Şah Süleyman Mahallesi’nde, Paşakapı Caddesi üzerinde yer almaktadır. Niğde merkezde bulunan tek külliyedir. Cami; türbe, han hamam, çeşme ve hazireden oluşan Murat Paşa külliyesi'nin içerisinde yer alan, yapılardan biridir. Murat Paşa Camii’nin inşa kitabesi bulunmamaktadır. Ancak Murat Paşa’nın türbede yer alan mezar taşında sene H. 1072’ de vefat ettiği belirtilmektedir. XVII. yüzyılda Murat Paşa ölmeden önce, camiyi yaptırdığı anlaşılmaktadır.

Gabriel (1962) yapıyı; Paşa Camii ve Murat Ali Paşa Camii olarak isimlendirmiştir. Ali adında bir Paşa tarafından yaptırıldığını ve oğlu Murat Paşa tarafından büyüttürülmüş olabileceğini, iki kubbe ile örtülü olan camiye, çeşme ve türbenin bitişik olduğunu, yakınlardaki hamamın da bu tesise ait olduğunu belirtmiştir. Türbede yer alan mezar taşlarından anlaşılacağı üzere Tütenk’in çevirisini yaptığı, A. Gabriel’in Niğde tarihi eserinde bir hatayla baba olarak nitelendirilen Ali Paşa, Murat Paşa’nın oğludur.

Harimin kuzey cephesinin köşesine türbe inşa edilmiştir. Tek şerefeli minarede kuzey cephede yer almaktadır. Caminin duvarlarında ve minaresinde Niğde ve çevresinde yoğun olarak kullanılan sarı trakit kesme taş kullanılmıştır. Harim kısmına kuzey cephede iki, batı cepheden bir olmak üzere toplam üç kapıdan girilmektedir. Batı cephenin kuzey köşesindeki açıklığın bey kapısı olduğu sanılmaktadır. Harimin bu kısmında orijinal mahfil vardır.

Dikdörtgen planlı yapının dış cephesi 13,00x30,60 metre boyutlarındadır. İç mekan ikişer sivri kemerle üç bölüme ayrılmıştır. Orta da yer alan mihrap önü kısmı 10,80 metre, doğu kısmında 9,70 metre çaplarında birer kubbeyle, batı kısmında 4,60 metre çaplarında iki kubbeyle örtülmüştür. Sekizgen kasnaklar üzerine yükselen kubbelere geçiş pandantiflerle sağlanmıştır. Ortadaki merkezi kubbe diğerlerinden daha yüksek inşa edilmiştir.

Harimin aydınlanması yapının beden duvarlarına alt ve üst sıralama ile yerleştirilmiş pencerelerle sağlanmaktadır. Alt sırada 12, üst sırada ise dokuz pencere yer almaktadır. Tasarlanan alt ve üst pencerelerin duvarlar üzerinde yerleri, yapının cephelerinin hareketlenmesini sağlamıştır. Ayrıca merkezi kubbe ile doğuda yer alan kubbenin kasnaklarında da toplam beş pencere bulunmaktadır. Yapının güney cephesine iki mihrap yerleştirilmiş olup, mihrapların üstünde ve yanlarında birer pencere yer almaktadır. Mihraplarda da trakit taşı kullanılmıştır. İki mihrap nişi de sivri kemerlidir. Yapının mermer minberinin girişi kemerli olup, sekiz basamakla köşk bölümüne çıkılmaktadır. Yapıda ahşaptan iki mahfil bulunmaktadır.

Murat Paşa Camii’nin kuzeybatı köşesinde türbe yer almaktadır. Türbe sekizgen planlı, piramidal külahlıdır. Türbe inşasında da sarı trakit taşı kullanılmıştır. Türbeyi aydınlatan dikdörtgen formlu üç pencere bulunmaktadır. Türbede Murat Paşa ve oğlu Ali Paşa’ya ait mezarların yanı sıra yedi sanduka daha bulunmaktadır.

Murat Paşa Camii'ni 1572 senesinde Sultan II. Selim saltanatı döneminde Kuyucu Murat Paşa inşa ettirmiştir. Tarih bakımından incelendiğinde Murat Paşa Camii, Lala Mustafa Paşa Camii’nden sonra Osmanlı İmparatorluğu devrinde Erzurum’da inşa ettirilen en eski ikinci cami olma özelliğine sahiptir.

Mimari açıdan Lala Paşa Camii ile benzer özelliklere sahip olan Murat Paşa Camii ana kubbe ile kapatılmış kare bir planda inşa edilmiştir. Caminin son cemaat yeri beş bölümlüdür ve bu bölümler birbirine sivri kemerlerle bağlanmıştır. Son cemaat yerinin ortasına dikdörtgen çerçeveli ve üç dilimli kemerli bir giriş kapısı bulunmaktadır. Üç dilimli kemer uygulaması Erzurum’daki eserlerde fazla kullanılan bir uygulama değildir. Caminin son cemaat yerine 1573 tarihli Arapça bir de kitabe yerleştirilmiştir. 

Murat Paşa Camii’nin temel unsurları arasında kubbe, vaiz kürsüsü, mihrap ve minber bulunmaktadır. Mihrap bölümü kesme taştan inşa edilmiş, mukarnas kavsaralı ve beş köşeli olarak planlanmıştır. Mihrabın hemen yanında ise geometrik desenlerin kullanıldığı sade bir minber bölümüne yer verilmiştir. Caminin kendine ait bir minaresi olmamakla birlikte Ahmediye Medresesi ile ortak kullanılan bir minaresi bulunmaktadır. Bu minarenin alk bölümlerinde kırmızı renkli taşlar, şerefeden sonraki bölümde ise çini mozaik süslemeye yer verilmiştir. Orijinal minare 1928 yılında bir fırtınada yıkılmış, yerine yenisi inşa edilmiştir. Caminin ilk göze çarpan kısımları gövde, kapı ve şerefe bölümleridir. Çünkü bu bölümler farklı bezemelerle süslenmiştir. 

Murat Paşa Camii’nin güney, batı ve doğusu hazire olarak düzenlenmiştir. Hazire; külliye, cami gibi dini yapıların avlularında bulunan ve etrafı duvar ya da parmaklıklarla çevrelenmiş mezarlıklardır. Batısında ise baldaken tarzında inşa edilmiş Ane Hatun’a ait türbe bulunmaktadır. Baldaken tarzda yapılan türbelerin üst kısımları kapalı, yanları ise açık olarak inşa edilmiştir.