Gece işletilen İzmir Mavi Tren, Karesi Ekspresi, 9 Eylül Ekspresi ile birlikte gündüz işletilen Ege Ekspresi İzmir – Eskişehir güzergâhında günlük çalışan ana hat yolcu trenlerinden biriydi. Karşıyaka’daki demiryolunun yapımından dolayı 03. 03. 2006 yılında bu hattın seferleri bir süreliğine durduruldu. Basmane Garı’ndaki seferlerin askıya alınmasında dolayı Ege Ekspresi’nin bitiş güzergâhı 2006 yılından sonra Basmane Garı’na 17 kilometre uzaklıkta bulunan Çiğli’de sona erdi ve ESHOT otobüs hizmetleri ile kuzeyden gelen diğer trenlerle ve şehirdeki tren garlarına olan bağlantı ücretsiz sağlanmaya başlandı. İzmir bitiş güzergâhı 2008 yılının başlarında kuzeydeki Ulukent’e taşındı. Eskişehir – Konya Demiryolunda gerçekleştirilen yapım çalışmalarından dolayı Temmuz 2008’de, Ege Ekspresi’nin güzergâhı Kütahya şehrine 76 kilometre geri çekildi. Daha sonra Eylül 2008’de tren güzergâhı, Alayunt ve Afyonkarahisar güzergahı arasında kalan bölgesel trene alternatif olabilmesi için 105 kilometre güneye uzatıldı. Tren, 25. 05. 2010 tarihinde kuzeyden gelen trenlere şehirlerarası hizmet veren İzmir’deki merkez terminallerine geri getirildi. Ege Ekspresi, 08. 12. 2019 yılından itibaren İzmir- Kütahya güzergâhında hizmet vermektedir. İzmir Basmane’den 6:40’da hareket eden tren, 15:59’da Kütahya’ya ulaşmaktadır. Kütahya’dan 9:40’da hareket eden tren ise İzmir’e 19:11’de varmaktadır. Yaklaşık 9,5 saatte bir seferini tamamlayan tren doğa güzelliği ve tarihi ile bilinen şehirleri birbirine bağlamaktadır. İzmir, Manisa, Akhisar, Soma, Balıkesir ve Kütahya’ya ulaşmaktadır. Manisa’da çok sayıda kültürel değer ve doğal güzellikler mevcuttur. Ege Ekspresi özellikle yaz aylarında çok sayıda yerli ve yabancı turistin tercih ettiği bir ulaşım aracıdır. Güzergâhı yıllar içinde sürekli değişen bu ekspresin pulman vagonları konforlu olup, katlanabilir masa, elektrik prizi, bagaj alanları ve tuvaletler bulunmaktadır.