Ege Bölgesi’nde baş mimarlığını Mimar Sinan’ın yaptığı tek eser olan Muradiye Camii Külliyesi içinde yer alıyor. Kareye yakın dikdörtgen planlı bir iç avlunun etrafını çeviren kubbeli revak ve odalardan oluşan külliyenin medrese bölümü Manisa ve yakın civarında bulunan eserlerin depolandığı bir yer olarak kullanılmaya başlandı. Zaman içerisinde eser sayısının çoğalmasıyla medrese restore edildi ve 29. 10. 1937 tarihinde müze olarak açıldı. Sergilenen ve depolanan eser sayısının artması sonucu medrese yetersiz kalınca, külliyenin imarethane bölümü de restore edilerek 1972 yılında müzeye dâhil edildi. Üç bölümden oluşan müzenin imarethane bölümünde arkeolojik, medrese bölümünde ise etnografik eserler sergileniyor, heykel, lahit ve sütun başlıkları, yazıt ve stel gibi büyük parçalar da dış avluda yer alıyor. Müzede 2019 yılı itibariyle yaklaşık 21 bini sikke olmak üzere 25.926 parça eser sergileniyor.

Arkeoloji bölümünde MÖ 25 bin yıl önce bölgede yaşayan homo sapiens türü insana ait fosil ayak izlerinden başlayarak Lidya bölgesinin höyük ve antik kentlerinde yürütülen kazı çalışmalarından ele geçirilen lahitler, mezar taşları, mozaikler, toprak kaplar, heykeller, büstler, cam ve fildişi objeler sergileniyor. Bizans odasında, Bizans döneminin Meryem ve İsa ile Cebrail ve Mikail’in mermer rölyefleri, gümüş İncil muhafazası ve çeşitli Hristiyanlık sembolleri ile değişik tür kandiller bulunuyor. Heykel odasındaki en dikkat çekici eserlerden biri, 1987 yılında Sarıgöl ilçesine bağlı Bağlıca Köyü’nde kaçak kazıda bulunarak Amerika Birleşik Devletleri’ne kaçırılan, 1995’te Türkiye’ye iade edildikten sonra sergilendiği Manisa Müzesi’nden çalınan ancak kısa süre sonra bulunup müzede yeniden sergilenmeye başlayan Marsyas Heykeli’dir. Yaklaşık 120 santimetre boyundaki heykelde, Apollon ile giriştiği müzik yarışmasını kaybettiği için ceza olarak ağaca bağlanmış ve canlı canlı derisi yüzülmüş Marsyas’ın hikâyesi anlatılıyor. Arkeoloji bölümündeki en önemli koleksiyon, külliyenin en büyük odasının tahsis edildiği Sart Salonu’nda sergilenen Lidya Krallığı’nın başkenti Sardes örenyerinde 1958 yılından beri sürdürülen kazılarda ele geçirilen mozaikler ve altın takılar, gümüş eşyalar ve oyun takımları gibi buluntulardır. Koleksiyonda Sardes tanrı heykelleri, içki ve mutfak kapları, çeşitli takı kalıpları ile kent yöneticilerinin evlerine ait taban mozaikleri yer alıyor. Sardes ile Persler arasında MÖ VI. yüzyılın ortalarında gerçekleşmiş savaşta kullanılmış bronz miğfer ve çeşitli silahlar da koleksiyonun önemli parçalarındandır. Sardes’in geç dönemlerine ait sinagogda kullanılmış krater ve çiftli aslan reprodüksiyonları da burada sergileniyor. Hazine Odası Salonu’nda ise antik çağlardan Osmanlı dönemine uzanan altın, gümüş ve bronz sikkelerin yanı sıra Prehistorik, Arkaik, Klasik, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerinin kültürlerine ait altın diadem, yüzük, küpe, bilezik, gümüş kâse ve kepçeler, bronz figürinler, fildişi saç tokaları sergileniyor.

Etnografya bölümünde, başta Saruhanlılar olmak üzere Beylikler döneminden Osmanlı ve Cumhuriyet dönemlerinde, yöre halkının gelenek, görenek ve yaşam tarzını yansıtan askerî, dinî ve sivil hayatta kullanılan eşyaların yanı sıra İstanbul Topkapı Sarayı Müzesi’nden getirilmiş Osmanlı devri Türk saray eşyaları sergileniyor. Koleksiyonda giysiler, silahlar, saray ve tekke eşyaları, çini örnekleri, XVII. ve XVIII. yüzyıla ait yazma eserler ve yazı takımları, Kur’an ve cüz muhafazaları bulunuyor. Bu bölümün en göz alıcı parçası oyma ve fildişi kakmalarla süslü, kündekari tekniği ile yapılmış Ulu Camii minber kapısıdır. Manisa Müzesi koleksiyonları Tunç Çağından başlayarak Bizans devrinin sonuna kadar devam eden dönemin arkeolojik ve etnografik kültürünün kesintisiz bir sergisini sunuyor.