1989 yılında Türkiye Cumhuriyeti Devlet Demiryolları İşletmesi tarafından, İstanbul-Ankara arası ulaşımı tren yoluyla süratli ve konforlu hâle getirmek amacıyla hizmete başlayan ve döneminde de lüks tren olarak anılan Fatih Ekspresi, ücretsiz yemek ikramı ile de farklılık yarattı. Süper Ekspres olarak 2014 yılına kadar seferlerine devam eden Fatih Ekspresi, 7,5 saate yakın süren ulaşım süresi ile İstanbul-Ankara arasında birçok amaçla seyahat eden yolculara, otobüs yolculuğu karşısında alternatif hizmet verdi. Gece başlayan yolculuk sabahın ilk saatlerinde son bulurken, isteyen yolcular yataklı vagonları tercih ederek, bu süreyi uyuyarak değerlendirebilmekteydi. Özellikle iş amaçlı yolculuk edenler tarafından yoğun olarak talep edilen bir tren hizmetiydi. Fatih Ekspresi’nin bir diğer avantajı, ana hat trenleri arasında yer alması sebebiyle güzergâh boyunca yer alan 12 farklı istasyondan sadece merkez istasyonlara uğraması idi. Her gün her iki şehirden de gece aynı saatte kalkan Fatih Ekspresi’nin İstanbul’dan yola çıktığında yol üzerinde yer alan istasyonlar sırasıyla; İstanbul (Haydarpaşa), İstanbul (Söğütlü Çeşme), Bostancı, Pendik, İzmit, Arifiye, Bilecik, Bozüyük, Eskişehir, Polatlı, Sincan ve Ankara idi. Süper Ekspres olan bu tren ise ana hat olan Haydarpaşa, Söğütlü Çeşme, Bilecik, Eskişehir ve Ankara istasyonlarına uğramaktaydı.

Yüksek Hızlı Tren’in 2014 yılında İstanbul (Pendik Tren İstasyonu) ve Ankara (Tren Garı) arasında faaliyetine başlaması ile Fatih Ekspresi dâhil birçok farklı ekspreslerin de seferleri iptal edildi.