Tekirdağ Marmaraereğlisi Kalekapı mevkiinde bulunan anıtsal bazilikanın, Tekirdağ Müze Müdürlüğü tarafından gerçekleştirilen kazılar kapsamında, Erken Bizans dönemine ait olduğu ortaya çıkmıştır. Bir inşaatın temel kazısı esnasında mimari açıdan değerli bazı bulgulara rastlanılmıştır. Daha sonrasında Tekirdağ Müzesi Müdürlüğü’nün 1992–1993 yıllarında yapmış olduğu kurtarma kazılarıyla, bu alanda bir bazilikanın varlığı tespit edilmiştir. 1993 yılında kamulaştırma gerekçesi ile kesintiye uğrayan kazı çalışmaları, 2005 yılı itibariyle tekrar başlamıştır.

Yıllar boyunca yoğun ve ağır tahribata uğrayan Perinthos Bazilikası, Edirne Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu’nun 09. 07. 1991 tarihli 913 sayılı kararıyla koruma altına alınmıştır. Koruma kararının alınması itibariyle bölgede ilk kazı çalışması, Anıtlar ve Müze Genel Müdürlüğü’nün 07. 09. 1992 tarihli 16104 sayılı izni ile Müze Müdürlüğü tarafından kurulan ekiple başlamıştır. Kazı ekibinin başkanlığını o dönemde Tekirdağ Müze Müdürü olan Mehmet Akif Işın yürütmüştür. Kazı ekibinde ise Arkeolog Dr. Nuşin Asgari, Arkeolog Turan Gökyıldırım, Müze Araştırmacısı Erol Şeftalioğlu, İstanbul Üniversitesi Prehistorya Anabilim Dalı öğrencileri Ahmet Ayhan ve Gülçin İlsezdi yer almıştır.

Perinthos bazilikasındaki kazı çalışmalarını ilk olarak eski Tekirdağ Müze Müdürü Mehmet Akif Işın yürütmüştür. Daha sonra ise halen görevini sürdürmekte olan Tekirdağ Müze Müdürü Nejat Önder Öztürk görevi devralmıştır. Perinthos bölgesinden çıkartılan eserlerin hepsi sergilenmeye uygun olmadığı için çıkarılan sikkelerden bir kısmı ve taşınabilir arkeolojik eserlerden bazıları Tekirdağ Arkeoloji ve Etnografya Müzesi’nde sergilenmektedir. 2019 verilerine göre müzeyi ziyaret eden kişi sayısı 15.278’dir. Tekirdağ Arkeoloji ve Etnografya Müzesi’nde halen 2.744 arkeolojik eser, 1846 etnografik eser ve 9.295 adet sikke sergilenmektedir.

Kültür ve Turizm Bakanlığı, Tekirdağ İl Özel İdaresi ve Tekirdağ Müze Müdürlüğü'nün işbirliği ile restorasyon çalışmalarının yürütüldüğü Perinthos Bazilikası’nın tarihininin V. yüzyıla kadar uzandığı ifade edilmektedir. Araştırmalar kapsamında insanlık tarihine ilişkin bilgiler de ortaya çıkarılmaya çalışılmaktadır. Tekirdağ’ın Marmaraereğlisi ilçesinde yer alan Bazilika’da yapılan kazı çalışmalarında V. yüzyıla ait sikke ve tarihi eserlere ulaşılmıştır. Ayrıca Marmaraereğlisi’nin Roma döneminde başkent olduğu da yine yapılan kazı çalışmaları neticesinde ortaya çıkmıştır. V. yüzyıla ait Türkiye ve Trakya Bölgesi için çok önemli bir yere sahip olan mozikler de yine bu kazı bölgesinden çıkartılmıştır. Bu mozaikler içinde insan, hayvan ve o dönemde yetiştirilen meyvelerin figürleri yer almaktadır. Perinthos Bazilikası’nda yapılan kazı çalışmaları sonucunda, Bazilikanın Roma döneminde tapınak ve kilise olarak kullanıldığı, aynı zamanda yüzyıllar boyunca farklı kültürlere ev sahipliği yaptığı sonucuna ulaşılmıştır. V. yüzyıldan XI. yüzyıla kadar büyük kilise olarak kullanıldığı, daha sonrasında ise yaşanan doğal afetler neticesinde hasara uğradığı tespit edilmiştir. XI. yüzyıl sonlarına doğru, Bazilikaya ağır hasar veren bir deprem olduğu ve bazilikanın kullanılamaz hâle geldiği bilinmektedir.