Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi'nin bünyesinde yer alan 13 meslek yüksekokulundan biri olarak 1997 yılında kurulan yüksekokul, ilk öğrencilerini 1998-1999 eğitim-öğretim yılında İktisadi ve İdari Programlar Bölümüne bağlı İşletmecilik ve Turizm İşletmeciliği Programlarıyla aldı.

yılı itibari ile Gökçeada Meslek Yüksekokulu; Dış Ticaret, Halkla İlişkiler ve Tanıtım, İşletme Yönetimi, Turizm ve Otel İşletmeciliği ve Çağrı Merkezi Hizmetleri olmak üzere beş programda eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir. İşletme Yönetimi Programında bir öğretim üyesi, bir öğretim görevlisi, Turizm ve Otel İşletmeciliği Programında bir öğretim üyesi, bir öğretim görevlisi, Halkla İlişkiler ve Tanıtım Programında dört öğretim görevlisi, Dış Ticaret Programında iki öğretim görevlisi ve Çağrı Merkezi Hizmetleri Programında bir öğretim görevlisi olmak üzere toplam 12 akademik personel bulunmaktadır. 2018-2019 eğitim-öğretim yılı itibariyle Okulda kayıtlı öğrenci sayısı 544’tür. Gökçeada Meslek Yüksekokulu gelişmeyi referans alan misyonu ve uluslararası akademik etkinlikleri ile sürdürülebilir etkileşim sağlayan bir vizyonla faaliyetlerini yerine getirmektedir.