Erzurum’un tarihi çekirdeğini de barındıran Yakutiye ilçesinde bulunan cami, külliye şeklinde 1562-1563 yıllarında o zaman Erzurum Beylerbeyi olarak görev yapan Lala Mustafa Paşa tarafından inşa ettirilmiştir. Osmanlı Devleti döneminde inşa edilen ilk camidir ve Lala Mustafa Paşa’nın Erzurum’da beylerbeyi olarak görev yaptığı 13 aylık döneme atfedilmektedir. Cami yapıldığı dönemde Paşa Sarayı ve Beylerbeyi Sarayı olarak adlandırılan ancak günümüze ulaşmayan sarayın karşısında yapılmıştır. Caminin planı ile projesi Tezkiretü’l Bünyan, Tezkiretü’l Ebniye ve Tuhfetü’l Mimarin adlı Mimar Sinan’ın yaptığı eserlerin belirtildiği kaynağa göre İstanbul’da Mimar Sinan tarafından yapılmıştır. Caminin bu plan dahlinde inşa edilmesi için İstanbul’dan bir ekip gönderilmiş ve cami yapılmıştır. Mimar Sinan’ın ise Lala Mustafa Paşa Camii’nin inşasına bizzat katılmadığı kaynaklarda belirtilmektedir.

Lala Mustafa Paşa Camii, beylerbeyi Lala Mustafa Paşa tarafından külliye olarak yaptırılmıştır. Külliyede 1983 yılına kadar harabesi ayakta kalan, caminin batı kapısının karşısında Yakutiye Medresesi’ne bakan tarafta mektep yapıldı. Külliyenin hamamı caminin doğusunda Tebrizkapı mevkiinde Tabakhane Çeşmesi’nin güneydoğusunda yer alan ve günümüzde resmi olarak Lala Paşa Hamamı halk arasında ise Çöplük Hamamı olarak adlandırılan yapıdır. XIX. yüzyılda Erzurum Valisi Osman Nuri Paşa tarafından namaz vakitlerinin belirlenebilmesi amacıyla caminin yanına muvakkithane yaptırıldı. Ancak günümüze hiçbir kalıntısı ulaşmadığı için tam olarak yeri tespit edilememektedir. Caminin kuzey kapısının önünde günümüzde kullanılmakta olan şadırvan, XIX. yüzyıla ait olup tespit edilebilen taşların tekrar kullanılması ve yeni parçaların da eklenmesiyle birlikte 1971 yılında yenilenmiştir.

Mimari özellikleri açısından Lala Mustafa Paşa Camii, merkezi kubbeli ve kare planlı camiler içerisinde değerlendirilmektedir. Caminin merkezi bölümünde dört tarafından sekizgen şekilde kesme taşlardan yapılan kolonlar üzerinde yerleştirilen merkezi kubbesi bulunmaktadır. Bu kubbenin dört yanında yarım kubbeler yapılmış ve payandalarla desteklenmiştir. Bunların yanlarında ise küçük kubbeler yapılarak camide simetrik bir yapı oluşturulmuştur. Caminin boyutları 24 x 24 metre ebatlarında kare planlı bir şekilde yapılmıştır. Caminin merkezi kubbesi yaklaşık olarak 10 metre çap ve 16 metre yüksekliğe sahiptir. Caminin kuzey cephesinde mukarnas başlıklı sütunlara oturtulmuş, sivri kemerli, kubbeyle örtülü beş gözlü son cemaat yeri bulunmaktadır. Son cemaat yerinin kuzeybatısında caminin minaresi yapılmıştır. Bölgeden temin edilebilen andezit ve kırmızı renkli olup yörede kamber taşı adı verilen taşların alternatif dizilmesiyle oluşan minare, kısa kaideli ve kalın silindirik gövdelidir.

Erzurum, XIX ve XX. yüzyıllarda üç kere Rus işgaline uğramış ve Ruslar Bolşevik ihtilalinden sonra çekilince Ermeniler şehirde zulüm ve katliamlar gerçekleştirmişlerdir. Bu işgaller esnasında halka verilen zararların yanında tarihi eserlerde de büyük tahribatlar yapmışlardır. İşgal yıllarında camin çinilerini ve mermer minberini parçalamışlar ve büyük zararlar vermişlerdir. Camide değerli olarak gördükleri parçaları kendi ülkelerine götürmüşlerdir. Ayrıca Erzurum’un aktif deprem bölgesinde yer almasına rağmen Cami yaklaşık 450 yıldır ayakta durmaya devam etmektedir. Dolayısıyla caminin projesinin ne kadar sağlam yapıldığı açıkça anlaşılabilmektedir. Caminin yapıldığı günden bugüne kadar yaşadığı çeşitli tahribatlardan dolayı tespit edilebilen dokuz farklı onarım ve tadilattan geçirildiği anlaşılmaktadır. Günümüzde halen kullanımda olan cami, yaklaşık olarak 2.500 kişilik bir kapasiteye sahiptir.

Caminin Erzurum tarihi açısından bir diğer önemi ise Osmanlı Devleti padişahı Sultan IV. Mehmet tarafından 1670 yılında yazdırılıp son cemaat yerinde yerleştirilmiş olan kitabesidir. Bu kitabe Erzurum halkının çok sayıda vergiden muaf tutulmasını bildiren bir padişah fermanıdır. Bu fermanın sonunda da yöneticilerden herhangi birinin bu vergileri alması durumunda Allah ve Resul’ünün laneti üzerinde olsun şeklindeki bedduası bulunmaktadır.