Türkiye’nin en önemli 28 jeolojik alanından biridir. Tokat’ın batısında Akdağ’ın Yeşilırmak Havzası’na bakan kuzey yamacında yer almaktadır. Tokat’a 36, Pazar ilçesine sekiz kilometre uzaktadır. Ballıca Köyü’nde, deniz seviyesine göre 1.085 metre yüksekliktedir. 680 metre uzunluğunda ve 94 metre yüksekliğindedir. 10 bin metrekare yüzölçümüne sahiptir. Ortalama sıcaklığı yaz-kış fark etmeksizin 18ºC olup ortalama nem oranı yüzde 54’tür. Kayseri Kültür ve Tabiat Varlıkları Koruma Kurulu’nun 20.09.1991 gün ve 1099 sayılı kararıyla üçüncü derece arkeoloji sit alanı olarak kabul edilmiştir. Aydınlatması, yürüyüş yolları, seyir terasları yapılarak 1996 yılında turizme kazandırılmıştır. 23.03.2007 tarihinde mağara içerisindeki oluşumlar ana kaynak değerleri olarak tespit edilmiş ve 483 hektarlık bu alan Tabiat Parkı olarak ilan edilmiştir. Yarı kayalık yüksek bir tepenin yamacındaki mağaraya giriş, kısmen düzeltilmiş ana kaya bloğundan sağlanmaktadır.

Yaklaşık 3,4 milyon yıl öncesine ait olduğu tahmin edilen permo-trias mermerleri içinde yarı yatay, yarı dikey olarak birbirine bağlı beş kat ve dokuz büyük salona sahiptir. Girişine göre sıfır kotuna göre en yüksek noktası 19; en derin noktası -75 metre olmak üzere 94 metrelik bir düzeyde oluşmuştur. Şu ana kadar tespit edilen tüm mağara oluşumlarına sahiptir. Bununla birlikte, en özgün ve karakteristik özelliği Türkiye’nin hiçbir mağarasında rastlanmayan soğan sarkıtlarıdır. Mağaranın en belirgin canlı grubu, mağaranın farklı noktalarında koloniler halinde yaşayan cüce yarasalar'dır. Mağara süzülmüş polen ve toz içermediğinden bol oksijenli havasıyla solunum rahatsızlığı çeken hastalara iyi gelmektedir.

Mağara içi, şekillerine göre bölümlere ayrılmış ve her bölüm farklı isimlerle anılmıştır. Havuzlu Salon, Büyük Damlataşlar Salonu, Fosil Salonu, Yarasalar Salonu, Çöküntü Salon, Sütunlar Salonu, Mantarlı Salon ve Yeni Salon isimleriyle anılan bu bölümler dışında oluşumu devam eden ve henüz ziyarete açılmamış bölümler de bulunmaktadır.

Havuzlu Salon: Girişin hemen ardında yer alan bu salondaki yüksek sıcaklık (20°C) ve düşük nem oranı, damlataşları oluşturan kalsit kristalleri arasındaki bağı zayıflatmış, pul pul kabarmış bir görünüme büründürmüştür. Havuzlu Salon’da harç kullanılarak oluşturulmuş dikdörtgen bir yapı yer almaktadır. Harçlı yapı, mağaranın geçmiş dönemlerde kullanıldığına işaret etmektedir.

Büyük Damlataşlar Salonu: Havuzlu Salon, sütun ve sarkıtlardan oluşan dar bir geçitten sonra mağaranın en geniş alanı olan Büyük Damlataşlar Salonu’na açılmaktadır. Buradaki dev boyutlu sarkıt ve dikitler oldukça görkemlidir. Kırık hatlar boyunca oluşan sütunlar doğrusal bir yapı göstermektedir. Salondaki küçük havuzlar, mağara incileri ile kaplıdır. Salonda nem oranı yüksektir ve açık havaya oranla dört kat daha fazla oksijen bulunmaktadır. Dev boyutlu sarkıt ve dikitler ve izlenen kırmızı, sarı, yeşil ve mavi renkleri dikkat çekici bir görünüm oluşturmaktadır. Salondaki kırmızı renk demir minerallerinden, sarı renk demirin bir türü olan limonitten, mavi ve yeşil renkler bakırın türevi olan azurit ve malakitli sulardan kaynağını almaktadır. Bu muhteşem salondan kuzey ve kuzey doğu yönünde ilerleyen yürüme yolu, Çamurlu Salon, Fosil Salon ve Yarasalar Salonu’na ulaşmaktadır.

Fosil Salon: Mağaranın en üst noktasında bulunan salonda sıcaklık 24°C’ye kadar ulaşmaktadır. Mağaranın en yaşlı salonlarından olan bu salonda mutlak nem yüzde 40 oranındadır.

Yarasalı Salon: Cüce yarasaların yaşam alanı olan Yarasalı Salon’a ip kullanmadan inmek mümkün değildir. Uzunluğu 25-35 metre, genişliği ise 8-20 metredir. Gelişim halindeki sarkıtları, mağara gülleri, mağara iğneleri ve damlataş havuzu ile mağaranın genç salonlarındandır.

Çöküntü Salon: Kuzey-güney yönünde bulunan, Muhteşem Galeri olarak da adlandırılan galeriye bağlanmaktadır. Salon, adını tabanında bulunan iri bloklardan alır. Bloklar arasında bulunan derin kuyular mağaranın alt katlarında bağlantılıdır. Tavandan üç metre yukarıda bulunan kalsit oluşumların sınırları, yeraltı suyunun geçmişteki seviyesini göstermektedir.

Sütunlar Salonu: Çöküntü Salon ve Bloklu Mahzen’den sonra, geçilen bir köprü ile Sütunlar Salonu’na ulaşılmaktadır. Mağaranın en büyük sütunu olan, 18 metre boyunda ve sekiz metre çapındaki sütun bu salonda yer almaktadır. Sütunlarla odalara ayrılmış büyük bir galeri görünümü veren salonun tavan yüksekliği yer yer 15 metreyi bulmaktadır. İkiye ayrılan yürüme yolunun kuzey yönü, Mantarlı Salon’a, güney yönü ise Yeni Salon’a bağlanmaktadır.

Mantarlı Salon: İri soğan sarkıtlar ve salona adını veren mantar şeklinde gelişmiş dikitler etkileyici bir görüntü yaratmaktadır. Damlalık sarkıtların en güzel örnekleri bu salonda bulunmaktadır.

Yeni Salon: Mağaranın en genç salonu olan Yeni Salon’da yer alan büyük sarkıt, dikit ve havuzların yanı sıra, yaprak, perde ve pırasa şeklindeki oluşumlar büyüleyici görüntüler meydana getirmektedir. Salonun sonuna doğru, 65 metre derinlikte yer alan göl ve mağara suyunun aktığı sifon yer almaktadır. Mağaranın gezilebilen son bölümünde ise renkleri ve oluşumlarıyla şaşırtan genç soğan sarkıtlar yer almaktadır.

Ballıca Mağarası, sahip olduğu parlak ve göz alıcı renk yanında içerdiği kalsit oluşumlarının zenginliği, çeşitliliği ve güzellikleri ile nadir bir jeolojik peyzaj oluşturmaktadır. Ballıca Mağarası’ndaki sıra dışı ve muhteşem sarkıtlar (pırasa, paraşüt, makarna, perdeli sarkıtlar, damlataşlar vb.), bitişik sütunlarla birlikte, boyut, şekil ve renk çeşitliliğinin istisnai bir gösterimini sağlamaktadır. Farklı formlardaki sarkıtları yanında mağara incileri, nadir rastlanmaları yanında büyüklükleri ile de göz kamaştıran soğan sarkıtları, iyi gelişmiş perde travertenleri, çökelme havuzları bir bütün olarak görsel sistem oluşturmaktadır. Bu sistem, Ballıca Mağarasının, dünyada çok sık rastlanmayan, istisnai doğal güzelliğini oluşturmaktadır ve mağara oluşumları içinde Ballıca’yı dünya ölçeğinde özgün kılmaktadır. Bu sebepten dolayı; Ballıca Mağarası 2019 yılında UNESCO Dünya Mirası Geçici Listesi’ne eklenmiştir.

Ballıca Mağarası doğal ve kültürel kaynak değerleri bakımından oldukça zengin olan bir konumda yer almaktadır. Yakın çevresinde yer alan Kaz Gölü, Sulusaray Kaplıcası ve antik kenti, diğer antik kentler, höyük ve tümülüsler, Almus Baraj Gölü, Reşadiye termal kaplıcaları, Niksar Çamiçi Yaylası, Erbaa Lübnan Sediri meşcereleri, gibi pek çok doğal ve kültürel zenginliğe yakınlığı ile ön plana çıkması mümkün olan bir alandır.