Eski yerleşim yerlerinin coğrafi koşulların etkisiyle zaman içerisinde toprak ile örtülüp tepe biçimine gelmiş haline “Höyük” denmektedir. Cafer Höyük, Malatya il merkezinin yaklaşık olarak 40 kilometre kuzeydoğusunda bulunan Cafer köyünün hemen yanında yer almaktadır. Bugün için Karakaya Barajı suları altında kalmıştır. Bu bölgenin günümüzden yaklaşık dokuz bin yıl önce yurt edinildiği düşünülmektedir. Cafer Höyük’ün radyoaktif tarihleme yaşı MÖ 8450-7180 tarihlerine denk gelmektedir.

Paleolitik (Kabataş) Çağ’da Malatya civarında bulunan ve oldukça sık rastlanan mağaralardan çıkan insanlar doğada kendiliğinden yetişen tahılları toplayarak zaman içerisinde yerleşik hayat geçiş yaptıkları, böylece tarımsal faaliyetlere başladıkları anlaşılmaktadır. Anadolu’nun Neolitik (Yenitaş) Çağı’nı aydınlatan önemli bir ören yeri olan Cafer Höyük, kent yerleşimi bakımından da Anadolu’nun ilk kentsel yerleşimlerinden biridir. Evler genellikle kerpiçten yapılmış dikdörtgen planlı, tabanlar kireçle sıvanmış, bir avlu etrafında sıralanmış yapılardır. Bu düzen, o dönemde toplumsal yaşamın gelişmişlik düzeyinin artığını göstermektedir.

Kazı çalışmaları 1979-1986 yılları arasında Fransız Ulusal Bilimsel Araştırma Merkezi (CNRS) tarafından Arkeolog Jacques Cauvin başkanlığında yürütülmüştür. Hem Anadolu’da hem de dünya arkeolojisinde çanak çömleksiz Neolitik Çağ’ın en karakteristik örneklerinden biri olarak kabul edilen yerleşmesidir. İlk Tunç Çağı’na ait ortaya çıkartılan buluntular ile az sayıda olmakla birlikte Orta Çağ’a ait parçalar da bulunmuştur. Fakat Höyük’te sadece kurtarma kazısı yapılabildiği için pek çok bilinmeyenle birlikte artık sular altındadır.

Neolitik dönem başlangıcı yaygın şekilde belirgin olan höyükte bulunan tarım aletleri orak, kazıyıcı, çapa gibi buluntular tarımın var olduğunun en önemli örnekleri ancak hayvancılık bölgede çok yaygınlaşmamıştır. Bölgede en eski buğday, arpa ve mercimek kalıntılarına rastlanılmaktadır. Tarımın Anadolu’daki en eski örneklerinden biridir. Bol miktarda balık kalıntısı ve nehir kabukları bulunması Fırat Nehri’nden balıkçılık yapıldığını göstermektedir. Cafer Höyük’ün bir diğer dikkat çeken özelliği ise bereket tanrıçasını temsil eden ve geniş bir çevrede alışılmış kadın figürleri gibi doğurganlık sembolleri bulunmasıdır. Bu durum tarih öncesi devirlerde inanç sisteminin sosyal-ekonomik yaşantıya olan etkisini göstermektedir. 

Cafer Höyük Tarih Öncesi olan Neolitik dönemden Bizans dönemine kadar birçok uygarlığa ev sahipliği yapmıştır. Bölgede obsidyen kalıntılarına rastlanılmış, bu obsidyenler Doğu Anadolu ve Kapadokya kaynaklı olmaları ile birlikte bölgenin erken dönemlerde ticaret yolları ile bağlantılı olduğunu göstermektedir. Anadolu ile olduğu gibi Suriye ile Fırat Nehri aracılığıyla ticaret bu dönemde yapılmıştır.

Bölge halkı, Anadolu’da yerleşik yaşama geçen en erken topluluklardan biridir. Tarım faaliyetlerinin toprağa bağlılık gerektirmesi sebebi ile yerleşik hayatın benimsenmiş olması aynı zamanda mimarideki düzen, ortak yaşam alanları ve yapı biçimi, toplumsal örgütlenmenin başladığını göstermektedir.

Cafer Höyük, sadece yerleşik hayatın değil, aynı zamanda toplumsal farklılaşma öncesi eşitlikçi yapıların, tarımın yaygınlaşma evresinin ve inanç sistemlerinin doğuşunun Anadolu coğrafyasına özel özgün verilerin temsilcisi konumunda bulunmaktadır. Günümüzde Malatya’da bulunan Karakaya Barajı’nın inşası ile 1986 yılından itibaren sular altında kalmış olması, fiziksel erişimin kesilmesine rağmen önemini yitirmemiştir. Cafer Höyük’e Malatya-Elazığ karayolundan Cafer Köyü'ne giden köy yolu ile ulaşım sağlamak mümkündür.