Konya’nın Selçuklu ilçesine bağlı Sille Subaşı Mahallesi’nde bulunan Sille arkeolojik sit alanı içinde yer almaktadır. Sille’nin en önemli Bizans dönemi yapılarından biri Aya Elenia Kilisesi’dir. Bazı yazılı kaynaklardan, Kilise’nin giriş kapısında bulunan 1833 tarihli kitabeden ve diğer bir kitabeden, Kilise’nin yapılış tarihi ve onarımları ile ilgili bazı bilgilere ulaşılabilmektedir. Buna göre Bizans döneminde, İmparator Contantinus’un annesi Helena, İstanbul’dan Kudüs’e hac vazifesini yerine getirmek için 327 yılında yaptığı yolculuk esnasında Sille’de konakladı. Bu esnada Helena, Başmelek Mikail’e (Mikhael Archangelos) ithafen bu kilisenin temelini attı. Kilise, Osmanlı döneminde birçok defa yenileme geçirdi. Helena’nın orijinal ismi Aghia Eleni olduğundan, kiliseye Aya Elenia ismi verildi. Ancak Kilise, Başmelek Kilisesi (Hagios Mikhael) veya Büyük Kilise (Grand Church) olarak da adlandırılmaktadır. Kilise son olarak, Selçuklu Belediyesi tarafından 2009 yılında başlatılıp 12. 12. 2012 tarihinde tamamlanan kapsamlı bir yenileme ile Aya Elenia Anıt Müzesi (Başmelek Mikhael Müzesi) olarak tasarlanıp hizmete sunuldu.

Kilise; Bizans, Selçuklu, Beylikler, Osmanlı ve Cumhuriyet olmak üzere birçok dönemde Hıristiyanlık dünyasına ev sahipliği yaptı. Özellikle Roma döneminde Aziz Paul’un kutsal yolculuğu esnasında Sille’yi ziyaret etmesi, Sille’nin Efes çıkışlı Kral Yolu güzergâhında bulunması, Bizans döneminde Sille’nin Roma-Bizans-Kudüs kutsal hac güzergahında olması, Selçuklu, Beylikler ve Osmanlı dönemlerinde gayrimüslimlerin (Peçenek Türkleri, Ortodoks Türkler, Rumlar) yerleşim yeri olması, İpek Yolu güzergâhında olması, Cumhuriyet döneminde Hıristiyanların ziyaret merkezi olması, dolayısıyla Sille’nin inanç ve sosyo-ekonomik açıdan tüm özellikleri, Kilise’yi Hıristiyanlık Dünyası ve Anadolu Medeniyetleri açısından önemli bir merkez haline getirdi. Kilise, Başmelek Mikail’e adandığından Bizans dönemi kesme taş ve molozlarla inşa edilen ilk Hıristiyanlık yapılarından biri olmasından, giriş kapısının üzerindeki Rum harfleriyle yazılmış Türkçe kitabeye sahip olmasından ve Sille’nin Bizans döneminden kalma ayakta kalan tek kagir kilise özelliğini taşıması bakımından önemi büyüktür. Kilise ayrıca, Birinci Dünya Savaşı’nda askeri sıhhiye ve mühimmat deposu olarak kullanıldı.

Müze, kilise ve avlu olmak üzere iki ana bölümden oluşmakta ve içinde kiliseye ait litürjik eşyalar sergilenmektedir. Kilise; dış cephesi dört serbest destekli, kapalı Yunan haçı planlı bir kilise olup, devşirme malzeme, aslan başlı çörtenler, haç ve çiçek motifleri, tuğla, kesme Sille taşı, kireç taşı ve molozların kullanıldığı sade bir yapıya sahiptir. Yapı; dikdörtgen planlı narteks, narteksten ikinci kata galerilere çıkan merdivenler, dört serbest paye üzerine oturan pandadif geçişli naos, naosunda ahşap bir ambon ve despot koltuğu, yarım yuvarlak biçimli apsis, apsis ve naos arasında ahşap ikonastatis, naos merkezli kare mekan üzerinde yüksek kasnaklı kubbe, kubbe kasnağında yuvarlak kemerli dört pencere, kubbenin etrafındaki beşik tonozlarla örtülü haç kolları, rokoko süslemeli kemer ve pencere alınlıkları ve altın yaldızlı alçı süslemeler, yaldızlı bitkisel süslemeli kürsü, kafes ve ahşap dolap, güvercin ve melek kabartmaları, çift başlı kuş motifi, Meryem’in doğum sahnesi, beyaz ata binmiş azizler, Pantakrator İsa, Musa-Süleyman, Davud, Danyal, İlyas, Elyasa, Ezekiel, Nahum Peygamberler, Adem ve Havva’nın cennetten kovuluş sahnesi, Serafim melekleri, Mısırlı Azize Mary ve Azize Tekla, tanrının gözü sahnesi, tanrı-kutsal ruh-dört kilise babası, Başmelek Mikhael gibi birçok tasvir fresk bulunmaktadır. Müzede sergilenen en önemli litürjik eşyalar ise ahşaptan yapılan ikonastasis, ambon, despot koltuğu (thronos) ve kiboriumdur. Müzenin avlu kısmında ise kilisenin mezarlığı ve kayaya oyulan mekanlar bulunmaktadır.

Aghia Eleni ya da Hagios Mikhael olarak da bilinen Aya Elena Kilisesi, Konya’nın yaklaşık yedi km. kuzey batısında, Selçuklu ilçesine bağlı Sille’nin Subaşı Mahallesinde yer almaktadır. Neolitik Dönem uygarlığından beri önemli bir yerleşim yeri konumunda olan Sille, tarih boyunca birçok kültür ve uygarlığa ev sahipliği yapmıştır. Tarihi geçmişi M.S. 327’ye kadar uzanan Aya Elena Kilisesi, Bizans İmparatoru Konstantinos’un annesi Helena’nın hac için Kudüs’e giderken Kral Yolu üzerinde bulunan Sille’den geçmesi ve burada bir mabet yaptırmak istemesi üzerine inşa edilidir.

Sade bir görünüme sahip olan kilisenin mimarisi Bizans Döneminde sıklıkla görülen Yunan Haçı planına göre yapılmış ve kesme taşlar ile inşa edilmiş. Üç nefli bazilikal planda inşa edilen kilisenin dört fil ayağı üzerine oturtulmuş bir kubbesi vardır. Kubbenin orta kısmanında Hz. İsa’nın, çevresinde İncil’in dört yazarı olan Matta, Markos, Luka ve Yuhanna’nın resimleri bulunmaktadır. Kilisenin üst kısımlarında camilerde kadınlar için ayrılan bölüme (mahfil) benzer  alanlar bulunur. Kürsü ve ahşap dolaplarda yaldızlı süslemeler yapılmış, iç mekanda el işçiliği ahşap süslemelere yer verilmiştir.

Kilise tarih boyunca onarım çalışmaları yapılarak günümüze kadar korunmuştur. Kilisenin girişinde bulunan onarım kitabesine göre, 1833 yılında Sultan Mahmut Döneminde kilisenin üçüncü onarımı gerçekleştirildi. Daha sonra 1878-1880 tarihlerinde ve 1974 yılında onarım çalışmaları yapıldı. 1974 yılında bahçe duvarları yenilenmiş ve kiliseye su getirilmesi sağlandı. Zaman içerisinde kilisenin avlusunda bulunan mezarlık bahçeye dönüştürüldü.

Kilisenin en son restorasyon çalışması beş yıl sürmüş ve 2013 yılında Selçuklu Belediyesi tarafından tamamlandı. Kilisenin duvarları, kubbesi ve örtüsü yenilendi, içerisinde yer alan Hz. İsa, Hz. Meryem, aziz ve havarilere ait resimlerin onarımı ve bakımı yapıldı. İbadethaneye kapatılan kilise günümüzde müze olarak hizmet vermekte ve ziyaretçilerden giriş ücreti alınmamaktadır. Müzede mezar taşları, despot koltuğu, piyano, altar ve ambon gibi kiliseye ait tarihi eserler sergilenmektedir.