Merzifon, Amasya’nın en büyük ilçesi olarak, Orta Karadeniz Bölgesi’nin iç kısımlarında yer almaktadır. Osmanlı döneminde de değerli fikir ve ilim insanları yetiştirmiş bir şehirdir. Merzifonlu Kara Mustafa Paşa da (1634-1683) Osmanlı tarihinin en tanınmış sadrazamlarındandır. Merzifon’da pek çok külliye, medrese gibi vakıf kurumları ve taşhan inşa ettirmiştir. Taşhan’da Kara Mustafa Paşa Külliyesi’ne ait binalardandır. Külliyenin ana kompozisyonu içinde, bedestenin kuzeyinde caminin kuzeydoğusunda bulunmaktadır. İnşa kitabesi bulunamadığından yapının yapılış tarifi bilinmemektedir. Vakfiye kayıtlarındaki bilgiler, plan ve mimari özellikleri yapının XVII. yüzyılın üçüncü çeyreğinde inşa edilmiş olabileceğini göstermektedir. Dikdörtgen planlı eser, üç sıra tuğla ve bir kesme taşla örülmüş olup, kemer kalınlıkları köşelerinde tuğla kullanılmıştır. Taş süslemeden bahsetmek neredeyse mümkün değildir. Tek avlulu olarak inşa edildi. Bodrum zemin ve birinki kattan oluşmaktadır.

Hanın tek girişi bulunmaktadır. Giriş kapısı üzerindeki uçlar kavisli konsollarda çıkıntı teşkil eden cumbalar, duvarlardaki kesme taşlar arasında yer alan tuğla hatıllar XVII. yüzyıl karakteristik vasıflarıdır. Giriş avluya açılmaktadır. Avluda iki adet çeşme bulunmaktadır. Avlunun altına gelen kısım ahır olarak kullanılmıştır. Bu tasarım Osmanlı hanları içerisinde yalnızca Merzifon Taşhan’da görülmesi açısından önemlidir. Avludan üst kata çıkan merdiven ve bodrum kata inen rampa bulunmaktadır. Hanın zemin katının dışa bakan bölümleri işyeri olarak yapılıdır. Otuz üç adet işyeri, Hanın zemin katının dışına dizilmiş durumdadır. Birinci katı konaklama için ayrılmıştır. Kırk odası olan Taşhan’da, 35 tanesi dış alana bakarken, beş tanesi ise iç avluya bakmaktadır. Her odada ocak ve niş bulunmaktadır. Odaların bazılarında bulunan dolaplar içerisinde misafirlerin yıkanma ihtiyaçlarını gidermek için bölüm bulunmaktadır. Han içerisinde mescit bölümü bulunmamaktadır. Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından 1975, 1978 ve 1985 yıllarında yapı ile ilgili durum tespiti ve onarım raporları hazırlandı. 2007 yılında ihalesi yapılmış olan restorasyon çalışması 2018 yılında tamamlanmıştır. Kubbeli odalardan oluşan butik otel ve yöresel yiyeceklerin sunulduğu restoran olarak hizmet vermeye devam etmektedir.