İlk olarak Anadolu Selçuklu medreselerinden XIII. yüzyıl yapısı Gökmedrese’de 1926 yılında açıldı. 2012 yılında Sulu Sokak’taki XV. yüzyıl Osmanlı eserlerinden Tokat Arastalı Bedesten’e taşındı. Arkeolojik ve etnografik eserler ile sikkelerin sergilendiği zengin bir karma müze olup iki ana salona sahiptir. Birinci salon, müzenin bedesten kısmına konumlandırılan arkeoloji salonudur. İkinci salon Bedesten’in batı arastası üzerinde kurulu etnografya salonudur. Müzede, MÖ 4000’lerden itibaren Tokat şehrinde yaşamış birçok medeniyete ait 4.289 arkeoloji, 2.919 parça etnografya eseri, 36.298 parça eski madeni parayı da içeren 43.506 eser vardır.

Müzenin arkeoloji salonunda MÖ4000’lere tarihlenen Turhal Ulutepe buluntularını da içeren Geç Kalkolitik dönemini ve Eski Tunç Çağı’na ait eserlerin sergilendiği dört vitrin yer almaktadır. Vitrinlerin ikisinde Maşathöyük (Zile); diğer ikisinde Almus Maşattepe kazı buluntuları bulunmaktadır. Salondaki Hitit zamanına ait dört vitrinde ise Maşathöyük’ten çeşitli tarihlerdeki kazılarda çıkarılan kalıntılar teşhir edilmektedir. Hititlere ait dört vitrinin ilk üçü Hitit Mutfak Kültürü, Hitit Dönemi Libasyon Kapları, Hitit Dönemi İşlik Eşyaları'na ayrılmıştır. Son vitrinde Geç Hitit dönemi kalıntıları öne çıkarılmıştır. Hitit vitrinlerinden ayrı olarak, Maşathöyük’te çıkarılan üç nadide kalıntı için de üç küçük vitrin tertip edilmiştir. Maşat Höyük kazısı buluntusu Frig eserlerine ait müze arkeoloji salonunda iki vitrin bulunmaktadır. En zengin koleksiyonu Roma dönemine ait eserlerin oluşturduğu müzenin bu bölümünde Roma dönemine ait Apollon, Poseidon ve Nike gibi tanrı heykelcikleri ile onların koruması olan yılan ve boğa gibi kutsal hayvanlardan oluşan bronz heykel grubu bulunmaktadır. Bu eserler, mezar hediyesi şeklinde tümünün tek bir sandıktan çıkması açısından Anadolu müzelerinde bir eşi olmayan (ünik) eserlerdendir. Komana vitrini ise arkeoloji salondaki son vitrin olup burada Roma, Bizans ve Selçuklu eserleri sergilenmektedir.

Tokat Müzesi sikke adedi ve çeşidi ile Anadolu müzeleri içerisinde öne çıkmaktadır. Sikkelerin teşhir edildiği sekiz vitrin arkeoloji salonu içerisinde yer almaktadır. Vitrinlerden biri içerisinde Anadolu’nun en büyük altın sikke definesi özelliği taşıyan ve 1985 yılında, Tokat Valiliği ek bina inşaatı temelinden çıkan 4.695 adet Osmanlı altın sikkesi ile Venedik altın sikke örnekleri yer almaktadır. Diğer bir sikke vitrininde ise 1982 yılında Niksar’da Tokat Müzesi’nin gerçekleştirdiği kurtarma kazısında ele geçen ve Türkiye’nin en büyük gümüş sikke definesi özelliği taşıyan 18.933 adet Anadolu Selçuklu dönemi gümüş sikke örnekleri yer almaktadır.

Etnografya salonundaki kalıntılar, tematik bir düzende teşhir edilmektedir. Salona, Bedesten’in Batı arastasının ortasına denk gelen bir kapıdan girilmektedir. Kapının sağında İslam ve Hıristiyan dinlerine, sol tarafında günlük yaşama ve askeriyeye ait malzemeler teşhir edilmektedir. Giriş kapısının tam karşısında konumlanan dükkânda, Tokat el baskısı yazma atölyesi canlandırılmıştır. Caddeye bakan dükkânda, Tokat bakırcılığının karakterize edildiği bir bakırcı atölyesi vardır. Müzenin en önemli eserlerinden biri olan ve Tokat’ta yazılan el yazması Kur’an-ı Kerim de bu salonda sergilenmekte olup, eser 1191 yılı Anadolu Selçuklu dönemine tarihlenmektedir. Kuran Anadolu’daki meal ve tefsirli olarak yazılmış en eski el yazması Kur’an yazmalarından biri olması ve ketebesinin orta sayfalarında olması yönüyle önem arz etmektedir.

Etnografya bölümünün bir diğer önemli vitrini de Tokat seramiklerine ait büyük koleksiyonun yer aldığı bölümdür. Osmanlı döneminde diğer birkaç ille birlikte özgün bir yere sahip olan seramiklerin yöreye özgü olarak yeşil sırlı oldukları, ayrıca hardal sarısı ve kahverengi olarak da üretildikleri gözlemlenmektedir.

Etnografya bölümünde giriş kısmında yer alan ve Osmanlı döneminde Tokat hanımlarının kullandığı iç-dış ayakkabı özelliği taşıyan ayakkabı da ilgi çekici ve Tokat Müzesi’ne has bir eserdir. Ev gezmelerine önem veren Tokat hanımlarının konaklara girerken dış kısmını çıkararak iç kısmıyla eve girmelerine olanak sağlayan ayakkabı başka hiçbir müzede yer almayan ender örneklerdendir.

Müze bahçesinde, üç erzak küpü, Helen ve Roma dönemlerine ait sütun başlıkları, Roma dönemine ait taş lahit, mezar stelleri, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait sandukalar, mezar baş ve ayak taşları, Bizans dönemine ait mezar steli, İngiliz misyoner Henry Martin’e ait mezar taşı ile pişmiş topraktan yapılmış büyük boyutlu üç erzak küpü yer almaktadır.

Tokat Müzesi, Geç Kalkolitik, Eski Tunç Çağı, Hitit, Frig, Roma, Doğu Roma, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait eserlerin sergilendiği, Karadeniz Bölgesi’nin en eski ve en önemli müzelerinden biridir.

Tokat Müzesi, Sulusokak’ta Takyeciler Camii’nin doğusunda bulunan Tokat Bedesteni olarak da bilinen Arastalı Bedesten’de bulunan, arkeolojik ve etnografik eserlerle sikkelerin sergilendiği bir karma müzedir. 1926’dan beri hizmet verdiği Gökmedrese’den Arastalı Bedesten’e taşınmış olan müze 18 Eylül 2012 tarihinde resmi olarak açılmıştır.

Tokat’ta müzecilik çalışmaları 1926 yılında başladı. Emekli öğretmen Halis Turgut Cinlioğlu, topladığı tarihi eserleri Anadolu Selçuklu dönemine ait Gökmedrese binasında depo etmiştir. Zaman içerisinde depolar, eserlerin sayısının artması ile yetersiz kalmış ve eserlerin daha iyi şartlarda korunup çağdaş müzecilik anlayışıyla sergilenmesi gerekliliği ortaya çıktı. Bu nedenlerle Tokat Müzesi, 1926 yılından beri hizmet vermekte olduğu Gökmedrese’den, 3 Mart 2012 tarihinde Tokat il merkezi Sulusokak’ta yer alan bir Osmanlı yapısı olan Arastalı Bedesten’e taşındı.

Üzerinde kitabesi olmayan Arastalı Bedesten mimari özelliklerine bakıldığında, XV. yüzyılda Sultan I. Mehmed (Çelebi Mehmed) döneminde inşa edilmiş olduğu düşünülmektedir. Arastalı Bedesten, ortada bedesten kısmı ve doğu ve batı cephesindeki arasta bölümleriyle toplamda kısımdan oluşmaktadır. Bedestenin cephesi kesme taş ve tuğla dizileri ile, kemerleri ve üst örtüsü ise tamamen tuğla kullanılarak inşa edilmiştir. Bedesten kısmı kuzey-güney yönünde kareye yakın dikdörtgen planlı olup iki yanında bulunan arastalar ince, uzun ve dikdörtgen planlıdır. Arasta bölümü bedesten kısmından daha alçak tutulmuştur ve karşılıklı olarak 20 dükkan bulunmaktadır. Arasta bölümünün orta kısmında ise her sabah esnafın dükkanlarını açmadan önce toplanıp dua ettikleri ve dürüst iş yapacaklarına dair yemin ettikleri dua kubbesi bulunmaktadır.

Türkiye müzecilik tarihindeki ilk müzelerden olan Tokat Müzesi eser çeşitliliği ve zenginliği bakımından önem arz etmektedir. Özellikle Karadeniz Bölgesindekiler olmak üzere diğer birçok müzenin oluşumunda Tokat Müzesi’nin koleksiyonları kullanılmıştır. Türkiye topraklarının ev sahipliği yaptığı pek çok medeniyetin; Kalkolitik Dönem, Eski Tunç, Hitit, Frig, Roma, Bizans, Danişmentli, İlhanlı, Selçuklu ve Osmanlı’nın önemli eserleri sergilenmektedir. Bunlara ek olarak Roma Şehir, Roma İmparatorluk, Bizans ve İslami dönemlere ait sikkeler ve bu döneme ait bilinen en eski Kuran-ı Kerim de (1191 tarihli) Tokat Müzesindeki en önemli eserlerdir.

Yapının bedesten kısmında arkeolojik eserler sergilenmektedir. Müzede sergilenmekte olan, Tokat tarihinin MÖ 4000-3000 (Geç Kalkolitik dönem) yıllarına kadar uzandığının kanıtı niteliğinde olan Turhal Ulutepe buluntuları 1976 yılında Tokat Müze Müdürlüğü tarafından yapılan kazılarda çıkarılmıştır. Zile ilçesi Maşathöyük buluntularından Hititler’e ait saray kalıntıları, yine Zile ilçesi Ağılcık Köyü’nde bulunan Roma Dönemi bronz heykelleri önemli eserlerdendir. Bunlara ek olarak sergilenen eserler arasında; Roma dönemi takı ve süs eşyaları, kandiller, urneler, cam eserler, pişmiş toprak tesli ve aplikler, Doğu Roma Dönemi’ne ait haçlar ve mühürler de bulunmaktadır. Yapının arasta kısmında ise Etnografya Salonu bulunmaktadır. Burada giyim-kuşam, tekstil, dokuma, kilim, halı, yazmacılık, erkek ve kadın takıları, bakırcılık, silahlar, barutluklar, aydınlatma araç-gereçleri, kapı tokmakları, hamam ve mutfak eşyalarıyla Osmanlı Dönemi'ne ait el yazması kitaplar, yazı takımları, tarikat eşyaları, Hristiyanlık Dönemi'ne ait eserler ve Danişmentliler Dönemi'ne ait bilinen en eski Kuran’ı Kerim sergilenmektedir.