Ahlat Selçuklu Mezarlığı içerisinde yer alan müze, 1971 yılında hizmete girdi. Yakın çevrede bulunan tek müze olduğu için bölge müzesi niteliğinde hizmet vermektedir. 1971 yılında hizmete açılan müze günümüz ihtiyaçlarını karşılayamadığından Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından, yeni bir müze binası yapıldı ve 2018 yılında hizmete açıldı. Çağdaş müzecilik anlayışı ile Ahlat’ın geçmişini günümüze yansıtan müze 5,5 dönüm alan üzerinde 2600 metrekarelik bir alanı kapsamaktadır. Müzede kazı, satın alma, müsadere ve bağış yoluyla gelen Tunç ve Demir çağları ile Roma, Helenistik, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait eserler sergilenmektedir. 2018 yılında hizmete açılan yeni müze üç kapalı teşhir alanı bulunmaktadır. Bu teşhir alanları kentsel bellek, fuaye ve arkeolojik alanlarından oluşmaktadır. Kapalı teşhir alanları dışında ayrıca bahçe teşhir alanında da bazı eserler sergilenmektedir. Müzede, 2608 adet arkeolojik eser, 180 bir adet etnografik eser, 1608 adet sikke, beş adet mühür ve mühür baskısı vardır. Farklı dönemlere ait eserlerin sergilendiği arkeolojik salonda, Kalkolitik Çağdan başlamak üzere Erken Tunç Çağı, Orta Tunç Çağı, Genç Tunç/Erken Demir Çağı, Orta Demir Çağı (Urartu), Helenistik, Roma, Doğu Roma, Selçuklu ve son olarak da Osmanlı dönemlerine ait eserler bulunmaktadır. Ahlat ile ilgili eserlerin sergilendiği Kentsel Bellek Salonunda, Ahlat’ta hüküm sürmüş olan devletler, Osmanlı Devleti ve Türkiye Cumhuriyeti ile ilgili kısa bilgilere yer verildiği panolar, Selçuklu Meyan Mezarlığı ve Örenyeri hakkında bilgiler ile birlikte Sultan Alparslan’ın balmumu heykeli ve Malazgirt Savaşı’na ait görsellerin sergilendiği bir alan bulunmaktadır. Bir diğer kapalı alan olan Fuaye alanında ise Akkoyun dönemine ait koç lahitler ve Oğuz Damgaları sergilenmektedir. Açık alan bahçe teşhirinde ise kitabeler, küpler, İslami döneme ait taş eserler, mezar taşları ve mimari parçalar sergilenmektedir.

Ahlat, Prehistorik dönemden itibaren birçok uygarlığa ev sahipliği yapmış, kültür, sanat, bilim ve ticaret merkezi olarak öne çıkan önemli bir ilçedir. Doğu ile Batı arasındaki stratejik konumu, özellikle Orta Çağ’da Ahlat’ı daha da değerli kılmıştır. Bölgede gerçekleştirilen arkeolojik kazılarda ortaya çıkarılan eserler, 1971 yılında Selçuklu Meydan Mezarlığı girişindeki ilk müze binasında sergilenmeye başlamıştır.

2015 yılında, Ahlat-Tatvan Karayolu üzerindeki Devlet Bahçeli Bulvarı’nda yer alan yeni müze binasına taşınılmış ve bu bina 2018’de resmi olarak hizmete açılmıştır. 5,5 dönümlük bir alan üzerinde, Ahlat taşlarıyla inşa edilen 2600 metrekarelik bu yapı, bölgenin tarihi ve mimari dokusuna uygun tasarlanmıştır. Müze binasında arkeolojik eserlerin sergilendiği bir arkeoloji salonu ve etnografik unsurların sunulduğu kent belleği sergi salonu bulunmaktadır.

Arkeoloji salonunda Kalkolitik Çağ’dan Osmanlı dönemine kadar geniş bir zaman dilimine ait eserler, kent belleği sergi alanında ise İslami dönem mimarisi, kitabeler, mezar taşları, dokuma işleri ve doğal yaşamla ilgili görseller yer almaktadır. Adilcevaz Kef Kalesi ve Selçuklu Meydan Mezarlığı kazılarından elde edilen eserlerin yanı sıra Çifte Hamam, Zaviye ve Ulu Camii kazılarından çıkan eserler de müzede sergilenmektedir.

Ahlat Müzesi, 21 mühür, 2787 sikke, 130 etnografik eser ve 3598 arkeolojik eserde oluşan zengin bir koleksiyona sahiptir. Ayrıca yaklaşık 3000 eser müzenin üç deposunda incelenmek üzere muhafaza edilmektedir. Modern müzecilik anlayışıyla faaliyet gösteren müze, bölgenin tarihini aydınlatan önemli bir merkezdir.