Burdur Gölü’nün kuş uçuşu üç-dört kilometre güneyinde, Burdur’dan Hacılar’a giden karayolunun 15. kilometresinden doğuya doğru iki kilometre kadar içeride ve Kuruçay Köyü’nün bir buçuk kilometre batısındadır. Burdur Gülü’ne basamaklar halinde inen tepelerden biri üzerine kurulmuş Höyük, denizden 960 metre, Burdur Gölü’nden 110 metre yüksekliktedir ve üç yanı derin dere yataklarıyla çevrilidir.

Kuruçay Höyük’teki kazı çalışmaları 1978-1988 yılları arasında, Prof. Dr. Refik Duru başkanlığındaki bir ekip tarafından gerçekleştirilmiştir. Höyük, yaklaşık 90 x 60 metre boyutlarında ve ana topraktan sekiz metre yüksekliğinde bir yerleşim dolgusuna sahiptir. On bir yıllık kazı sürecinde höyüğün büyük kısmı kazılmış ve yerleşme süreci hemen tümüyle açığa çıkarılmıştır.

Kuruçay Höyük’te Erken Neolitik (13-12), Geç Neolitik (11), Erken Kalkolitik (10-7), Geç Kalkolitik (6-3) ve İlk Tunç Çağ II-I (2-1) olmak üzere 13 yerleşme / yapı katı (dönemi) saptanmıştır. Höyük yerleşimi kesintisiz değildir ve bazı yapı katları arasında uzun boşluklar (hiatus) tespit edilmiştir.

Kuruçay’ın en erken yerleşmesi 13. yapı katına (MÖ yedinci bin yılın ilk yarısı) ait bir metre kalınlığındaki birikim içinde çanak çömlek, taş ve kemik iğne, delgi gibi buluntular ele geçmekle birlikte mimari kalıntıya rastlanmadı.

Höyükte 13. kattan sonraki bir boşluğun ardından 12. yapı katında yerleşim yeniden başlamış ve Erken Kalkolitik’in sonundaki yedinci yapı katına kadar kesintisiz devam etmiştir. On ikinci yapı katında (MÖ yedinci bin yılın ikinci yarısı) taş temelli bir kaç evden oluşan tanımlı bir mimari söz konusudur, ancak küçük bir alanda ortaya çıkarılmıştır.

11. yapı katı ise Neolitiğin sonlarını temsil eder ve bu katta Kale niteliğinde bir yerleşim birimi oluşmuştur. Yerleşmenin etrafını çeviren 26 metre uzunluğunda ve 1,10 metre kalınlığındaki bir savunma duvarının dış kenarına yarım daire planlı kuleler eklenerek bağımsız bir sur sistemi inşa edilmiştir. Bu sur sistemi / kale içindeki yapılar çok iyi korunmamıştır, ancak bu sistemin dış çizgisinin dörtgen olduğu ve kale içindeki yapıların bu savunma sistemi ile birlikte önceden planlandığı öngörülmektedir.

12. ve 11. yapı katlarında çömlekçilikte önemli gelişmeler olmuş ve boya bezemeli kapların sayısı ve çeşitliliği zenginleşmektedir. Bu tabakalardaki diğer buluntular arasında pişmiş toprak şişman kadın ‘Ana Tanrıça’ figürinleri, hayvan figürinleri ve ritonlar, kemik ve taş aletler, çok az sayıda çakmaktaşı ve obsidyen yontmataş alet endüstrisi sayılabilir. Neolitik tabakalarda tarıma alınmış bitki ve evcilleştirilmiş hayvan kalıntılarına dair herhangi bir kanıtın olmayışı dikkate değerdir.

Neolitik Çağı, Erken Kalkolitik 10-7 yerleşim katları izlemektedir. 10-8 yapı katları yerleşme düzeni ve ev mimarisi anlamında büyük bir değişim göstermese de, yedinci katta farklı bir mimari tarz ile karşılaşılmaktadır. Taş temelli ve payandalı 20 ila 35 metrekare arasında değişen yeni kerpiç evlerde hücre benzeri alt katların / zeminin üzerinde başka bir kat daha yer almaktadır. Yedinci yapı katı ile Hacılar I yerleşmesi mimari anlamda benzerlik gösterdiği için aynı halk tarafından kurulduğu tahmin edilmektedir. Kuruçay’ın kaderi de Hacılar gibi olmuş ve büyük bir yangın sonucu yıkılıp ortadan kalkmıştır. Zengin çömlekçilik geleneği, taş aletler, yontmataş alet endüstrisi, kil ana tanrıça heykelcikleri yedinci kata kadar devam etmiş ve bu katta buluntu topluluğuna maltızlar (ayaklı taşınır ocak) eklenmiştir.

Kuruçay Höyük yedinci kattaki yıkımdan sonra MÖ yaklaşık 3800’lerde tekrar yerleşime sahne olmuştur. Geç Kalkolitik dönemde (6-3 Yapı katları) bölgede görülen yeni kültür, yörenin Neolitik ve Erken Kalkolitik kültürlerinden bir hayli farklıdır. Yerleşme, etrafı kalın duvarlar ve höyüğün dış çizgisine yerleştirilmiş evlerin sağır arka duvarları bir sur gibi kullanılarak tahkimli hâle getirilmeye çalışıldmıştır. Adeta bir kasaba niteliği kazanan yerleşmenin orta kısımlarında ‘yönetici / bey’e ait bir yapı ve tapınak ortaya çıkarılmıştır. Mimarlıktaki değişime paralel olarak Geç Kalkolitikte yeni kap formları ve seramik yapım teknikleri ortaya çıkmış ve bu yerleşmenin sonu da (Üçüncü yapı katı) bir yangın felaketi ile MÖ yaklaşık 3200 yıllarında son bulmuştur.

Kuruçay’daki son iskân İTÇ II de MÖ yaklaşık 2900 – 2300 yılları arasında gerçekleşmiştir. İki ayrı yerleşme katı olan bu son kültür evresi, görece daha zayıf denebilecek yerleşmelere sahne olmuştur.