1484-1488 yılları arasında Osmanlı Devleti’nin ikinci başkenti olan Edirne’de bir sağlık kurumu tesis olunmak üzere Fatih Sultan Mehmed’in oğlu II. Bayezid tarafından inşa edilmiştir. Külliye bünyesindeki sosyal, kültürel, dini nitelikteki diğer yapılarla bio-psiko-sosyal bir varlık olan insana her açıdan sağlık hizmeti sunacak bir bütünlük arz etmektedir. Tıp medresesi, darüşşifa, cami, imaret, hamam, mutfak, erzak depoları ile bütünlenmektedir. Çok etkileyici bir görünüme sahip olan külliye dört yılda tamamlanmaktadır. Mimar Hayreddin’in eseri olan bu kompleks Osmanlı Devleti’nin teknik ve mali gücünün bir göstergesidir. Evliya Çelebi “Orada bir darüşşifa vardır ki dil ile tarif edilemez, kalemler ile yazılamaz.” İfadesi ile medh eder külliyeyi. 1984’de Trakya Üniversitesi’ne devredilen eseri Rektör Prof. Dr. Erhan Tabakoğlu bir mülakatında şöyle tanıtmıştır: “Koku, müzik tedavilerinin verildiğini ve yiyeceklerle özel tedavi metodlarının geliştirildiğini, şifalı bitkilerin tedavide kullanıldığını görürüz. Zamanının çok ilerisinde, o dönemin en güzel, en ileri tıbbının kullanıldığı merkez olarak karşımıza çıkıyor. O dönem ki Avrupa’nın Ortaçağ’ı yaşadığı, ‘içine şeytan girdi’ diye insanların yakıldığı bir dönem. Burası ise bilimsel olarak tıbbın en iyi şekilde uygulandığı bir alan. Osmanlının son dönemlerinde bu bölge zarar görüyor. Balkan Savaşları'ndan sonra faaliyetini kaybediyor. 1978’de bir yıkıntı halindeyken Trakya Üniversitesi bu yapıyı bünyesine alıyor. 1986’da hızlı bir restorasyon süreciyle restore ediliyor. Bu yapının tıp tarihi açısından önemi bilindiğinden buraya bir tıp müzesinin kurulması uygun bulunuyor. Bu müze zamanla kendini geliştiriyor ve yeniliyor ve müzeye birbiri ardına ödüller geliyor. Sultan II. Bayezid Külliyesi, en iyi sunum ödülünü, Avrupa en iyi müze ödülünü alıyor, tabi bu süreç gittikçe ilerliyor ve en sonunda da UNESCO Dünya Mirası Listesi'ne giriyor. UNESCO’dan sonra müzenin uluslararası ziyaretçilerinde artış oldu. Bizim yıllık 350 ile başladığımız bu yolculuk, şimdi günde yedi bin insanın ziyaret ettiği bir noktaya geldi. Japonya, Güney Amerika, Gürcistan gibi hiç ummadığımız yerlerden ziyaretçi alıyoruz.” Külliye, Prof. Dr. Osman İnci’nin girişimleri ile müze haline getirildi. Şifahane kısmı ise, Türkan Kafadar’ın sanat tasarım yönetmenliği ile, yapıldığı dönemdeki hayatı ve insanları canlandıran mankenlerle, kostüm ve aksesuarlarla donatılmak suretiyle Psikiyatri Tarihi Bölümü olarak hizmete sunmaktadır.

Günümüzde bir müzeye dönüştürülmüş olan Külliyenin önemli bir bölümünü Tıp Medresesi meydana getirmektedir. Tıp Medresesi eğitim görülen medrese bölümü ile tedavi için kullanılan şifahane bölümlerinden meydana gelmektedir. Medresede bir orta avluya açılan bir derslik ve 18 öğrenci odası bulunmaktadır. İki avludan geçilerek şifahaneye ulaşılmaktadır. Geniş avluda poliklinik hizmetleri ve yöneticiler için kullanılan 12 oda mevcuttur. İkinci avluda eczane ve ilaç deposu olarak kullanılan dört oda bulunmaktadır. Kısa bir süre ordudan atılan askerlerin yattığı cezaevi olarak da kullanılan Tıp Medresesi Mimar Sinan Güzel Sanatlar Akademisinden yardım alınarak dönem özelliklerini canlandıracak şekilde restore edilmiştir.

1916 yılına kadar ücretsiz tedavi veren şifahanenin ana bölümü hasta odalarının bulunduğu bölümdür ve altı oda ile bir musiki sahnesinden ibarettir. Musikiye tahsis edilen mekânda haftanın üç günü 10 kişilik bir ekip ile konserler veriliyordu. Seyahatname’de Evliya Çelebi de “Hastalara deva, dertlilere şifa, divanelerin ruhuna gıda ve def’i sevda olmak üzere” 10 adet hanende ve sazende gulam (genç) ayrıldığını, bunların üçü hanende, biri neyzen, biri kanuni, biri musikari, biri cengi santuri, biri udi olup haftada üç gün hastalara ve delilere büyük kubbenin altında musiki faslı verdiklerini nakletmiştir. Hastalara neva, rast, dügâh, çargâh ve suznak makamlarını çaldıklarından bahs etmiştir. Mevsim çiçeklerinin (gül, karanfil, sümbül, lale, yasemin reyhan ve misk-i rum) koku ve renkleriyle de tedaviye katkı sağlandığını belirtmektedir Evliya Çelebi. Musiki ile birlikte şadırvandan yayılan su sesi ve rayihalar da şifa vesilesi olarak kullanmaktadır. Tedavinin ücretsiz sunulduğu hastanede insana verilen değeri şu uygulama çok güzel göstermiştir. Zincire vurulması gereken akıl hastalarının demirlerin paslanmasından dolayı sağlık sorunları yaşayabilecekleri düşünülerek demir aksam gümüş ve altınla kaplanmıştır.

Külliye bünyesinde sayabileceğimiz cami yapıların en orijinalidir. Kubbeli ana mekânın çevresinde tabhane yani misafir ve dinlenme odaları bulunmaktadır. Caminin mermer mihrabı ve minberi gayet sadedir. Yine mermerden yapılan hünkâr mahfili ise Edirne’de ilk örnektir. İç mekânı süsleyen Barok tezyinat caminin genelindeki sanat anlayışına uymaz. Ön kısımdaki avlunun ortasında ise bir şadırvan bulunmaktadır. Sağlık Müzesi olarak ziyaretçilerin zevkle gezdiği bu eser 2004 yılında Avrupa’da yılın müzesi olarak da ödüllendirilmiş ve yabancıların da ilgi ve dikkatle gezdiği bir mekân haline gelmiştir.