Gök Medrese, Tokat Merkez’de Gazi Osman Paşa Caddesi üzerinde yer almaktadır. Zaman içinde darüşşifa hizmeti de vermiştir. Yapı, halk arasında Kırkkızlar Medresesi olarak anılmıştır. Bu adlandırmanın, ana eyvanın kuzeyinde yer alan kubbeli bölümde bulunan 28 sandukadan kaynaklandığı düşünülmektedir. Sandukalarda iki kadının birlikte gömülü bulunduğuna dair yaygın görüş, bu adlandırmanın ortaya çıkmasına sebep olmuştur. Kitabesi mevcut olmadığından kesin yapım tarihi belli değildir. Türkiye Selçuklu veziri Pervane Muînüddin Süleyman’ın vakfıdır. İlhanlı hükümdarı Abaka Han, 2 Ağustos 1277’de Pervane Muînüddin Süleyman’ı idam ettirince inşası yarım kalmıştır. İnşaatın Pervane’nin kızı ya da bir yakını tarafından tamamlandığı öne sürülmektedir.

Yapı, çevresindeki yol ve diğer yapılara göre daha çukurda kalmıştır; medreseye merdivenlerden inilerek ulaşılmaktadır. Bu durumun, Sulu Sokak’tan gelen yağmur sularının taşıdığı malzemenin zamanla zemini kaplamasından kaynaklandığı tahmin edilmektedir. İki eyvanlı ve iki katlı görüntüsüyle Türkiye Selçuklu medreselerinin belirgin plan özelliklerini taşımaktadır. Yapı, güney cephedeki destek payandaları hariç, moloz taştan inşa edilmiştir. Güney cephesinde dokuz pencere mevcuttur. Kuzey cephesinde, kısmen ayakta kalmış büyük bir yapıya ait izler bulunmaktadır. Doğu cephesinde taş işçiliğiyle yontularak oluşturulan mukarnas kavsaralı taçkapı yer almaktadır.[1] Avlu üç yönden revaklarla çevrilmiştir. Sivri kemerleri taşıyan sütunlar devşirme malzemeden oluşmaktadır. Giriş ekseninde konumlanan ana eyvan, hem mimari hem de işlevsel açıdan yapının merkezî unsurudur. Eyvanın güneyinde dikdörtgen planlı ve tonozla örtülü bir mescit yer almakta; bu mekânda kubbeye geçiş Türk üçgenleriyle sağlanmaktadır. Medresenin alt kat planı üst katta da tekrarlanmıştır.

Yapı, süsleme bakımından ihtişamlıdır. Günümüzde farklı yerlerinde tespit edilen bazı kalıntılar, iç cephelerin yanı sıra iki katlı avlu revaklarının da bütünüyle çini ve sırlı tuğlalarla kaplandığını göstermektedir. Ana eyvan cephesinin merkezinde bulunan çini bezemeler belirgin şekilde ön plana çıkmaktadır. Bu cephede, köşe kısımlarında firuze renkteki altıgen levhaların arasına yerleştirilen küçük mor üçgen parçaların bir bordür düzeni oluşturduğu ve bu düzenlemenin tabandan tavana kadar kesintisiz devam ettiği görülmektedir. Bordürün yanında, aynı renkte uzun bir ayet frizi ile birbirine geçmeli 10 köşeli yıldız motiflerinden oluşan bir süsleme kullanılmıştır. Kemerler arasında bitkisel bir ince şeridin uzandığı görülmektedir. Bu hareketli ve yoğun bezemelerle öne çıkan ana eyvana ek olarak, giriş eyvanının yan cephelerinde başlayan ve ikinci kat revaklarının kemerlerine kadar devam eden benzer nitelikte çini süslemeleri de bulunmaktadır.

Osmanlı arşiv belgeleri, seyyah kayıtları ve Cumhuriyet dönemindeki bazı kurum verileri; yapının zaman içinde farklı amaçlarla kullanıldığını ve çeşitli onarımlar geçirdiğini ortaya koymaktadır. Asırlar boyunca eğitim ve sağlık hizmetlerinin beraber yürütüldüğü medresede akıl hastalarına da hizmet verilmiştir. I. Dünya Savaşı’ndan sonra muhacirlerin barınması için kullanılmıştır. 1960’larda yapının ön cephesinde bir kahvehane bulunmaktaydı. Arşivde tespit edilen en eski onarım kaydı H. 1242 / M. 1827 tarihine aittir. Bu belgede medresenin, Pervane Bey Vakfı gelirleriyle onarıldığı görülmektedir. Tespit edilen diğer bir belgeden ise Pervane Bey Vakfı’na ait Gök Medrese’nin H. 29.12.1294 / M. 14.12.1879 tarihinde ciddi şekilde harap olduğu anlaşılmaktadır. Aynı belgede türbe ve mescit bölümlerindeki duvarlar ile üst örtünün çökme riski taşıdığı bildirilmiş, derhâl müdahale edilerek onarılması gerektiği ifade edilmiştir. Bunun üzerine dönemin taşçı ve marangoz ustalarından oluşan bir heyet inceleme yapmış; bozulmaları ve gerekli malzemeleri içeren bir rapor hazırlamıştır. Söz konusu belge, yapının fiziksel durumunun resmî olarak tespit edildiğini ve onarım ihtiyacının dönemin yetkili makamlarınca belgelendiğini göstermektedir.

1925’te onarımdan geçen yapı, 1926 yılında Tokat Müzesi olarak hizmet vermeye başlamıştır. 1955–1956 yıllarında üst kat döşemeleri betonarme ile takviye edilmiş ve çatısı bütünüyle yenilenmiştir. 1972–1973 yıllarında çatıya ikinci müdahale yapılmıştır. 1974–1975 yıllarında alt mekânlarında, ayrıca güney ve batı cephelerinde iyileştirme çalışmaları sürdürülmüştür. 1975–1977 yılları arasında drenaj hattı yenilenerek yapının neme karşı korunması sağlanmış; 1976’da ise Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından kapsamlı bir restorasyon uygulanmıştır. Yapının müze işlevi 1982’den itibaren kurumsal bir düzenleme ile sürdürülmüş ve 2012’ye kadar devam etmiştir. Kapsamlı restorasyon ihtiyaçları nedeniyle müze 2012’de Arastalı Bedesten’e taşınmıştır. 2021–2024 arasında yürütülen restorasyonla yapı çimento bazlı müdahalelerden arındırılmış; kireç esaslı derzler uygulanmış, taş kısımlar sağlamlaştırılmış ve taçkapı elden geçirilmiştir.

2024’te restorasyonu tamamlanan Gök Medrese, 2025 yılı itibarıyla Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi’ne tahsis edilmiştir. Bu işlev değişimi, yapının korunmasını kolaylaştırmış; akademik yaşamla ilişkilendirilerek ilk inşa edilme amacına da daha uygun bir kullanım zemini oluşturmuştur. Tokat’a gelen misafirler haftanın her günü Gök Medrese’yi ziyaret ederek Selçuklu döneminin bu ihtişamlı yapısını gözlemleyebilir; üniversitenin kongre, panel ve konferans gibi etkinliklerine de dinleyici olarak katılabilirler.