Necmi Asfuroğlu’nun burada beş yıldızlı otel fikri ile inşaat çalışmaları başlatıldı ve kazı çalışmaları esnasında muazzam tarihi eserlere rastlanıldı (2009). Kazı alanında arkeolojik bulgular elde edildikten sonra müze-otele çevrilen 199 odalı otelin tasarımı Mimar Emre Arolat tarafından gerçekleştirildi. Yapımı 10 yıl süren müze otel 2019 yılında tamamlandı. Müze otelin inşası, içerisinde bulunan tarihi eserlere hiçbir şekilde zarar verilmeden inşa edildi. Binanın yerleşeceği ayak noktaları tamamen elle kuyu açılarak kazıldı. Otel, alttaki tarihi dokuya zarar vermemek için 66 çelik kolon üzerine oturtuldu. Müze otelin yapısı tamamen yarı açık şekilde yapıldı.

Kazı alanında çoğunlukla Antiokhela’nın MS IV. – VI. yüzyıl arasına tarihlendirilen Geç Antik çağ yerleşiminin kalıntıları ortaya çıkarıldı. Müze Helenistik dönemden İslami döneme kadar beş arkeolojik katman ve 13 ayrı medeniyetin izlerine sahiptir. Burada bu dönemlere ait 30 bine yakın tarihi eser sergilenmektedir. Antakya Müze Otel, tam 1050 metrekare büyüklüğünde dünyanın en büyük taban mozaiğine sahiptir. Müzedeki en önemli eserlerden bir diğeri Pegasus Mozaiği’dir. Mozaikte Pegasusa hizmet eden su perileri görülmektedir. Bu mozaiğin, Hatay için önemi üzerinde Eurofos adında Hataylı bir mozaik sanatçısının imzasının bulunmasıdır.

Müzenin bir bölümü Roma villasının yemek salonu taban mozaiklerinden oluşurken diğer bölümde nympheum (anıtsal çeşme) bulunmaktadır. Otel odalarının balkonundan müzedeki tüm tarihi yapı, içerisindeki yürüyüş yolu, kilise kalıntıları ve Roma hamamı görülebilmektedir. Bu devasa yapının ortasından bugün yatağı değişmiş olan Parmentos Çayı (Hacı Kürüş Deresi) geçmektedir.

Müze otel, dört farklı katmandan oluşmaktadır. Bunlardan birincisi, arkeolojik kalıntılara en yakın yerde bulunan açık hava müzesi; ikincisi otelin ortak kullanım alanları; üçüncüsü prefabrik otel odalarının bulunduğu bölüm ve kazı alanının yukardan görülebileceği köprüler ve son olarak hepsini örten çatı katı. Çatı katında bulunan balo salonunun terasından Hristiyanlar için önemli bir hac merkezi olan St. Pierre kilisesi görülmektedir.

The New York Times gazetesinin, 2020’de Gidilmesi Gereken 52 Yer isimli hazırladığı listede Antakya Müze Otel 34. sırada yer almıştır. Tarihi eserlerin bulunduğu bölüm Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından Necmi Asfuroğlu Arkeoloji Müzesi adı ile ziyaretçilere açıldı. Otel bölümü ise Antakya Müze Otel adı ile açıldı.