Türkiye Cumhuriyeti Devlet Demiryolları’nın işletmesinde bulunan Boğaziçi Ekspresi CIWL’nin yeni vagonlarıyla 01. 06. 1968 tarihinde İstanbul- Ankara arasındaki hat üzerinde seferlerine başladı. Seferlerin saatleri; Ankara’dan saat 08.15’te yolculuğa başlayan tren, Arifiye‘ye 14.27’de ulaşmış olacakken ve geri dönüşte ise Arifiye'den 15.30’da harekete başlayan tren, Ankara’ya 21.34’te ulaşacak şekilde planlandı. Seferlerin sürdürüldüğü güzergâh 445,071 kilometre, sefer süresi ise yaklaşık olarak altı saat sürmektedir. Seferleri sırasında İstanbul- Ankara hattı arasındaki ulaşımda Boğaziçi Ekspresi bilet fiyatları uygun olduğu için özellikle üniversite öğrencileri tarafından sıkça tercih edilmektedir. Trenin birçok istasyonda duruyor olması da yolcu sayısındaki artışı etkilemektedir. Boğaziçi Ekspresi güzergâhında yer alan istasyon ve garlar; Ankara Gar, Sincan, Temelli, Polatlı, Beylikköprü, Biçer, Yunusemre, Beylikova, Alpu, Eskişehir, Bozüyük, Karaköy, Bilecik, Vezirhan, Osmaneli, Alifuatpaşa, Arifiye Ren istasyonudur.

1977 yılında İstanbul- Arifiye arası 131 kilometrelik güzergâhta elektriklendirme çalışmaları yapıldı. 1993 yılına gelindiğinde ise İstanbul - Haydarpaşa- Ankara demiryolu elektrikli hâle getirdiği için Boğaziçi Ekspresi de elektrikli lokomotiflere geçti. 26. 12. 1993 tarihinde E40002 serisi lokomotiflerle çekilen ve yeni TVS2000 vagonları ile donatılan ilk elektrikli tren, saat 08.00’de Haydarpaşa’dan yola çıkarak seferine başladı. Seferleri esnasında birçok istasyonda durduğu için Boğaziçi Ekspresi, İstanbul- Ankara hattı arasında çalışan şehir içi trenlerden biri halini aldı.

Boğaziçi Ekspresi’nin seferleri, TCDD tarafından kısıtlı kullanıldığı tespit edildiği için 25. 08. 2004 tarihinde durduruldu. Bu kararın tepki ile karşılanması sonucunda 27 Eylül’de tekrar hizmete başladı. Mart 2009’ da Ankara – Eskişehir yüksek hızlı tren hattının açılmasıyla birçok tren güzergâhı iptal edilirken Boğaziçi Ekspresi, Gebze- Sapanca arasında yapım aşamasında olan hızlı tren inşaat çalışmaları sebebiyle İstanbul-Haydarpaşa- Arifiye arası 131 kilometrelik mesafe 01. 02. 2012 tarihine kadar işletilmeye devam edildi. 24. 07. 2014 tarihinde Eskişehir- İstanbul Yüksek Hızlı Tren (YHT) hattının açılmasıyla Boğaziçi Ekspresi’nin hizmeti durdurulan 08. 12. 2019 tarihine gelindiğinde ise durdurulan Boğaziçi Ekspresi seferleri Ankara- Arifiye arasında tekrar başladı. Halen seferlerine devam etmektedir. 240 yolcu kapasiteli Boğaziçi Ekspresi, dört pulman vagon ile hizmet vermekte ve vagonlarında yatak ve yemek hizmeti sunulmaktadır.