Genellikle belirlenmiş ana merkezlerde duran ve ara istasyonlarda bekleme yapmayan ekspres; Eskişehir-İstanbul güzergâhında ulaşımını gerçekleştirmekteydi. Ankara ve İstanbul arasındaki seferleri iki şehirden karşılıklı olarak aynı saatlerde başlamaktaydı. Kendi seferleri zamanında o dönemin en hızlı treni olarak nitelendirilen ve faaliyetini bu yönde gerçekleştiren ekspres 562 kilometrelik İstanbul-Ankara arasını altı saat 30 dakikada alırken, ilk durak yeri olan Eskişehir Garı ile 314 kilometrelik mesafeyi dört saati geçen bir sürede tamamlamaktadır. Aynı zamanda çalıştığı dönemde 11001-11002 tren numarasıyla faaliyetini sürdüren ve demiryolu ana hatlarının tek hat olduğu bölümlerde her zaman geçiş önceliğine sahip olarak çalışan bir ekspres oldu.

Süper Ekspres özelliği gösteren Başkent Ekspresi, hızı yüksek ve konforlu bir özelliğe sahip olup, yolcuların oluşabilecek gürültüden rahatsız olmamalarına yönelik iç ve şasi kısımlarında gürültüyü engelleyen özel bir malzeme ile izole edilmiştir. Bunun yanı sıra yolcuların seyahatleri boyunca güneşten gelebilecek şikâyetlere önlem alma noktasında ekspresin vagonlarının her bir camında stor perdeler bulunmaktaydı.

01. 02. 2012 tarihi kapsamında iki yıl boyunca Yüksek Hızlı Tren (YHT) çalışmalarının yapılması için seferlere ara verildi. 2014 yılından itibaren İstanbul ve Ankara arasında faaliyette bulunan hızlı trenlerin seferlere başlaması ile Başkent Ekspresi’nin seferlerine son verildi.