Balneoterapinin tarihsel kökenleri, Neolitik Çağ’daki mineral ve sıcak su seyahatlerine kadar uzanmaktadır. Dünya üzerinde şifalı sulardan bilimsel anlamda ilk yararlanılan yörenin Bergama olduğu bilinmektedir. Ortaçağ’da hakim güç olan Romalıların şifalı sulara ilgisi Britanya’nın Bath bölgesine yönelen, şifalı suya erişim ve fayda sağlama temelli bir harekete neden oldu. Modern dünyada balneoterapi, kaplıca tedavisi kapsamında klimaterapi, egzersiz tedavisi, masaj, fitoterapi, gevşeme (relaxation), psikoterapi, hidroterapi, elektroterapi, diyet gibi birbirini tamamlayıcı uygulamalardan oluşan kür programı olarak belirginleşiyor. Şifa arayan kimselerin su içerisinde yapılan egzersizlerle aktif bir şekilde tedavi edildiği hidroterapinin aksine, balneoterapide hastanın aktif katılımını gerektirmeyen, genellikle uygulamayı yapan personelin aktif, hastanın pasif olduğu termomineral su, çamur banyosu, gaz banyosu, farklı basınç düzeylerinde duş uygulamalarını içeriyor.

Yaygın olarak gerçekleştirilen balneoterapi uygulamalarından biri Termal banyo uygulaması'dır. Termal banyo uygulamasında küvette en az 225 litre/kişi, en çok 350 litre/kişi su bulunması gerekir. Belirtilen miktardan az olan su yetersiz kalacağı gibi, üst sınırı aşan miktardaki su da normal insan vücudunu kaldıracağı için uygulamanın etkisiz kalmasına neden olur. Kaplıca suyu bol olan merkezlerde banyo küvetindeki su miktarı 350 litreyi aşmamak kaydıyla, daha sağlıklı olması açısından, akıntılı olarak daha fazla su verilebilir. Banyo küveti beş dakikada dolup boşalabilecek şekilde bir sistemle donatılır. Uygulamada kullanılacak suyun sıcaklığı 36-38 ºC olmalıdır. Banyo süresi 20 dakikayı aşmamalıdır, bunun için uyarıcı görevi görecek bir alarm bulunmalıdır. Banyo sıcaklığı normal oda sıcaklığı düzeyinin altına düşürülmemelidir. Bu uygulama için gerekecek maksimum zaman 10 dakika soyunma, 20 dakika banyo, 15 dakika giyinme ve 20 dakika dinlenme şeklinde hesap edildiğinde 65 dakika olacaktır.

Bir diğer uygulama termal havuz uygulaması olarak isimlendirilir. Bu uygulamada derinliği 0,90-1,60 metre arasında olan havuzlar tercih edilir. Türkiye`de insanların boy ortalaması göz önüne alınmak suretiyle (erkeklerde 1,60 metre, kadınlarda 1,50 metre) termal merkezlerde yapılacak havuzların kür uygulamalarının da etkili olabilmesi için maksimum 1,40 metre derinliğe sahip olması gerekmektedir. Termal havuz uygulamasının etkisinin artırılması açısından su verimi uygun olan merkezlerde havuza sürekli su akışı verilir ve havuz suyunun tamamı on iki saatte bir değiştirilir. Eğer su verimi yeterli değilse havuz suyunun günde üçte biri değiştirilerek, üç günde tamamının değiştirilmesi gerekir. Tedavi amaçlı olarak gerçekleştirilen bir diğer uygulama Rehabilitasyon Havuzu (Ağır Hasta Banyosu) uygulamasıdır. Bu uygulama, özellikle kendi başına hareket kabiliyeti olmayan kişiler içindir, bu nedenle kür uygulaması görecek kişinin havuz içine rahatça indirilmesi ve gerekli uygulamaların görevlilerce rahatça yapılabilmesi açısından havuzda koltuğa benzer özel bir aygıt bulunur. Havuzun etrafında ve içinde görevlilerin ve hasta koltuğunun rahat hareketini sağlayacak şekilde düzenleme yapılır, uygulama süresi ve su sıcaklığı kür merkezinde görevli doktorlar tarafından belirlenir.

En çok ilgi gören, ancak kalp sorunları ve solunum yetmezliği olan müşteriler için önerilmeyen bir diğer balneoterapi uygulaması “Çamur Banyoları”dır. Çamur uygulamaları Tabii Çamur Uygulaması (Terrainkur) ve Suni Çamur Uygulaması başlıkları altında temelde iki grupta incelenir. Tabii çamur uygulamasında, termal kaynağın etrafındaki çamur hiçbir işleme tabi tutulmadan doğal haliyle kullanılır. Türkiye`de bu tip uygulamalar daha yaygındır. Suni çamur uygulamasında ise kür amaçlı kullanılan su kaynağının etrafında oluşan çamur istenilen sıcaklığa ve niteliğe getirilerek konuğun vücudunun ilgili yerlerine tatbik edilir.

Gaz Banyosu adı altında gerçekleştirilen balneoterapi uygulamasında kuru ve sıvı olarak iki farklı uygulama yapılır. Sıvı uygulamada daha çok karbondioksit gazı kullanılır. Normal kuvvet karbondioksit suya katılarak ya da doğal karbondioksitli kaplıca suyu kullanılarak kür yapılır. Karbondioksitli sular debileri ve sıcaklıkları yüksek sulardır. Genelde harici uygulamalarda kullanılırlar, soğutulmak ve az miktarda kullanılmak şartıyla içme kürü de yapılabilir. Özellikle romatizma ve kadın hastalıkları tedavisinde etkilidirler. Damar genişletici özelliğe sahiptirler, kan dolaşımını düzenlerler. Üst solunum yolu enfeksiyonlarında, inhalasyon (burun yolu ile nefes alma) yoluyla değerlendirilirler. Uygulamada su sıcaklığı gaz buharlaşmasının yavaşlatılması ve etkinin artırılması için 36 ºC’nin altında tutulmalıdır. Uygulama süresi en fazla 20 dakika olmalıdır. Kuru uygulamada çadırlı bir küvet bulunur, hasta bunun içine girer ve uygun görülen gaz verilerek uygulama yapılır.

Masaj Uygulaması masaj masası üzerinde tam, yarım ya da lokal olmak üzere üç değişik şekilde yapılır. Uygulama süresi 20 dakikadır. Soyunma ve giyinme süresi de dikkate alındığında bir kişi için 40 dakika süre belirlenir. Termal merkezlerde insanların fizik yapılarının güçlendirilmesi ve dirençlerinin artırılması amacıyla su ile yapılan kür uygulamalarından biri de Beden Eğitimi Çalışmaları'dır. Bu kapsamda, doktorların belirlediği hareketler en fazla yarım saat süre ile yapılır. Fiziksel ve kimyasal bileşenleri uygun olan sularla doktor kontrolünde yapılan bir diğer uygulama İçme Kürleri'dir. Hasta uygulama dahilinde günde iki litre su içer, uygulama süresi doktor tavsiyesi dikkate alınarak belirlenir, genellikle on gün boyunca içme kürüne devam edilir. Sağlık Bakanlığı’nın sağlık hizmeti verecek içmeler için aradığı ve içme kürü hizmeti veren tesisler için de geçerli olan minimum şartlar; hasta sayısı ile orantılı çeşmeler, içme için hasta sayısınca ve standart ölçüde kağıt bardaklar, kürden önce bardakların dezenfektasyonu için gerekli donanım ve doktorlar tarafından hazırlanmış içme reçeteleri olarak belirlenmiştir. Ayrıca uygun görülen durumlarda deniz suyu ile de içme kürü yapılması mümkündür. Bunun için özel işlem görmüş bir bardak deniz suyuna üçte iki oranında meyve suyu karıştırılarak uygulama yapılır.

Solunum Yolu ile Kür (Inhalation-Aerosol) uygulamasında inhalasyon burun yolu ile, aerosol ise ağız yolu ile solunum yapmaktır. Bu uygulama saf kaplıca suyunun ya da ilaç katılmış kaplıca suyunun buharının inhalasyon veya aerosol yolu ile vücuda alınması şeklinde yapılır. Uygulama süresi en fazla 20 dakikadır. Özellikle üst solunum yolu rahatsızlıklarının giderilmesinde etkilidir. Elektrik Akımlı Tedavi mekanik ve elektrikli aletler kullanılarak doktor gözetiminde yapılan, yaygın olarak fizik tedavi diye adlandırılan uygulamaları kapsar. Genelde ortopedik ve sinirsel rahatsızlıkların tedavi edilmesinde kullanılır. Müşterilerin sağlığı ve balneoterapi uygulamalarının başarısı açısından tamamlayıcı bir unsur olarak kür merkezlerinde sağlık kurallarına uygun bekleme ve dinlenme salonları bulunmalıdır. Bu salonlar güneye bakmalı, güneş ışığından maksimum düzeyde faydalanmalıdır. Salonda iyi bir havalandırma sistemi olmalı, ancak hava akımı oluşmasına müsaade edilmemelidir. Bekleme süresinde insanların sıkılmaması için gerekli tedbirler alınmalıdır. Dinlenme ve bekleme süresi bir kişi için en az 20 dakika en fazla bir saat olarak düşünülmelidir.