1930 yılında malikâne olarak inşa edilen müze binası, 1942 yılında Deniz Kuvvetleri Komutanlığı tarafından satın alındı. Bina, 2008 yılına kadar Karargâh Binası ve Satın Alma ve Muayene Komisyonu'nun olarak kullanıldı. 2008 yılında binanın müze olarak değerlendirilmesine karar verilerek yapı restore edildi. Restorasyon Nisan 2009’da tamamlandı. 26 Haziran 2009 tarihinde Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Metin Ataç tarafından hizmete açılan İskenderun Deniz Müzesi İstanbul ve Çanakkale’den sonra açılan Türkiye’nin üçüncü, bölgenin ise ilk deniz müzesi oldu. Deniz Kuvvetleri Komutanlığı’na bağlı İskenderun Deniz Müzesi’nde; geçici ve sürekli sergi salonları, sanat atölyesi, resim ve maket atölyesi, kütüphane, sinevizyon salonu, hediyelik eşya ve kitap satış reyonu bulunuyor. Salonlara; Barbaros Hayrettin Paşa, Cezayirli Gazi Hasan Paşa, Çakabey, Hikmet Onat, Emine Naciye Tevfik, Rauf Orbay, Savarona, Şükrü Kanatlı, Tayfur Sökmen gibi sanat, siyaset ve askeri alanda önemli başarılara imza atmış kişilerin isimleri verildi. Ayrıca bu kişilerin biyografilerine de değinildi. Ulu önder Mustafa Kemal Atatürk’e ait deniz fotoğraflarının da yer aldığı müze içerisindeki sergi salonlarında; büstler, denizci kıyafetleri, denizcilik tarihini yansıtan yağlıboya tablolar, gemi maketleri, kama, tüfek, yatağan gibi askeri objeler sergileniyor. Şükrü Kanatlı ile Tayfur Sökmen salonlarında ise Hatay ve İskenderun’un kurtuluş mücadelesini yansıtan ve anlatan eserler yer alıyor. Müze bünyesinde yer alan kütüphanede deniz kuvvetleri ve denizcilik tarihi ile İskenderun ve Hatay tarihine ait kaynaklar araştırmacılara açık vaziyettedir. İskenderun Deniz Müzesi envanterinde, askeri ve denizcilik tarihi ile İskenderun ve Hatay tarihine ait yaklaşık 350 eser yer alıyor. Hatay’ın İskenderun ilçesi, Süleymaniye Mahallesi’nin sahil kısmında yer alan İskenderun Deniz Müzesi her gün 09:00 ile 17:00 saatleri arasında ziyarete açık askeri bir müzedir.