Amasya-Merzifon’da, Gazimahbup Mahallesi’nde yer almaktadır. IV. Mehmet zamanında dönemin Sadrazamı Merzifonlu Kara Mustafa Paşa’nın Amasya’da yaptırdığı külliyesi, cami, kütüphane, sıbyan mektebi, dükkânlar, taşhan, bedesten ve iki hamamdan oluşmaktadır.

Külliyenin ana yapısı olan cami, giriş kapısı üzerinde yer alan iki satırlık celi sülüs hatla yazılan kitabesine göre inşasına 1666 ve 1967 yıllarında başlanmış ve 1679 yılında tamamlanmıştır. Yapının banisi dönemin önemli sadrazamlarından olması biri ve Merzifon’daki en büyük cami olması nedeniyle, Paşa Camii ve Cami-i Kebir olarak da anılmaktadır. Külliyenin diğer yapılarında ve camide inşa malzemesi sarımtırak renkli kesme taş malzeme ve kaba yonu taş malzeme kullanılmıştır. Son cemaat mahallinde tuğla malzeme kullanıldığı görülmektedir. Külliyenin merkezinde yer alan caminin planı tek kubbeli, dikdörtgen bir mekân ve revaklı avludan oluşmaktadır. Caminin ortasında yer alan kubbe sekizgen bir kasnak üzerinde yükseliyor, kasnağın etrafına sekizgen ağırlık kuleleri yapılmaktadır. Giriş kapısı önünde yer alan üç birimli bir son cemaat yeri bulunmaktadır. Avlu caminin kuzeyinde yer almaktadır. Avluya doğu, batı ve kuzey yönden basık kemerli olarak tasarlanan üç ayrı kapıdan girilebilmektedir. Caminin hiç kuşkusuz en dikkat çekici yapısı avlu ortasında yer alan şadırvanıdır. Şadırvan, mermer malzemeden yapılan 10 altıgen gövdeye sahip ve üzeri bağdadi teknikte kubbe ile örtülüdür. Şadırvanın kubbesinin içerisindeki resimler Türk resim sanatı açısından çok büyük önem taşımaktadır. Sanatçının Zileli Üstad Emin Usta olduğu bilinmektedir. Resimlerde ustanın bir imzası ve 1875 tarihi yazmaktadır. Cami içerisindeki batı tesirli süslemelerin de bu üstad tarafından yapıldığı bilinmektedir. Şadırvan kubbe eteğinde, XIX. yüzyıl resim programına uygun olan konular işlenmektedir, demiryolu ve tren tasvirleri görülmektedir. Kubbe eteğinde yer alan yazı kartuşlarıyla paralel ve sahilde Sarayburnu’ndan kıvrılarak Sirkeci’ye doğru uzanan İstanbul-Edirne tren hattında, buharı tüten bir lokomotif ve vagonları resmedilmiştir. Ayrıca buharlı gemi tasviri, Tarihi Yarımada ile Galata arasındaki limanlarda resmedilerek betimlenen konular arasındadır.

Cami, eğimli bir topografya üzerine inşa edildiği için çevresine bir istinat duvarı yapılmıştır. Yapının mihrabı orijinal olup, minber, vaaz kürsüsü ve kuzeydeki mükebbire kürsüsü yekpare kesme taştan yapılmıştır. Eser günümüzde asli halini büyük ölçüde korumuştur. Ancak caminin son cemaat yeri geçirdiği onarımlarla asli halini yitirmiştir. Günümüzde son cemaat yerini ihtiva eden bölümde büyük kemerli bir açıklık ve yanlarında ikiz pencereler yer almaktadır.

Yapı çeşitli dönemlerde onarımlar geçirdi. İlk onarım 1840 yılında yapılmıştır. Sonrasında sırayla 1851, 1875, 1952, 1975, 1990 ve 1997’de onarımlar yapılmıştır. Caminin 1997 yılında yapılan bir onarımı esnasında mihrabı alçı ile kaplanmıştır. Taş minberin yerine ahşap bir minber konulmuş, ayrıca mükebbire kürsüsü de sökülerek burada yer alan pencereler büyütülmüştür. Cami genel olarak incelendiğinde pencerelerin orijinal olmadığı anlaşılmaktadır. Pencere söveleri de yine alçı ile sıvanmıştır. Buradan yola çıkarak caminin genellikle iç süslemeleri, mihrabı, minberi, mükebbire, pencere açıklıkları, harimin kuzey duvarı, son cemaat yeri, minare ve şadırvanında uygulanmıştır. Yapının kuzey batı köşesinde, son cemaat mahalli ile birleşen tek şerefeli bir minaresi bulunmaktadır. Minaresi tamamen kesme taş malzemeden inşa edilen silindirik bir gövdeye sahiptir. Yapı günümüzde ibadete açıktır.