Külliye, Eskişehir’in en eski ilçesi olan Seyitgazi’de yer almaktadır. İlçede ilk yerleşim MÖ 3500’de başladığı bilinmektedir. İlçe günümüzde, Alevi inancındaki Anadolu Müslümanlığının önemli merkezlerinden biridir. Seyitgazi, İstanbul-Bağdat-Hicaz yolunda yer alır ve yıllarca hac yolculuğuna çıkanların konaklama noktası olmuştur. Bu durum dinî anlamda Seyitgazi ilçesinin önemini artırmıştır. Bölgeye 720-740 yıllarında yapılan Arap akınları sırasında Seyyid Battal Gazi’nin bu bölgeye gelmesi ve burada şehit olması sonucunda ilçeye Seyitgazi adı verilir. Yapı, Seyyid Battal Gazi adına 1207-1208 yıllarında Anadolu Selçuklu sultanı I. Alaeddin Keykubad'ın annesi Ümmühan Hatun tarafından Üçler Tepesinde önce bir türbe sonra cami yaptırılmıştır. Burası daha sonraki yıllarda Osmanlı devletinin kuruluş ve gelişme dönemlerinde külliye haline getirilmiştir. Külliye, aynı zamanda bünyesinde yer alan medresesi ile İslami ilimlerin öğretildiği bir merkezdir. Önce Kalenderi dervişlerinin, sonra Bektaşiliğin merkezi hâline gelmiştir. Hacı Bektaş-ı Veli’nin külliyeyi ziyaret ederek, Orhan Gazi’den burayı imar etmesini istediği rivayet edilmektedir. Bu vesile ile külliye Bektaşilerin önemli bir ziyaretgâhı hâlini almıştır. Seyit Battal Gazi veli, gazi ve seyyid sıfatlarıyla her mezhep ve tarikattan bütün Müslümanların oldukça değer verdiği birleştirici bir isimdir. Bugün Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne ait olan ve 1954 yılına kadar harap bir biçimde bulunan külliye bu tarihte yapılan geniş bir restorasyonla yeniden düzenlenmiştir.

Külliyede Seyyid Battal Gazi Türbesi (bina içinde sekiz metre uzunluğunda mezar bulunmaktadır) , cami, iki çilehâne, türbedar odası, Mihaloğulları Türbesi, Ümmühan Hatun Medresesi ve Türbesi, Kadıncık Ana, Kesikbaşlar ve Çoban Baba türbeleri, Bektaşî Dergâhı, aşevi, fırın ve medrese külliyedeki geniş bir avlu içinde yer almaktadır. Avluda medrese odaları önünde bir şadırvan kalıntısı, ayrıca Kadıncık Ana Türbesi’ne yakın konumda lahitten devşirilen bir çeşme mevcuttur. Arazinin meyilli konumundan dolayı doğu ve güney yönlerindeki yapılar altında depo-kiler şeklinde kullanılan mekânlar oluşturulmuştur. Cami kitabesinden öğrenildiğine göre; külliye Kılıç Arslan oğlu Gıyaseddin Keyhüsrev zamanında XIII. yüzyılın başında yapılmıştır. Sultan II. Bayezid zamanında da l511’de onarılmıştır.

Külliyenin camisi, önündeki son cemaat yeri sivri kemerlerle birbirine bağlanmış yedi sütunun taşıdığı bir çatı ile örtülmüştür. Son cemaat yerinden üç kubbeli ve üç bölümlü uzun bir giriş koridoruna onun ardından da kare planlı ve kubbeli ibadet yerine girilmektedir. İbadet yerini örten kubbe 16 köşeli bir kasnak üzerine oturtulmuştur. Kasnağın ilginç bir yapı şekli bulunmaktadır; kare kasnağın köşeleri kırılarak sekizgene oradan da 12 köşeli kasnağa geçilmektedir. Mihrap sivri kemerli bir niş şeklindedir. Minber beyaz mermerden olup üzerinde bezeme elemanlarına rastlanmamaktadır. Minare kare kaideli olup üzerine tuğladan yuvarlak gövdeli tek şerefelidir.

Külliyenin avlusunda dikdörtgen planlı bir medrese de bulunmaktadır. Medrese alışılagelenin dışında biraz çarpık olup üzeri kubbe, yanları da tonoz örtülüdür. Çevresindeki imaret ve hankah ile Bektaşi dergâhı özelliklerini taşımaktadır. Külliyenin tümünde yapı malzemesi olarak taş, mermer, tuğla ve Bizans yapılarından toplanmış devşirme malzemeler kullanılmıştır.

2011 yılında Anadolu Üniversitesi öğretim üyelerinden Prof. Dr. Meryem Akoğlan Kozak ve Yrd. Doç. Dr. Ozan Aksöz tarafından Seyitgazi İlçesinin sakin şehir sertifikası alması için başvuruda bulunmuştur. İlçedeki Seyyid Battal Gazi külliyesi ve diğer doğal ve kültürel alanlar yanında, sahip olunan otantik doku, doğal yiyecek üretim ve pazarının olması (doğal ve yerel yiyeceklerin teşviki, organik tarım uygulamaları, geleneksel yemek eğitimi uygulamaları) bu projenin haklı değerleri olarak kabul edildi. Bu bağlamda Seyitgazi’nin sakin şehir unvanını alarak markalaşmasını sağlamak üzere Seyitgazi ilçesinin yerel yönetimi ile bir yıl ciddi bir uğraş verildi. Çevre ve altyapı politikaları, kentsel kalite için teknoloji ve tesisler, yerel üretimi korumak, misafirperverlik, farkındalık gibi kriterler üzerinden sakin şehir sertifikası alması için çalışılan projede bir yılın sonunda Aday sakin şehir statüsünde belge alınmıştır. Proje kapsamındaki farkındalık eğitimleri bu süreçte tamamlanarak gerekli standartların karşılanması çalışmaları sürdürülmüştür. Ancak zaman içinde yerel idarelerdeki değişimler ve konuya gereken özenin gösterilmemesi yanında, kimi politik yaklaşımlar nedeniyle ilçeye bu unvan alınamamıştır. Külliye halen ilçeye ve Eskişehir’e turistik anlamada bir canlılık kazandırmaktadır.