14 Ocak 1998 yılında ilk seferine başlayan Eskişehir Ekspresi, Haydarpaşa-Eskişehir hattı üzerinde haftada üç kez sefer düzenleyen ve vatandaşların yanı sıra özellikle öğrenciler, öğretim üyeleri ve Eskişehirli işadamları tarafından genellikle ulaşımlarını sağlama noktasında oldukça yoğun talep görmekteydi.

Yolculuk süresi ortalama dört saatte tamamlanabilen güzergâh üzerinde toplam on istasyon bulunmaktaydı. 2012 yılından itibaren başlayan Marmaray ve hızlı tren çalışmalarından dolayı İstanbul kalkışına sahip olan bu ekspres işlevini kaybetti, 2012 yılında seferlerine son verildi. 180 yolcu kapasitesine sahip olan ve haftada üç gün sefer düzenleyen Eskişehir Ekspresi, son yolculuğunu 171 yolcu ile tamamladı. Eskişehir Ekspres seferleri, pazartesi, çarşamba ve cuma günleri sabah 6.35 te Eskişehir’den İstanbul’a, aksam 18.55 te ise İstanbul’dan Eskişehir’e doğru seferler düzenleniyordu.