Kütahya’nın Karagöz Camii civarında bulunmaktadır. Kanuni Sultan Süleyman’ın vezir-i azamı Rüstem Paşa tarafından H. 957/M. 1550 yılında yaptırılan medrese, 1930’lı yıllarda yıkılmıştır. Rüstem Paşa Medresesi’nin kitâbesi Kütahya Arkeoloji Müzesi’nde bulunmaktadır. Arapça ve Farsça olarak yazılan kitabe şu şekildedir:

Der Devlet-i Osmânî der ‘ahd-i Süleymân Hân

An’ahde-i bünyâdî în medrese-i a’lâ

Benâ çûn berûn âmed hatm şud binâ bi’l-hayr

Ey Âsef-i Rüstem nâm-ı Hudâ makbûl bâdâ

Beneytü li’l-lâhi beytun fî Allâhi ve rızâ Allahi

Kad Kultu lehâ el-târih fi’l-Medreseti’l-ulyâ

Yapım tarihine göre medresenin Rüstem Paşa’nın veziriazamlığı zamanında yapıldığı anlaşılmaktadır. Rüstem Paşa’nın medrese yanına bir çini imalathanesi yaptırdığı da bilinmektedir. İstanbul’daki Rüstem Paşa Camisi’nde de Kütahya çinileri kullanıldı. Medrese, taç kapısının bir bölümü hariç, yıkılmıştır. Orijinal hali bilinemediği için aslına uyarlanarak yeniden yapılmıştır. Günümüzde geleneksel sanatların üretildiği ve sergilendiği bir çarşı haline getirilmiştir. 1950’li yıllarda ressam Kütahyalı Ahmet Yakupoğlu tarafından yapılan yağlıboya bir tablo, medresenin şekli hakkında bilgi vermektedir. Buna göre kuzeyinde tek bir kapısı, batısında iki penceresi geniş ve yuvarlak hatlı kemerlerle yüzeyde nişler içine alınmıştır. Kapı ve pencereler bu nişler içinde düz atkılı bir görünüm içindedir.