyö seferleri açısından 2010 yılına kadar önemini korumuştur. Ancak 28.11.2010 tarihinde Haydarpaşa Garı’nda çıkan yangın sonrasında garın çatısı yandı ve dördüncü katı kullanılamaz hale geldi. 2012 yılına kadar aktif olarak kullanılmaya devam eden Haydarpaşa Garı seferleri Yüksek Hızlı Tren yapımı nedeni ile durdurulmuştur. İstanbul içerisinde bulunan bağlantıları 21.02.2019 tarihinde tamamlanan Yüksek Hızlı Tren için oluşturulan güzergâhta Haydarpaşa Garı bulunmamaktadır. 01.03.2020 tarihi itibarıyla restorasyon çalışmaları devam eden Haydarpaşa Garının restorasyon sonrasındaki kullanım amacı ise halen netleşmemiştir.