Niksar Kalesi’nin iç kale bölümünde batı surlara bitişik vaziyette yer almaktadır. Uzunçarşılı ve Gabriel’in Melik Danişmend Ahmed Gazi Türbesi’nin bahçesinde gördüğü ve bir süre kayıtlarda kayıp olarak geçen kitabe günümüzde Tokat Müzesi’nde kırık halde bulunmaktadır. Bu kitabeye göre medrese, Danişmendli hükümdarı Nizameddin Yağıbasan tarafından H.552/M.1157-1158 tarihinde yaptırıldı. Danişmend-nâme’de Nizameddin Yağıbasan’ın, Danişmend Gazi döneminden kalan eserleri tamir ettirdiğinden ve imar faaliyetlerinden bahseder. Bu medrese de Yağıbasan’ın kendi yaptırdığı eserlerden biridir. Yapı, Gayrimenkul Eski Eserler Anıtlar Yüksek Kurulu’nun (GEEAYK) 08/09/1978 tarihli ve A-1274 sayılı kararına göre tescil edilmiştir.

Nizameddin Yağıbasan Tokat Merkez’de de bir medrese inşa ettirmiştir. Çukur Medrese olarak da bilinen kare planlı medrese kapalı avluludur. Doğan Kuban, merkezi kubbeli Danişmendli dönemi medreselerinin, Anadolu’da ortaya çıkmış mahalli bir mimarinin ilk örneklerinden biri olduğunu bu yüzden önem arz ettiğini belirtmektedir.

Eğimli arazi üzerinde yer alan medrese kareye yakın dikdörtgen planlıdır. Kapalı avlulu ve revaksız düzenlenmiş olan medreseye giriş kapısı güney cephede batıya kaydırılmış vaziyettedir. Avlu simetrik olmayıp, merkezden güneybatıya kaydırılmıştır. Yapıda, biri kuzey orta eksende, diğeri doğuda güneye kaydırılmış olan iki eyvan bulunmaktadır. Kuzeydeki eyvanın iki yanında iki küçük oda ve köşelere yerleştirilmiş kuzeye doğru uzanan sur burçlarına oturtulmuş iki uzun oda yer almaktadır. Avlunun batı, doğu ve güneyinde yer alan odalar küçük mekânlar şeklinde düzenlenmiştir. Batıda üç, doğuda bir ve güneyde ve içerisinde ocaklarının da yer aldığı farklı boyutlarda beş oda bulunmaktadır. Medresenin orijinal mimarisinde, yalnızca kuzey köşelerde yer alan odaların pencereleri dışa açılırken, doğu, batı ve güneyde yer alan odaların pencereleri avluya açılmaktadır. Avlu etrafında yer alan mekânların üzeri sivri beşik tonoz ile avlu kısmı ise kubbe ile örtülmüştür. Kubbeye geçiş iç içe ikili tromp ile sağlanmıştır. Bazı araştırmacılar kubbenin üst noktasının açık bırakıldığını belirtmişlerdir. Küçük mekânlarda dış cephelerde herhangi bir pencere açıklığı bulunmaması, yalnızca avluya avluya açılan kapıların üst kısımlarında pencereler bulunması havalandırmanın ve aydınlatmanın kubbe de yer alan açıklıktan sağlandığını göstermektedir.

Kale surlarının da kullanıldığı yapı, moloz taştan inşa edilmiş olup herhangi bir süsleme görülmemektedir. Aptullah Kuran, eski bir fotoğrafta moloz taşların üst kısımlarının kesme taş ile kaplı olduğunu ve beş sıra tuğla hatıl göründüğünü belirtmektedir. Yapı, malzeme ve işçilik bakımından zayıf görünse de Anadolu’da yapılan ilk kapalı avlulu medreselerden biri olması ve Anadolu’nun Türkleşmesinde büyük rol oynayan Danişmendliler döneminde yapılmış olması bakımından önem teşkil etmektedir. 1939 ve 1942 depremlerinde büyük hasar alan medrese uzun süre harap vaziyette kalmıştır. Detaylı onarım için ilk girişimler 2006 yılında hazırlanan raporlar ile başlamış, çalışmalar 2010 yılında tamamlanmıştır.

Niksar Kalesi’nde yer alan bu medreseyi mutlaka ziyaret ederek, içerisinde yer alan farklı dönemlere ait sikkeler, seramik kaplar, el yazması kitaplar ve metal objeler incelenmelidir.