Niğde’de müzecilik, 1939 yılında İkinci Dünya Savaşı’nın patlak verdiği yıllarda daha korunaklı bir bölge olan Niğde’ye İstanbul Arkeoloji Müzeleri’nin önemli eserlerinin bir depo görevi gören Karamanoğulları Beyliği döneminden kalan Akmederese’ye getirilmesiyle başladı. Savaşın bitmesiyle eserler geri götürüldü, ancak 1957 yılında da Akmederese’de yapılan düzenlemelerle Niğde’de ilk müze açıldı.

1977 yılında Niğde Merkez Aşağı Kayabaşı Mahallesi Dışarı Camii Sokak’ta yapılan yeni binasına taşınan bu günkü müze, 20. 11. 1982 yılında da ziyarete açıldı. Bu durum 16. 02. 1999 tarihine kadar sürdü, ancak artan ihtiyaca cevap verebilmek için onarım ve teşhir-tanzim çalışmalarının tamamlanmasından sonra, 20. 11. 2001 tarihinde, yeniden hizmete sunuldu. 2003 yılında Avrupa’da Yılın Müzesi'ne aday gösterildi, Almanya ve Fransa’dan gelen komite üyeleri tarafından elemeyi geçti. Aynı yılda ABD Dünya Kültür Mirasını Koruma Fonu, Niğde Müzesi’ni pilot müze olarak seçmesinin üzerine proje dâhilinde tüm eserler dijital ortama aktarılarak yeniden yapılandırıldı.

Müzede, Köşk Höyük, Göltepe-Kestel Madenci Köyü ve Maden Ocağı, Kaletepe Obsidien Atölyesi, 2000 yılında başlayan Çiftlik Tepecik Höyük, Porsuk Höyük, Antik Tyana, Kınık Höyük kazılarından çıkan arkeolojik buluntuların yanı sıra Cumhuriyet dönemi dâhil olmak üzere elde edilen bütün eserler sergilenmektedir. Başka bir deyişle Niğde Müzesi, MÖ 600’den başlayarak günümüze kadar tüm dönemlerin ve kültürlerin izlerini barındırmaktadır. Sergi alanı altı salondan oluşmaktadır;

Birinci Salon: Paleolitik ve Neolitik çağa tarihlenen Kaletepe Obsidyen Atölyesi kazılarında ve Neolitik Çağa tarihlenen Pınarbaşı Höyük, Köşk Höyük ve Tepecik Höyükte kazılarında bulunan opsidyen aletler ile Neolitik ve Kalkolitik Çağ’ın önemli merkezi durumundaki Köşk Höyük kazılarından ele geçirilen ünik eserler, mezar buluntuları, tanrı ve tanrıça heykelcikleri, antropomorfik vazolar sergilenmektedir. Ayrıca MÖ 4883 yılına tarihlenen Köşk Höyük Kalkolitik Ev inin birebir kurgusu teşhir edilmektedir.

İkinci Salon: Birinci büyük vitrinde, Eski Tunç Çağına (MÖ ikinci binyıl) tarihlenen Çamardı ilçesine bağlı Celaller Köyü, Göltepe Höyüğü kazılarında ele geçen madenci köyü buluntuları ile Acemhöyük kazıları ile Ulukışla, Darboğaz Kasabası’ndan getirilen eserler de bu vitrindedir. İkinci büyük vitrinde ise; Asur Ticaret Kolonileri Çağı’nın (ikinci bin yıl) önemli merkezi olan Acemhöyük (Puruşhanda) kazısında açığa çıkarılan saray buluntuları sergilenmektedir.

Üçüncü Salon: Geç Hitit- Frig Salonu (MÖ birinci binyıl) Hitit İmparatorluğunun yıkılmasından sonra, Anadolu’da ortaya çıkan Geç Hitit şehir devletlerinden Nahita ve Tuvanuva krallıklarına ait fırtına ve bereket tanrısı stelleri, Hitit Hiyeroglifiyle yazılmış kitabeler, Kaynarca Tümülüsü buluntuları, Frig dönemi seramikleri, Göllüdağ Geç Hitit yerleşmesinin hava fotoğrafları ve Göllüdağ Aslanı sergilenmektedir.

Dördüncü Salon: Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait buluntuları yer almaktadır. Salonun bir bölümünde; Tepebağları, Porsuk Höyük ve Acemhöyük kazılarında ele geçirilen buluntular, pişmiş toprak ve cam eserler, mühür baskıları, Roma dönemi Heykelcikleri ve Bizans dönemi eserleri yer almaktadır. Salonun diğer bölümünde ise, Tyana’da açığa çıkarılan ve MS II-III. yüzyıllara Roma İmparatorluk dönemine tarihlenen heykeltıraşlık eserleri ile mezar stelleri sergilenmektedir.

Beşinci Salon: Bu salonda sikke ve mumyalar teşhir edilmektedir. Sikke bölümünde; altı büyük duvar vitrini içerisine, kronolojik sırayla Grek, Helenistik, Roma, Bizans ve İslami-Osmanlı dönemleri sikkeleri ile Selçuklulardan kalma gümüş define ile Kapadokya Krallığı'na ait Tepebağları definesi yer alıyor. Mumya Bölümünde; Aksaray Ihlara Vadisi’nde bulunan Rahibe Mumyası (X. yüzyıl) ile Çanlı Kilise’den çıkarılan dört adet çocuk mumyası (X. yüzyıl) sergilenmektedir.

V. Salon: Etnoğrafik Eserler Salonu da; silahlar, yazı takımları, aydınlatma araçları, halılar, kilimler, âlemler, takılar ile Kaçar Türklerine ait bir sini teşhir edilmektedir.