Çanakkale’ye bağlı Gökçeada ilçe merkezinin 2,3 kilometre kuzeyinde, adını aldığı köyün bir buçuk kilometre güneyinde yer almaktadır. Büyükdere Vadisi’nin aşağı kesiminde alçak bir tepe görünümü sunan höyük, tarih öncesi dönemlerde doğudan batıya doğru alçalan bir sırtın batı ucunda yükselmeye başlamıştır. 15.600 metrekarelik bir alanı kapsayan bu höyük, tepe düzlüğü ve biri kuzey diğeri batı yönünde olmak üzere iki terastan oluşmaktadır. İlk defa 1964 yılında Nezih Fıratlı tarafından tespit edilen ve 1996 yılında Çanakkale Arkeoloji Müzesi Müdürlüğü’nün başkanlığında araştırılmaya başlanılan höyükte, 1998 yılından itibaren Hacettepe Üniversitesi’nden Halime Hüryılmaz'ın yönetiminde kazı çalışmaları günümüzde de sürdürülmektedir. Höyüğün, kültür dolgusu üç döneme işaret etmektedir. Bunlar yeniden eskiye doğru: 1- Rum asıllı vatandaşların dönemi (günümüzden 125 yıl öncesi), 2- Geç Bronz Çağ (MÖ 1400-1060/1040), 3- Erken Bronz Çağ II (Ege kronolojisine göre: MÖ 3000-2600) dönemi şeklinde sıralanmaktadır.

Tepe düzlüğünün en geç mimarlık kalıntısını temsil eden, tek yapı ölçeğindeki şapel (5x6,5 metre), doğu-batı doğrultudadır. Girişi batı, apsisi doğu yönünde yer alan yapının, tabanı yassı plâka taşlarıyla döşeli ve taş örgülü duvarları kısmen ayaktadır. İç dolgusunda çanak çömlek parçaları ve çatı kiremitlerinin ele geçirildiği şapelin, çevresinde herhangi bir yapılaşma oluşmamıştır.

Höyüğün güneybatısındaki rampa alanında ele geçirilen Miken ve Minos etkili keramik örnekleri, yerleşimin ikinci kültür dönemine (Geç Bronz Çağ) işaret etmektedir. Bu döneme ilişkin mimarî kalıntılar saptanmamış olmasına karşın, açık ve kapalı kapların yüzeyleri genel olarak yalın, birkaç parça üzerinde ise ahtapot, spiral ve yay gibi motifler yer almaktadır. Karpathos, Rodos, Kos, Girit ve Yunanistan anakarasından da bilinen kap biçimlerini ve bezeme motiflerini çağrıştıran Geç Bronz Çağı’nın kapları, Minos’un farklı zamanlarda kuzey Ege’ye düzenlediği akınlar sırasında, güney Ege adalarından Yenibademli Höyüğe ulaştığını göstermektedir.

Yerleşim yerinin gerçek kimliğine damgasını vuran Erken Bronz Çağ II döneminin kültürü, mimarlık kalıntıları ve çeşitli buluntu topluluklarıyla kanıtlanmaktadır. Kısmen kuzey terasta kalan ve ana kaya içine oyulduğu anlaşılan 3,65 metre çapında ve 2,00 metre derinlikte olan çukur barınak ile başlayan bu dönemin yerleşim serüveni, ana kaya üstündeki yapı katları da dâhil olmak üzere, yaklaşık 400 yıl boyunca sürmektedir. Zamanın akışı içinde çukur barınaktan, plânlı bir dokuya kavuşan yerleşimin kuzey yönü açık bırakılarak, diğer yönleri savunma suru ile çevrelenmiştir. Paleocoğrafya araştırmalarının verilerine göre, kuzey yönündeki terasa 35-40 metre yaklaşan deniz, 16 metre derinlikte bir körfez oluşturarak, yerleşime doğal bir koruma sağlamaktadır. Yerleşimi doğu, güney ve batı yönünden koruyan surun, her iki yüzü kesme taş örgülü, iç dolgusunda ise irili ufaklı işlenmemiş taşlar kullanılmıştır. Güney yöndeki sura sonradan dayandırıldığı saptanan taş döşemeli rampa, kuzeydoğu-güneybatı doğrultudadır. Erken Bronz Çağ II döneminde ve Geç Bronz Çağı’nda da kullanımda kalan rampanın, korunan uzunluğu dokuz metreyi, genişliği ise 2,50 metreyi aşmaktadır. Ana giriş olma özelliğini koruyan rampanın, her iki uzun yönünde yükselen korkuluk duvarlarının temel taşları günümüze kadar ulaşmaktadır. Limni Adası’nda Poliochni’nin II yerleşiminin, Sisam Adası’nda Heraion I öncesi etabının üçüncü yapı evresinin ve İzmir yöresindeki Bakla Tepe’nin ve Liman Tepe’nin Erken Bronz Çağı’na tarihlendirilen rampaları anımsanırsa, Yenibademli’deki rampanın da benzer bir geleneğin sonucu inşa edildiği öngörülebilir. İklim ve doğal çevre koşullarının sağladığı avantaj nedeniyle, aynı yerde yaşamlarını sürdüren Yenibademli sakinleri, tepe düzlüğündeki alanı konut amaçlı yapılar, batı terastaki alanı ise atölye niteliğindeki yapılar için kullanırlar. Tepe düzlüğünde ana kaya yüzeyinden itibaren şapelin dolgusuna kadar sıralanan 10 yapı katı arasında herhangi bir kesinti şimdiye kadar tespit edilmedi. Şapelin altındaki ilk üç yapı katı istisna tutulursa, yerleşimin doğu yarısında açığa çıkartılan yedi katın, üstten alta doğru sıralanan ilk üç yapı katı, geniş ölçekte araştırılırmıştır. Yerleşimin mimarî karakterinin tanımlanmasında büyük çapta katkı sağlayan ilk üç katın kalıntıları, Ege dünyasında geçerli olan uzun dikdörtgen plânlı, kısmen ön girişi bulunan, ya da tek yapı ölçeğinde inşa edilen ve az da olsa bir duvarı kavisli görünen yapılarla donatıldığını göstermektedir. Nüfus artışı ve soğuk kış ayları gibi parametrelerin yanı sıra, alanın topoğrafyasına göre şekillenen dokuda, meydan ve sokak ağı sınırlı kalmaktadır. Girişleri yapıların dar yönünde bulunan tek odalı ya da ara bölme duvarı ile bölünen kimi konutların, içten genişlikleri 3,40-5,20 metre ve korunan uzunlukları 4,40-11,00 metre arasında değişmektedir. Erken Bronz Çağı’nın erken etabında, tamamen taş örgüye dayanan konutların yanı sıra, temelleri ve duvarları büyük ölçüde taşla örülen ve az bir bölümü de kerpiçle yükseltilen konutlar, çağın ilerlemesiyle değişerek, alçak temelli ve yüksek kerpiç duvarlı yapılara dönüşmektedir. Üst örtüleri muhtemelen düz dam şeklinde olan yapıların, içlerinde tespit edilen belirli mesafelerdeki taş kümeleri ve dikey duran taş plâkalar, ağır düz damı taşıyan ahşap dikmelere kaide oluşturmakta ve bunlara yandan destek vermektedir. Yapıların tabanları sıkıştırılmış topraktır. Ocak ve fırın türü taşınmazların yer aldığı konutlarda, ürün fazlasının depolandığını ortaya koyan tahıl küplerine ve iri depolama çömleklerine de rastlanılmaktadır. Karma besin ekonomisinin geçerli olduğu yerleşimde, ziraî faaliyetlere tanıklık eden üç çeşit buğday, arpa ve baklagillerden mürdümük, burçak, delice, bakla, mercimek ve bugün için doğu Akdeniz havzasında en eski örnekler olmaları nedeniyle önem taşıyan arakas tohumları bulunmaktadır. Meyve olarak üzümün de tüketildiği yerleşimde, besicilikte önem arz eden yonca tohumları da mevcuttur. Protein ihtiyacını büyük çapta karasal ve denizel canlılardan sağlayan Yenibademli sakinlerinin, beslenme rejiminde et ihtiyaçlarını sığır, geyik, karaca, domuz, koyun ve keçi türü hayvanlardan karşıladıkları anlaşılmaktadır. Kıyısal ekolojinin göstergeleri arasında sayılan yumuşakça kabukları, bunların yerleşimde besin maddesi olarak tüketildiklerini ve geriye kalan bazı kabukları da, süs eşyası yapımında değerlendirildiklerini ortaya koymaktadır. Deniz ürünleri arasında balık kalıntılarının azlığı ise şaşırtıcıdır. Dönemin üretim ekonomisini keramik, kemik ve taş endüstrisinin yapımları belirlemektedir. Henüz çömlekçi çarkının hizmete konulmadığı bir dönemde üretilen pişmiş toprak kapların biçimleri ve motif zenginliği, Troia I zamanında kuzeybatı Anadolu’da karakteristik olan kapları ve bezeme repertuarını hatırlatmaktadır. Kemik endüstrisinde ön sırayı alan delici, mablak, ıspatula, ağırşak gibi nesneler, yerleşimde deri işleme ve örme sektörlerinin geliştiğini kanıtlamaktadır. Hammaddeleri yerel kayaçlara dayanan taş endüstrisinin yassı baltaları, ahşap işçiliğine; gücün sembolü sayılan prestij mallarından yiv bezekli omurgalı sap delikli baltalar ise Balkan Yarımadası’nın etkisine dayanak oluşturmaktadır. Metallerin çığır açmaya başladığı bir dönemde, ekonomik gücün göstergesi sayılan metalürjik etkinlikler, yerleşimde önemsiz görünmektedir. Günümüze değin tepe düzlüğünde metallerin işlendiği bir atölyenin tespit edilmemiş olmasına karşın, ele geçirilen pota, üfleç, iğne, cımbız, delici ve yassı balta gibi buluntular, en azından bu yöndeki faaliyetlerin yerleşimde küçük ölçekte de olsa, denendiğine işaret etmektedir. Madenî eserler gibi, küçük bir koleksiyon oluşturan süs eşyası taş boncuklardan, başı düz ya da yivli kemik iğnelerden, tilki ve köpek dişlerinden üretilen ve yumuşakça kabuklarından yapılan kolye tanelerinden ibarettir. Bunlar günümüzde olduğu gibi, Yenibademli sakinlerinin de beğenilme ve güzel görünme kaygısını taşıdıklarına dayanak oluşturmaktadır. Dinî inançlar ekseninde üretilen ve Ege dünyasına yeni vizyonları ile katılan bezemeli kadın figürinleri, yapım aşamasında hüküm süren özgür iradenin ve sanatsal kabiliyetin göstergelerindendir. Sessiz tanıklar olarak nitelendirilen bu örnekler, tip çeşitliliği ve detay işçiliğinde, Midilli Adası’ndaki Thermi yerleşiminin figürinleriyle rekabet edebilecek düzeydedir. Bunların kazıma çizgilerle ve sokma noktalarla vurgulanan boyun takıları, bir anlamda yerleşimde kullanılan boyun takılarının dolaylı kanıtlarından sayılmaktadır. Daha çok yerel kaynaklara dayalı bir ekonomik sistemin hâkim olduğu yerleşimde, komşu kültür bölgelerinin etkileri de hissedilmektedir. Özellikle kap repertuarında yer alan simetrik dikey ip delikli tutamaklı bardak, gaga ağzının ön kısmı “V” şeklinde çentikli olan testi ile yüksek ayaklı meyvelik tipi kaplar, Limni Adası’ndaki Poliochni yerleşiminin yapımlarını çağrıştırmaktadır. Yenibademli’de tek örnek olarak kalan ufak gaga ağızlı, uzun silindirik boyunlu, basık küre gövdeli ve üçayaklı olan testi ise Midilli Adası’ndaki Thermi’den ithal edilen ürün olarak değerlendirilmektedir. Çok yaygın olmamakla birlikte, yerleşimde rastlanılan yüksek ve yana açılan şerit kulplu kâseler, biçim yönünden Sakız Adası’ndaki Emporio’nun örnekleriyle benzeşseler de, kulp boşluklarındaki silindirik eklentiler yerel üretime işaret etmektedir. Yunanistan anakarası, Midilli ve Limni adalarıyla, Yenibademli arasında kurulan denizaşırı kültürel ilişkilere, kullanım amaçları hâlâ tartışmalı olan kil kanca ve çapalar da, destek veren buluntular arasındadır.

Gökçeada’nın kültür tarihi araştırmalarında, liderliğini sürdüren Yenibademli Höyük kazıları, Erken Bronz Çağ II döneminde yaşanan küçük ölçekteki yangınların ve kimi zaman hafif hasarla atlatılan, ya da insan kaybı ile sonuçlanan doğal afetlerin delillerini de sunmaktadır. Höyüğün farklı yapı katlarında tespit edilen küçük çaplı yangın seviyeleri ve tepe düzlüğünün merkezi kesiminde belirlenen ve güneye doğru yayıldığı anlaşılan daha büyük ölçekteki yangın, muhtemelen bir arada yaşamanın getirdiği zorluklardan ve dikkatsizliklerden kaynaklanmış olmalıdır. Her şeye rağmen yerleşimlerini terk etmeyen Yenibademliler, sismik bir bölgede yer almaları nedeniyle, küçük şiddetteki depremleri hafif hasarla atlatmışlardır. Pek çok mimarlık kalıntısında gözlendiği üzere, taş temelli yapıların örgülerinde aralanmalar söz konusudur. Deprem felâketinin can kaybı ile sonuçlandığını ortaya koyan ve aynı düzlemde açığa çıkarılan 10 bireye ait iskeletlerin, tepe düzlüğünün kuzey kenarına yakın bir noktada yıkılan duvarların enkazı altında bulunmaları ise onların deprem sırasında kaçış refleksleri gösterdiklerini, ancak yerleşim yerini tam anlamıyla terk edemediklerini kanıtlamaktadır. Batı Anadolu’nun, MÖ üçüncü bin yılına ait ölü gömme âdetleriyle örtüşmeyen buradaki dramatik manzaranın ortaya koyduğu veriler dikkate alındığında, bireylerin değişik pozisyonlarda yere düşmeleri, birinin başını eliyle koruma durumunda olması, diğerinin enkazın altından çıkma çabasını gösteren el parmaklarının duruşu, bir diğerinin de yüzüstü yerde yatması, mezar çukurlarının olmayışı ve bunların doğu yönündeki taş örgülü duvarın, dikey aksından 1,30 metre kayarak ötelenmesi gibi parametreler, şiddetli bir depremin gerçekleştiğini düşündürmektedir. Bu doğa olayı karşısında biri bebek, diğeri çocuk, ikisi orta yaşlı erkek, biri yaşlı erkek, dördü orta yaşlı kadın ve cinsiyeti belirlenemeyen bir bireyin yitirilmesi ile sonuçlanan felâketten, kurtulanların olay sırasında nerede bulundukları sorusunu da akla getirmektedir. Bu hususta verilebilecek yanıt, yerleşimcilerin beslenme rejimi ile açıklanabilmektedir. Kalabalık bir nüfusun yaşadığı yerleşimde, açığa çıkarılan büyük erzak küpleri, kömürleşmiş tarım ürünleri ve bunların işlenmesinde kullanılan öğütme taşları ve havanelleri, günümüzden yaklaşık 5000 yıl öncesinde kuzey Ege’de hüküm süren ılıman iklim etkisinde kalan Büyükdere Vadisi’nin verimli topraklarında, tarımsal faaliyetlerin gerçekleştirildiğinin en belirgin kanıtlarındandır. Yerleşimcilerin protein ihtiyacının bir bölümünü karşılayan evcil hayvanların yanı sıra, sulak ve yeşilliği bol ormanlık alanlarda yaşayan yabanî hayvanların avlanıldığını gösteren domuz, keçi ve evcilleşemeyen otçullardan geyik ve karacaya ait kemikler ve boynuzlar, yerleşimin hayvan taksonomisinde belli bir paya sahiptir. Günümüzde olduğu gibi, tarih öncesi dönemlerde de, yılın 10 ayı boyunca esen kuzey ve kuzeydoğu rüzgârları ile kıyıları döven güçlü dalgalar, kuşkusuz Yenibademli sakinlerini açık deniz avcılığından çok, yıl boyunca tehlike arz etmeyen kıyılardan yumuşakçaları toplamaya ve sofralarını zenginleştirmeye yönelttiği, göz ardı edilmemesi gereken saptamalardandır. Besin maddelerinden geriye kalan ve her yapı katında tespit edilen arkeobotani, arkeozooloji ve malakoloji ile ilintili kalıntılar ve dolaylı kanıtlar, depremden kurtulanların olay anında tarlada, ormanda ve kıyıda bulundukları görüşüne dayanak teşkil etmektedir.

Ekonomik açıdan aileler arasında büyük bir sınıf farkının belirginleşmediği yerleşmede, ada dışından ya da ada içinden gelen istilâcıların yarattıkları tahribatın kanıtları bulunmamaktadır. Erken Bronz Çağ II döneminin son etabında küçülerek huzur içinde terk edildiği anlaşılan yerleşim sakinlerinin, belki de MÖ üçüncü bin yılının ortalarına doğru zenginleşmeye başlayan ve ekonomisi daha güçlü görünen yerleşim birimlerine ya da bunlara yakın olan yerlere göç etmiş olmaları ihtimal dâhilindedir. Onların göç ettikleri yerler ister ada içinde ya da dışında olsun, bize bıraktıkları maddi kalıntılar ve günümüzde Çanakkale Müzesi’nde sergilenen eserler, Ege prehistoryasında uzun yıllar karanlıkta kalan Gökçeada’nın kültür tarihinin yazılmasında temel referans kaynağı olacağından kuşku duyulmamaktadır.