Topkapı Sarayı’nda dokuz büyük mutfaktan başka, helva, reçel ve turşuların hazırlandığı helvahane ve padişah için özel ufak kuşhane mutfağı vardı. Ayrıca gıda malzemelerinin saklandığı kiler, ekmek ve simit fırınları, yoğurthane, sirkehane, buzhane gibi bölümler de vardı. Haremde padişahın annesi ve eşlerinin, kendi dairelerinde özel mutfakları vardı, saray mutfağından gelen yemeklerin dışında istedikleri yemekleri burada hazırlarlardı.

Erken dönemde Osmanlı padişahları, vezirleri ve alimleriyle beraber sofraya otururken, Fatih Sultan Mehmed, Kanunname-i Osmanî’sinde bundan sonra padişahların aile üyeleri dışında kimse ile aynı sofrada yemek yemelerini yasakladı. Sultan Abdülaziz’in dönemine kadar bu kurala uyulmuştur.

Sabah erken kalkan saray halkı; bal, kaymak, yumurta, kavurma, peynir gibi şeylerden oluşan hafif bir kahvaltı yaparlar, öğle namazından önce kuşluk yemeği, güneş batmadan önce akşam yemeği ve yatmadan önce meyve ve çerezden oluşan yatsılık yerlerdi. XVI. yüzyılda 20-30, XVIII. yüzyılda ise 50-60 farklı yemek arka arkaya sofraya getirilirdi.

Padişah keyfi nerede isterse orada yemek yerdi. Kendi dairesi olan Has Oda’dan başka saraydaki odalarından veya bahçesindeki köşklerinden herhangi birinde yemek yerdi. Sefer veya gezinti sırasında çadırında yemek yerdi. Sarayda özel bir yemek odasının bulunması, ancak batılılaşma etkisiyle XIX. yüzyılın ortasında başlamıştır. Topkapı Sarayı’nda Yemiş Odası denen oda bazen yemek odası olarak yorumlanmışsa da, kaynaklar bu savı desteklemez. Sarayda sofrada konuşmak ayıp sayılırdı ve padişah yemek yerken çoğu zaman müzik çalınır ve şarkı söylenirdi.

XVI. yüzyılından itibaren sinide yemek yenirdi. Sofra kurmak için önce yere renkli deri örtü ve üzerine işlemeli kumaş örtü serilir, üzerine açılıp kapanan ahşap sehpa ve onun üzerine sini konulurdu. Siniye kaşıklar, çeşitli ekmekler, “ekşi takım” denen ufak tabaklar içinde salatalar, zeytin, turşu, peynir, havyar gibi şeyler, ortasına da nihale yerleştirilirdi. Sıcak yemekler teker teker bu nihaleye konulur, herkes bir kaç lokma eliyle aldıktan sonra kaldırılırdı. Sadece çorba, pilav ve hoşaf için kaşık kullanılırdı. Yemek sırasında su veya şerbet içilmezdi ancak sıcak yemekler bittikten sonra üzüm, şeftali, kayısı, kızılcık gibi meyvelerden hazırlanan hoşaf suyu veya şerbet içilir ve baklava, sütlaç, muhallebi gibi tatlılar yenirdi. XVIII. yüzyıldan itibaren tuzlu ve tatlı yemekleri ziyafetlerde ayırmak yerine, bir iki tuzlu arasında bir tatlı şeklinde sofraya getirilirdi. XVIII. yüzyılda yemeğin sonunda sunulan pilavın yanında hoşafın verilmesi geleneği başlamıştır. 1837 yılında Sultan II. Mahmud ile beraber Balkanlarda yolculuk yapan Helmuth von Moltke, yolda verilen kuşluk yemeklerinde; kızartılmış kuzu, bir tatlı, sebze yemeği, yine bir tatlı şeklinde on türlü yemeğin sırayla sofraya getirildiğini anlatır. II. Mahmud, yer sofrası yerine Avrupa tarzında masa ve iskemlede yemek yiyen ilk padişahtır.

Kahve içme alışkanlığı İstanbul’da XVI. yüzyılın ortası gibi yaygınlaştığı halde, sarayda tüketimi ancak XVII. yüzyıldan itibaren başladığı görülür.

Anadolu geleneği olan helva sohbeti, sarayda da yapılırdı. Gece yapılan bu eğlenceli toplantılarda çeşitli oyunlar oynanır, şairler şiir söyler ve bu arada helvacılar, başta keten helvası olmak üzere helva hazırlarlardı.

Et olarak en çok koyun, kuzu ve tavuk; bazen oğlak, güvercin ve av etleri tüketilirdi. Paça, kelle, işkembe ve mumbar da sevilirdi. Süt ürünlerinden yoğurt, sadeyağ, kaymak ve peynir çok tüketilirdi. Sebzelerden yemek, salata ve turşu hazırlanırdı. Kuru meyveler bazı yemeklere ve aşure, ekşi aş gibi tatlılara katılırdı. Taze meyve; yemek sonrası, yemek arası veya yatsılık olarak yenirdi. Kabuklu kuru yemişler arasında en çok badem tüketilirdi. İçme suyu, Akbaba, Gümüşlük, Karakulak ve Büyük Çamlıca gibi meşhur pınarlardan taşınırdı.

XVI. yüzyılın ortasından itibaren Amerika kökenli bal kabağı, hindi, beyaz fasulye gibi yeni gıdalar tüketilmeye başlandı, domates ve biber ancak XVII. yüzyılda mutfakta kabul gördü. XVII. yüzyılda da Afrika kökenli bamya ve dolmalık bibere benzeyen kavata (Solanum aethiopicum) sarayda beğeni kazandı.

Balık, padişahlar ve yüksek tabakalı saray halkı tarafından sevilirdi. Padişahlar, Boğaziçi’nde gezerken taze tutulan balığı veya saray balıkçılarının Balıkhane Kapısı önünde ağla tuttukları balığı yerlerdi. 1783 tarihli bir saray belgesine göre padişah için her gün tutulan balıklar saray mutfağına teslim edilirdi. Balık yemeklerine ve özellikle kılıç balığına düşkün olan II. Mahmud için ayrı bir balık mutfağı kurulmuştur.

Saraya, imparatorluğun her bölgesinden ve dış ülkelerinden yiyeceklerin en iyisi getirilirdi. Bursa’dan tarhana, Amasya’dan kebere (kapari) turşusu, Keşan’dan nohut, Gemlik’ten nar, Tekirdağ ve İznik’ten nilüfer çiçekleri (şerbet ve hoşaf için), İzmir’den kuru üzüm, incir ve badem, Sakız Adası’ndan sakız, Atina’dan bal, Mısır’dan şeker ve pirinç, Şam’dan fıstık ve kuru üzüm, Arabistan’dan hurma, Moldavya ve Kırım’dan sadeyağ, Hindistan ve Uzakdoğu’dan tarçın, zencefil gibi baharatlar, Tibet’ten misk sayılabilir.

Padişaha hediye olarak yöresel yiyecekler de yollanırdı, örneğin Amasya’nın ayva perverdesi (murabbası), Beypazarı’nın armutları (Ankara armudu), Kayseri pastırması ve sucuğu, Çorlu’nun peyniri, Malatya’dan üzerine beyitler yazılmış elmaları (kağıttan kesilmiş yazılar elmalar ham iken üzerine mumla yapıştırılır, elmalar olgunlaşınca, kağıt çıkarılır ve yazı beyaz olarak kabuğunda okunurdu), Kocaeli’nin misket elmaları, Büyükçekmece’den morina balığı (mersin balığı), Anatolkoz’dan (Batı Yunanistan açıklarında bir ada) kurutulmuş kefal yumurtası, Milan’dan parmezan peyniri sayılabilir.

Sarayın pastırması özel olarak hamile inek etinden ve Istranca Dağları’nda avlanan alageyik ve karaca etlerinden hazırlanırdı. Topkapı Sarayı’nın bahçeleri ile padişaha ait diğer has bahçelerinde çiçek ve ağaçtan başka padişah sofrası için meyve ve sebze yetiştirilirdi. Fatih Sultan Mehmet 1465 yılında Topkapı Sarayı’nı kurarken bahçesine binlerce meyve ağacı diktirmişti. Topkapı Sarayı’nın eski dış bahçesi olan Gülhane Parkı adını orada yetiştirilen güllerden gülsuyu ve gül reçeli yapılan gülhane binasından almaktadır.

Saray aşçıları yemek kitabı yazmadı, fakat bazı meşhur yemek ve tatlılar saray dışında da yapıldığı için yemek kitaplarında tarifleri vardır. Başka kaynaklarda da saray yemekleriyle ilgili bilgilere rastlanmaktadır. Padişahın yemekleriyle ilgili ilk detaylı bilgilere, Fatih Sultan Mehmed’in mutfak muhasebe defterlerinde rastlanmaktadır. Defterlerde sayılan yemekler arasında, kebablar, kelle paça, şalgamlı terbiyeli kuzu, peynirli tarhana çorbası, peynirli ve ıspanaklı pide, tavuklu börek, mantı, yoğurtlu pazılı borani, havuçlu kalye, patlıcan kavurması, kestaneli bulgur pilavı, çılbır (bu dönemde soğanlı yumurta için kullanılan tabir), nohutlu bir et yemeği olan kabuni, çorbalar ve turşular (enginar, üzüm, hıyar, kiraz) sayılabilir. Adı geçen tatlılar arasında baklava, pelte, tavukgöğüslü muhallebi, zerde, sütlü kadayıf, memuniye ve zülbiye bulunur.

Gittikçe zenginleşen saray mutfağında birçok yeni yemek ve tatlı çeşidi ortaya çıktı. XVI. yüzyılda döner kebap, yaprak kebabı (asma yaprağına sarılan et), koruklu kabak dolması, taze bakla kalyesi, kuşkonmaz aşı, mantar kavurması, kabaklı pide, kestaneli tavuk çorbası, ekşili badem çorbası; XVII. yüzyılda bademli kuşüzümlü pilav, dutlu pilav, biberli pilav, kuru kayısılı kıymalı börek, peynirli kaymaklı börek, çömlek aşı, karpuz dolması, lahana dolması ve lisan-ı sevr dolması; XVIII. yüzyılda kırma tavuk kebabı, tarçınlı kimyonlu kuşbaşı kebabı, kereviz dolması, kayısı dolması, nardenkli tutmaç, ve XVIII. yüzyıl sonunda saray helvacılarının icat ettikleri (sonra şehir şekercileri tarafından da yapılan) lokum; XIX. yüzyılda ise bamyalı bir yemek olan saray kapı dövmesi, hünkâr beğendi ve sütlü Frenk arpası aşuresi örnek olarak verilebilir. Çağla bademi, kavun, hünnap, patlıcan, dut, elma, gül, ayva çiçeği, menekşe gibi çok çeşitli meyve ve çiçeklerden şerbet ve reçel yapılırdı.