Medreseler Selçuklu döneminde bugünkü anlamıyla fakültelere denk olarak eğitim görülen kültür, bilim, sanat konularında elemanların yetiştirildiği yapılar olarak kullanılmıştır. İlk medreseler incelendiğinde camilere veya mescitlere bağlı veya onların yanında ya da içerisinde öğretim için ayrılan özel yerler olduğu anlaşılmaktadır.

Çifte Minareli Medrese’nin herhangi bir kitabesi bulunmadığından ne zaman inşa edildiğiyle ilgili kesin bir bilgi bulunmamaktadır. Fakat medresenin doğu duvarının aynı zamanda kale surunu da oluşturması ve duvar işçiliğinde kullanılan malzeme ve yapım farklılıklarından dolayı XII. yüzyıla ait bir Saltuklu eserinin üzerine inşa edildiği düşünülmektedir. Çifte minareli medrese iki katlı ve dört eyvanlı açık avlulu iki tarafına eklenen payandalar üzerinde inşa edilen iki minaresiyle oldukça dikkat çekmektedir.

Medresenin taç kapısında bulunan derin niş çeşitli genişlikte palmet motifli beş sıra şeritlerle çerçevelenerek üzeri mukarnaslarla örtülmüştür. Medresenin her iki minaresi tuğladan inşa edilen kaideden üst noktaya kadar ki uzunluğu 26 metredir. Minare üçgen ve kare mavi çinilerle süslüdür. Özellikle taç kapıda yer alan bezemeler Selçuklu dönemi taş süslemelerindeki derinliği ve estetikliği yansıtması bakımından büyük önem taşımaktadır. Bezemelerdeki motifler ağırlıklı olarak bitki temalıdır. Taç kapının batı yönüne çift başlı kartal, ağzı açık iki yılan ve hayat ağacı motifleri vardır. Kapının doğu tarafında ise yaprak ve kartal işlemeleri bulunmaktadır.

Medresenin zemin katında 19 oda, birinci katında ise 18 oda mevcuttur. Medresenin güneyinde bulunan kümbet kendi dönemi içerisinde Anadolu’da inşa edilen en büyük kümbet olma özelliği taşımaktadır. IV. Murat’ın emriyle medrese önce tophane daha sonrasında ise kışla olarak kullanılmıştır. Medrese günümüzde ise hem müze hem de resim sergi salonu olarak hizmet vermektedir.