Yunanca'da Miletos olarak adlandırılan antik şehrin tarihi MÖ 3000’li yıllara dayandırılmaktadır. Milet’in yerleşim yeri olarak kullanılmaya başlaması ise Taş Devri’ne kadar uzanmaktadır. Milet çevresinde yapılan kazılarda antik liman kentinin Kalkolitik Çağ ile Geç Bizans dönemi arasında (XIV. yüzyıl) önemli bir yerleşim yeri olduğuna dair kanıtlara rastlanmıştır. Büyük Menderes Nehri’nin Ege Denizi’ne döküldüğü alanda yer alan Milet, MÖ ikinci bin yılda denize kolay erişimi, verimli toprakları ve çevresinde yer alan demir rezervleri nedeniyle birçok tüccarın uğrak limanı olmuş, ticaret önemli ölçüde gelişti. Coğrafi olarak gelişmeye uygun bir hinterlanda sahip olan Milet, bu stratejik önemi nedeniyle sıklıkla saldırıların da hedefi haline gelmiştir. Bu açıdan Milet şehrinin iki kez kurulmuş olabileceğine dair bilimsel kanıtlara ulaşılmıştır. Şehir ilk olarak MÖ 2000’lerde Giritliler tarafından kurulmuş; XI. yüzyılda ise önemli bir İon kolonisi olarak yeniden tarihte yerini almıştır.

Ticaretin geliştiği bir liman kenti olan Milet, Girit Medeniyeti’nin, Hititlerin, İonyalıların, Pers İmparatorluğu’nun, Helenlerin, Roma ve Bizanslıların hakimiyeti altına girmiştir. Milet şehrinin en parlak devrinin İonyalılar zamanında yaşandığı belirtilmektedir. İonya’nın kolonisi olarak gelişen Milet, Marmara Denizi’nde (Propontis) ve Karadeniz’de (Pontus), günümüzdeki adları Bulgaristan’da Varna; Anadolu’da Bursa, Samsun, Trabzon ve Sinop; Ukrayna’da Kerch olarak bilinen şehirlerde kendi yerleşim bölgelerini ve kolonilerini kurmuşlardır. Refah seviyesinin ticaret ile geliştiği liman kentinde, bilim ve sanat alanında da önemli atılımlar gerçekleştirilmiştir.

Milet şehri Filozoflar kenti olarak bilinmektedir. Öncelikle, felsefenin ve bilimin öncülerinden olan ve rasyonalitenin mimarı olarak görülen ünlü filozof Thales, Milet şehrinde yaşadılar. Ayrıca güneş saatini keşfeden Anaksimandros; ayın ışığını güneşten aldığını öne süren Anaksimenes; Yunan tarihçi ve coğrafyacı Hekataios; atom kuramının gelişmesinde katkıları bulunan fizikçi Leucippus; tarihçi Dionysios; Sokrates’in hocası filozof Arkhelaos; Efes antik kentinde bulunan Artemis Tapınağı’nın mimarı Daphnis ve ızgara kent planını ilk olarak ortaya atan Hippadamos’un da Milet şehrinde yetişen önemli isimler olduğu belirtilmiştir.

Bizans döneminde Milet şehrinin Büyük Menderes Nehri’nin taşıdığı alüvyonlar nedeniyle önemi azalsa da; Selçuklular zamanında Venedik ile yapılan ticaret için kullanılmaya devam edilmiştir. Anadolu Selçuklu Devleti’nin yıkılmasından sonra Milet’e sahip olan Menteşeoğulları Beyliği zamanında İlyas Bey tarafından şehirde medrese, külliye ve cami yaptırılmıştır. Günümüzde Milet, bir örenyeri olarak birçok turist tarafından ziyaret edilen bir antik şehir özelliği taşımaktadır. Milet müzesi ve örenyerini, 2017 yılında 24.706; 2018 yılında 32.556; 2019 yılında 48.645 kişi ziyaret etmiştir.

Milet şehrinde ilk kazılar 1899 yılında Berlin Müzesi işbirliğinde gerçekleştirilen bir proje ile Theodor Wiegand tarafından başlatılmıştır. Menderes Nehri’nin taşıdığı alüvyonlar nedeniyle kazı çalışmalarının bataklık bir alanda devam etmesi ve Birinci Dünya Savaşı’nın başlaması sonucu kazı çalışmalarına ara verilmiş; 1938 yılında Weickert tarafından yeniden başlatılmıştır. 2017 yılından itibaren ise Berns tarafından kazı çalışmalarına devam edilmektedir. Kazı çalışmaları sonucunda Milet örenyerinde bulunan eserler; Bouleuterion (toplantı alanı), Agoralar, Nymphaeum (Kutsal pınar), Delphinion (tapınaklar), hamamlar, Athena Tapınağı, Liman Anıtı, kutsal yol ve kutsal kapılar, kiliseler ve İlyas Bey Camii olarak sıralanabilir.