Niğde'nin merkez ilçesinde bulunmaktadır. Niğde’yi XIX. yüzyılda ziyaret eden Kirillos, “Niğde orta genişlikte güzel bir yerleşim olup, ortasında akropol niteliğinde bir kalesi, güzel binaları, camileri, hamamları, bedesten pazarı, görkemli boyuna dizilmiş taşlı kilisesi ve onun yanında şimdilerde yine bizim kurduğumuz Rum okulunun da bulunduğu metropolü vardır” demektedir. H. Prodromos Manastırı 1861 yılında yıkılmış, yerine şehrin katholikonu olarak bu yeni kilise inşa edilmiş ve H. İoannes Prodromos’a adanmıştır. Kilisenin Rumca yazılmış sekiz satırlık kitabesinde 1861 tarihi yazılıdır.

Yapı günümüzde restore edilerek kütüphane olarak işlevini sürdürmektedir. Yapı, doğu-batı yönünde üç nefli bazilika planlıdır. Yapının batı cephesinde yer alan narteks, naosun kuzey ve güney yönü boyunca “U” şeklinde çevrelemektedir. Narteks on beş bölüme ayrılmış olup çapraz tonoz örtülüdür. Nartekste yer alan kapı açıklığı ile naosa girilmektedir. Yapının güney cephesinde de naosa girişi sağlayan bir kapı açıklığı bulunmaktadır. Narteksin kuzeydoğu ve güneydoğuda bulunan açıklıkları kapatılmıştır. Doğu cephede yer alan apsisler dıştan yarım yuvarlak formlu düzenlenmiştir. Yapının kuzey cephesi, güney cephede yer alan kapı açıklığı dışında aynı düzenlemeye sahiptir.

Naosta yer alan nefler, beşer sütunun yer aldığı iki sütun sırası ile üç nefe ayrılmıştır. Orta nef yan neflere göre daha yüksek ve geniştir. Her nef sırası içten ve dıştan yarım yuvarlak formlu birer apsis ile sonlanmaktadır. Orta nef apsisi yan neflerin apsislerinden daha geniştir. Apsislerde beş aidicula nişi yer almaktadır. Narteks üzerinde yer alan galeri katına güneybatıda yer alan merdivenle çıkış sağlanmaktadır. Galeri katı narteks gibi yapıyı “U” şeklinde üç yönden çevrelemektedir. 

Kilisede taş bezemeler ve duvar resimleri bulunmaktadır. Taş bezemeler batı cephede sütun başlıklarında, naosta sütun başlıklarında ve aidicula nişlerinde karşımıza çıkmaktadır. Duvar resimlerinin büyük kısmı günümüze gelmiştir. Naosta bitkisel formlu duvar resimleri ile figürlü duvar resimleri yer almaktadır.

Naosun doğu duvarında “Meryem’e Müjde”, tonoz örtünün merkezinde “İsa’nın Göğe Yükselişi” ve “dört İncil yazarı”, sütunları birbirine bağlayan kemerlerin başlangıç kısımlarında azizler tasvir edilmiştir. İnşa malzemesi olarak sarı trakit taşı ile bazalt taş kullanılmıştır.