Antik kaynaklara göre kent Thessalia’dan gelen ve Magnetler olarak adlandırılan bir kavim tarafından kurulmuştur. Magnetlerin kurdukları ilk Magnesia’nın yeri kesin olarak bilinmemekle birlikte antik kaynaklarda kentin Menderes Nehri kenarında kurulduğundan bahsedilmektedir. Menderes Nehri’nin taşmasının sebep olduğu salgın hastalıklar ve Pers saldırılarından korunmak adına Magnetler, MÖ 400 yıllarında kenti bugünkü yerinde, Menderes’in bir kolu olan Gümüşçay Nehri’nin hemen yanında yeniden kurmuşlardır.

XIX. yüzyılın başında ilk kez Leake ve Hamilton tarafından Thorax (Gümüş) Dağı eteklerinde yer alan o dönemde İnek Bazar olarak adlandırılan bölgedeki kalıntılarda incelemeler yapılmış ve sonrasında Leake, bu incelemelerin sonuçlarından bahsettiği bir çalışma yayımlamıştır. Bu çalışmayla Magnesia’nın yeri kesin olarak tespit edilmiş, İnek Pazarı’ndaki kalıntıların Magnesia antik kentine ait olduğu, bilim dünyasına duyurulmuştur. Kesin olarak yeri tespit edilen Magnesia’daki inceleme gezileri, XIX. yüzyıl boyunca devam etmiştir.

Magnesia kentindeki ilk kazılar, 1842 yılında Charles Texier başkanlığında Fransız hükümetince başlatılmıştır. 1890 yılında Atina Alman Arkeoloji Enstitüsünün görevlendirdiği O. Kern ve F.F.H von Gaetringen tarafından Artemision’un arkasında ve kentin tiyatrosunda kazı çalışmaları yapılmıştır. 1891 yılında Berlin Müzeleri, C. Humann başkanlığında sürekli kazılara başlama kararı almıştır. 1890-1893 yıllarında O. Kern ve R. Hayne’nın katılımlarıyla kazı çalışmalarına devam edilmiştir. Artemis kutsal alanındaki tapınak ve altarda, agorayı çevreleyen stoalar ile agora içindeki Zeus Tapınağı ve Prytaneion’da ve Propylon’da sürdürülen bu çalışmalar sonucunda ortaya çıkartılan eserler İstanbul ve Berlin müzelerine götürülmüştür.

C. Humann’dan sonra 100 yıl kadar herhangi bir çalışma yapılmayan Magnesia’da 1984 senesinde, Kültür ve Turizm Bakanlığı adına, Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi tarafından Klasik Arkeoloji Anabilim Dalı öğretim üyesi Prof. Dr. Orhan Bingöl'ün başkanlığında sürekli kazılar yeniden başlatılmıştır.

1994-2001 yılları arasında Artemis kutsal alanındaki tapınağın önünde yer alan altar ile agora arasında mermer döşemeli tören alanı tespit edilmiştir. 2001 kazı sezonunda Agora’daki çalışmalar sonucunda Agora’nın kryptoportikosuna ait bir bölüm ortaya çıkarılmıştır. 2002-2004 yıllarında Artemis Tapınağı’nın batısında yapılan kazı çalışmaları sonucunda yapının batı cephesine ait mimari elemanlar açığa çıkarılmıştır. 2005 yılının kazı çalışmalarında Çarşı Bazilikası’nın güney sütun sırasına ait üstyapı elemanları ele geçirilmiştir. 2007 yılında kazı ve restorasyon çalışmaları Stadion, Artemis Kutsal Alanı, Çarşı Bazilikası, Mezar Yapısı ve Şapel’de sürdürülmüştür.

1984 senesinden 2009 senesine kadar; Theatron, Latrina, Tören Alanı, Artemis Sunağı ve Propylon’da kazı çalışmaları tamamlanmıştır. Agoranın doğu stoası, Çarşı Bazilikası, Artemis Kutsal Alanı ( Artemis tapınağı, temenos ve stoalar), ve Stadion’daki kazı çalışmaları ise sürmektedir.