Kilise Niğde merkezde bulunmaktadır. Uzun yıllar belediye deposu olarak kullanılmıştır. Yapının kitabesi bulunmamaktadır. Günümüzde halk tarafından Ermeni Kilisesi olarak bilinmektedir. H. Theodoros Manastırı’nın yenilenmesinden sonra kaynaklarda kilisenin H. Stephanos olarak anıldığı geçmektedir.

Yapı, doğu-batı doğrultusunda üç nefli bazilika planlıdır. Batı cephede yer alan narteks, üç bölümlüdür. Nartekste yer alan üçlü sivri kemer açıklığı, iki köşesinde örme ayaklar ve orta bölümde iki sütun üzerine oturmaktadır. Narteks çapraz tonoz örtülüdür. Narteksten dikdörtgen bir kapı açıklığı ile naosa girilmektedir. Güney cephe ve kuzey cephe aynı düzenlemeye sahip olup her iki cephede de dört pencere açıklığı bulunmaktadır. Doğu cephede yer alan apsisler, dıştan düz bir duvar ile sonlanmaktadır. Apsislerde pencere açıklığı bulunmamaktadır. -

Kuzey cephenin doğu bölümünde ve kiliseye bitişik olarak inşa edilen parekklesion bölümüne giriş batı cephede bulunan kapıdan sağlanmaktadır.

Kilisenin naosuna nartekse yer alan kapıdan girilmektedir. Üç nefli olan naos, ikişer sütunun yer aldığı iki sütun sırası neflere ayrılmışır. Orta nef, yan neflerden daha yüksek olmakla birlikte, her nef sırası içten yarım yuvarlak dıştan düz bir duvar ile sonlanan birer apsis ile sonlanmaktadır. Orta nef apsisi yan apsislerine göre daha yüksektir. Apsislerde birer aidicula nişi yer almaktadır. Narteks bölümü üzerinde galeri katı bulunmaktadır.

Kilisenin kuzeydoğu köşesine bitişik parekklesion bulunmaktadır. Parekklesiona giriş naosun kuzey duvarının doğusunda, diğeri ek mekanın batısında yer alan kapılar aracılığıyla sağlanmaktadır. 

Kilisede mimari plastik düzenlemeler ile duvar resimleri bulunmaktadır. Mimari plastik düzenlemeler batı cephede ve naosta sütun başlıklarında görülmektedir. Duvar resimleri oldukça tahrip olmuştur. Ana yapım malzemesi sarı ve gri renkli bazalt kesme taştır.